PDB-9i34: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i34

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with hexanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / hexanoyl-CoA / hexanol

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i34.cif.gz	887.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i34.ent.gz	713.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

479 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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79.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.488, 276.488, 390.12
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-577- HOH
2	1	D-690- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA 分子量: 865.677 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→225.58 Å / Num. obs: 538030 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.233 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 10.68→225.58 Å / 冗長度: 26 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Mean I/σ(I) obs: 61.5 / Num. unique obs: 3598 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.006 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→225.579 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.087 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	27053	5.029 %
R_work	0.2046	510883	-
all	0.206	-	-
obs	-	537936	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.016 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.152 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.152 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→225.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32548	0	660	2235	35443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	34021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.808	46349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.607	1.747	73084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.003	5	4296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.767	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	5.53	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.762	10	5145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.476	10	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41505
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	7411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	30984
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	16763
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	17611
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.127	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.227	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.177	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.036	3.757	17211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.034	3.757	17211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.726	6.737	21489
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.726	6.737	21490
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.42	4.018	16810
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.42	4.018	16807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.475	7.257	24857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.475	7.257	24858
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.141	35.018	38741
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.124	34.77	38336

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.95-2.001	0.336	1978	0.326	37597	0.326	39589	0.914	0.92	99.9646	0.328
2.001-2.055	0.321	1979	0.305	36518	0.306	38504	0.925	0.933	99.9818	0.305
2.055-2.115	0.328	1931	0.302	35552	0.304	37501	0.922	0.933	99.952	0.301
2.115-2.18	0.322	1844	0.291	34596	0.293	36446	0.931	0.944	99.9835	0.283
2.18-2.252	0.29	1761	0.266	33540	0.267	35309	0.944	0.953	99.9773	0.253
2.252-2.331	0.282	1705	0.25	32476	0.251	34191	0.948	0.96	99.9707	0.232
2.331-2.419	0.276	1718	0.237	31329	0.239	33050	0.951	0.965	99.9909	0.216
2.419-2.517	0.269	1634	0.228	30141	0.23	31779	0.955	0.968	99.9874	0.205
2.517-2.629	0.258	1531	0.216	29016	0.218	30550	0.959	0.972	99.9902	0.193
2.629-2.758	0.257	1470	0.22	27697	0.221	29169	0.958	0.971	99.9931	0.195
2.758-2.907	0.258	1315	0.218	26460	0.22	27777	0.96	0.972	99.9928	0.193
2.907-3.083	0.233	1240	0.211	25060	0.212	26301	0.967	0.974	99.9962	0.191
3.083-3.296	0.251	1253	0.221	23520	0.223	24778	0.961	0.971	99.9798	0.203
3.296-3.56	0.231	1151	0.208	21889	0.209	23044	0.97	0.977	99.9826	0.194
3.56-3.9	0.204	1028	0.179	20267	0.181	21296	0.977	0.983	99.9953	0.168
3.9-4.36	0.174	1016	0.151	18282	0.152	19298	0.982	0.987	100	0.14
4.36-5.034	0.166	864	0.139	16249	0.14	17113	0.985	0.99	100	0.129
5.034-6.164	0.185	762	0.153	13732	0.154	14494	0.983	0.989	100	0.144
6.164-8.714	0.172	542	0.147	10815	0.149	11359	0.985	0.989	99.9824	0.14
8.714-225.579	0.173	331	0.139	6148	0.14	6489	0.983	0.97	99.8459	0.133

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関連情報:EMDBヘッダ

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