PDB-9i33: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i33

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with butanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / butanoyl-CoA / butanol

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i33.cif.gz	861.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i33.ent.gz	698.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i33.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i33 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i33	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

478 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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79.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.507, 276.507, 389.677
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-545- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-BCO / Butyryl Coenzyme A / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} butanethioate (non-preferred name) / S-ブチリル補酵素A 分子量: 837.624 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953738 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→225.504 Å / Num. obs: 483899 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.282 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 11.06→225.5 Å / 冗長度: 26 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Mean I/σ(I) obs: 59 / Num. unique obs: 3231 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.007 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→225.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 5.276 / SU ML: 0.131 / Average fsc free: 0.9445 / Average fsc work: 0.9558 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.138 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2434	24515	5.067 %
R_work	0.208	459325	-
all	0.21	-	-
obs	-	483840	99.987 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.809 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.004 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→225.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32612	0	636	1428	34676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.662	46409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.513	1.577	72963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.036	5	4311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.975	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.531	20	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.188	10	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.268	10	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	7336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	30542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	16749
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	18127
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.154	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.241	4.348	17268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.241	4.348	17267
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.23	7.803	21565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.23	7.804	21566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.634	4.606	16792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.634	4.606	16789
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.774	8.334	24842
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.773	8.333	24843
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.669	39.653	38236
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.678	39.69	37988

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.02-2.072	0.355	1869	0.347	33687	0.347	35560	0.901	0.904	99.9888	0.349
2.072-2.129	0.345	1709	0.334	32929	0.335	34645	0.907	0.914	99.9798	0.337
2.129-2.191	0.327	1842	0.316	31914	0.317	33765	0.922	0.927	99.9733	0.317
2.191-2.258	0.318	1800	0.297	30952	0.298	32755	0.93	0.939	99.9908	0.294
2.258-2.332	0.3	1623	0.283	30123	0.284	31750	0.939	0.947	99.9874	0.276
2.332-2.414	0.296	1575	0.264	29187	0.266	30770	0.943	0.955	99.974	0.251
2.414-2.505	0.292	1506	0.253	28188	0.255	29697	0.948	0.96	99.9899	0.235
2.505-2.608	0.278	1385	0.238	27197	0.24	28588	0.95	0.965	99.979	0.217
2.608-2.724	0.271	1445	0.228	25969	0.23	27418	0.955	0.969	99.9854	0.203
2.724-2.857	0.283	1213	0.232	25027	0.235	26243	0.952	0.968	99.9886	0.207
2.857-3.011	0.269	1308	0.224	23680	0.226	24988	0.955	0.97	100	0.198
3.011-3.194	0.258	1271	0.229	22404	0.231	23675	0.959	0.968	100	0.208
3.194-3.414	0.259	1037	0.224	21251	0.226	22291	0.961	0.972	99.9865	0.207
3.414-3.688	0.226	1013	0.201	19735	0.203	20749	0.971	0.979	99.9952	0.188
3.688-4.04	0.205	997	0.178	18134	0.179	19131	0.977	0.983	100	0.166
4.04-4.516	0.184	761	0.144	16618	0.146	17379	0.981	0.988	100	0.133
4.516-5.214	0.172	740	0.139	14633	0.14	15373	0.984	0.99	100	0.129
5.214-6.386	0.191	614	0.15	12434	0.151	13048	0.983	0.99	100	0.14
6.386-9.027	0.164	538	0.138	9686	0.14	10224	0.985	0.99	100	0.13
9.027-225.504	0.208	269	0.138	5577	0.141	5853	0.863	0.972	99.8804	0.146

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