PDB-9i35: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i35

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with octanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / octanoyl-CoA / octanol

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i35.cif.gz	872.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i35.ent.gz	703.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i35.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i35 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i35	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

479 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	276.305, 276.305, 390.677
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-544- HOH
2	1	C-644- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-CO8 / OCTANOYL-COENZYME A / オクタノイル-CoA 分子量: 893.730 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₅₀N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.39 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→225.59 Å / Num. obs: 443965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.341 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 11.37→225.59 Å / 冗長度: 25.8 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 40.3 / Num. unique obs: 2989 / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.051 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→225.587 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.169 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2331	22339	5.033 %
R_work	0.2012	421544	-
all	0.203	-	-
obs	-	443883	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.596 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.254 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.254 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.507 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→225.587 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32512	0	684	1764	34960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	34024
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.864	1.809	46344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.597	1.747	73158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.035	5	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.053	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	6.916	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.359	10	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.483	10	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	31121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	16752
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	17807
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.159	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.812	3.831	17198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.812	3.831	17198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.751	6.87	21474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.751	6.87	21475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.274	4.085	16826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.274	4.085	16823
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.338	7.372	24868
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.338	7.372	24869
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.158	35.13	38742
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.157	34.975	38437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.08-2.134	0.336	1595	0.332	30915	0.332	32516	0.914	0.916	99.9815	0.336
2.134-2.193	0.333	1630	0.316	30241	0.317	31880	0.922	0.927	99.9718	0.319
2.193-2.256	0.331	1585	0.295	29295	0.297	30894	0.925	0.938	99.9547	0.295
2.256-2.325	0.308	1541	0.273	28592	0.275	30140	0.935	0.949	99.9768	0.268
2.325-2.402	0.293	1545	0.259	27498	0.261	29053	0.945	0.956	99.9656	0.249
2.402-2.486	0.294	1384	0.251	26828	0.254	28215	0.944	0.96	99.9894	0.238
2.486-2.58	0.274	1366	0.234	25825	0.236	27197	0.95	0.965	99.9779	0.218
2.58-2.685	0.275	1304	0.224	25005	0.226	26314	0.952	0.969	99.981	0.203
2.685-2.805	0.263	1244	0.223	23849	0.225	25097	0.957	0.97	99.9841	0.202
2.805-2.941	0.245	1230	0.217	22919	0.219	24151	0.962	0.972	99.9917	0.194
2.941-3.101	0.254	1110	0.213	21807	0.215	22918	0.96	0.973	99.9956	0.192
3.101-3.289	0.24	1005	0.211	20761	0.213	21768	0.965	0.974	99.9908	0.193
3.289-3.516	0.245	1072	0.206	19317	0.208	20391	0.964	0.978	99.9902	0.192
3.516-3.797	0.21	989	0.179	18067	0.18	19059	0.974	0.983	99.9843	0.166
3.797-4.159	0.185	928	0.157	16601	0.159	17529	0.98	0.987	100	0.145
4.159-4.65	0.165	718	0.136	15253	0.138	15972	0.985	0.989	99.9937	0.125
4.65-5.369	0.162	674	0.138	13423	0.139	14097	0.986	0.991	100	0.128
5.369-6.575	0.186	583	0.151	11432	0.152	12016	0.983	0.99	99.9917	0.141
6.575-9.295	0.165	534	0.127	8838	0.129	9373	0.987	0.991	99.9893	0.12
9.295-225.587	0.163	302	0.16	5082	0.16	5390	0.987	0.956	99.8887	0.231

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)