PDB-9i32: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i32

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with isobutanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / isobutanoyl-CoA / isobutanol

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i32.cif.gz	878.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i32.ent.gz	710.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

478 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
79.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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79.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.488, 276.488, 390.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-581- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-CO6 / ISOBUTYRYL-COENZYME A / IB-CO6 / イソブチリルCoA 分子量: 837.624 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→225.58 Å / Num. obs: 546383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.237 / R_pim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 12.5
反射シェル	解像度: 10.63→225.58 Å / 冗長度: 26.1 % / R_merge(I) obs: 0.033 / Mean I/σ(I) obs: 61.8 / Num. unique obs: 3635 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.006 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.94→225.579 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.176 / SU B: 4.258 / SU ML: 0.113 / Average fsc free: 0.9493 / Average fsc work: 0.9588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.123 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	27491	5.032 %
R_work	0.2071	518791	-
all	0.209	-	-
obs	-	546282	99.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.588 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.153 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.153 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.306 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→225.579 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32587	0	636	2055	35278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	34087
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.654	46460
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.523	1.575	73012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.903	5	4310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.768	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.017	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.315	10	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.57	10	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41562
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	7447
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	30863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	16828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	18095
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.965	3.758	17270
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.964	3.758	17269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.707	6.737	21570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.707	6.738	21571
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.316	3.991	16817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.316	3.991	16818
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.305	7.207	24890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.304	7.207	24891
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.242	34.848	38779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.234	34.618	38402

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.94-1.99	0.347	1956	0.333	38246	0.334	40221	0.908	0.91	99.9528	0.337
1.99-2.045	0.329	2019	0.308	37131	0.309	39159	0.924	0.931	99.977	0.309
2.045-2.104	0.332	1862	0.304	36167	0.306	38045	0.921	0.932	99.9579	0.304
2.104-2.169	0.322	1868	0.295	35139	0.296	37012	0.934	0.942	99.9865	0.289
2.169-2.24	0.293	1805	0.266	34073	0.267	35886	0.943	0.954	99.9777	0.253
2.24-2.319	0.289	1692	0.256	33024	0.258	34728	0.944	0.957	99.9654	0.239
2.319-2.406	0.279	1570	0.242	31975	0.244	33549	0.949	0.963	99.9881	0.22
2.406-2.504	0.271	1656	0.231	30599	0.233	32258	0.954	0.968	99.9907	0.207
2.504-2.616	0.26	1568	0.221	29413	0.223	30983	0.958	0.97	99.9935	0.198
2.616-2.743	0.27	1587	0.218	28015	0.221	29606	0.954	0.971	99.9865	0.194
2.743-2.892	0.254	1471	0.223	26750	0.224	28223	0.959	0.97	99.9929	0.197
2.892-3.067	0.26	1353	0.214	25409	0.217	26763	0.958	0.973	99.9963	0.194
3.067-3.279	0.253	1239	0.224	23882	0.226	25126	0.959	0.97	99.9801	0.206
3.279-3.542	0.246	1178	0.214	22245	0.215	23427	0.965	0.975	99.9829	0.199
3.542-3.88	0.212	1120	0.182	20470	0.184	21591	0.975	0.983	99.9954	0.171
3.88-4.337	0.19	959	0.154	18638	0.155	19597	0.979	0.987	100	0.143
4.337-5.008	0.163	844	0.138	16524	0.14	17368	0.985	0.989	100	0.129
5.008-6.133	0.182	777	0.151	13975	0.153	14752	0.985	0.989	100	0.143
6.133-8.67	0.168	621	0.149	10890	0.151	11513	0.985	0.989	99.9826	0.142
8.67-225.579	0.159	346	0.141	6225	0.142	6581	0.988	0.968	99.8481	0.138

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