PDB-9i30: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i30

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with ketoprofenoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / ketoprofenoyl-CoA / ketoprofen

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i30.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i30.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/9i30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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80.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.694, 276.694, 390.43
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-542- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-A1IZD / (S)-ketoprofenoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-[3-(phenylcarbonyl)phenyl]propanethioate 分子量: 1003.799 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₄₈N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→225.751 Å / Num. obs: 444942 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.302 / R_pim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 11.39→225.75 Å / 冗長度: 25.6 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 2996 / CC_1/2: 0.992 / R_pim(I) all: 0.016 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.08→225.751 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 5.977 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	22435	5.043 %
R_work	0.2161	422418	-
all	0.218	-	-
obs	-	444853	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.779 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.174 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.174 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→225.751 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32322	0	792	1505	34619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	33926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.81	46229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.747	72623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.19	5	4250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.487	6.875	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.936	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.67	10	5109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.428	10	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	41370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	7615
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	31232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	16660
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	17615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.146	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.409	4.548	17066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.409	4.548	17066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.546	8.153	21294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.546	8.153	21295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.41	4.836	16860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.41	4.836	16861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.642	8.767	24935
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.642	8.767	24936
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.765	41.575	38585
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.769	41.586	38333

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.08-2.134	0.353	1582	0.348	31078	0.348	32663	0.902	0.905	99.9908	0.351
2.134-2.193	0.338	1501	0.334	30378	0.334	31880	0.915	0.917	99.9969	0.338
2.193-2.256	0.328	1540	0.311	29447	0.312	30989	0.925	0.932	99.9935	0.314
2.256-2.325	0.314	1411	0.291	28762	0.292	30174	0.935	0.944	99.9967	0.29
2.325-2.402	0.304	1488	0.273	27665	0.275	29157	0.94	0.952	99.9863	0.267
2.402-2.486	0.308	1437	0.265	26866	0.267	28307	0.942	0.958	99.9859	0.254
2.486-2.58	0.308	1392	0.257	25853	0.26	27250	0.94	0.959	99.9817	0.244
2.58-2.685	0.294	1302	0.24	25009	0.242	26318	0.948	0.966	99.9734	0.221
2.685-2.805	0.314	1344	0.25	23862	0.253	25211	0.93	0.963	99.9802	0.229
2.805-2.941	0.29	1152	0.241	23011	0.243	24167	0.949	0.966	99.9834	0.221
2.941-3.101	0.284	1277	0.239	21665	0.241	22946	0.95	0.968	99.9826	0.223
3.101-3.289	0.287	1055	0.25	20719	0.251	21778	0.952	0.967	99.9816	0.236
3.289-3.516	0.271	1086	0.24	19383	0.242	20475	0.963	0.973	99.9707	0.231
3.516-3.797	0.246	1014	0.207	18054	0.209	19080	0.967	0.98	99.9371	0.2
3.797-4.159	0.214	954	0.177	16656	0.179	17619	0.974	0.983	99.9489	0.174
4.159-4.65	0.171	821	0.146	15142	0.147	15967	0.982	0.988	99.9749	0.147
4.65-5.369	0.184	683	0.143	13440	0.145	14128	0.983	0.989	99.9646	0.147
5.369-6.575	0.187	632	0.15	11405	0.152	12040	0.983	0.99	99.9751	0.153
6.575-9.295	0.179	457	0.142	8934	0.144	9393	0.984	0.991	99.9787	0.148
9.295-225.751	0.167	307	0.17	5089	0.17	5405	0.982	0.956	99.8335	0.208

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