PDB-9i2z: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2z

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 2-methyldecanoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / 2-methyldecanoyl-CoA

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2z.cif.gz	871.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2z.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2z_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2z_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	9i2z_validation.xml.gz	200.9 KB	表示
CIF形式データ	9i2z_validation.cif.gz	255.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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79.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	277.034, 277.034, 390.861
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-562- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-A1IZB / (S)-2-methyldecanoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-methyldecanethioate 分子量: 935.810 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₅₆N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→226.02 Å / Num. obs: 427911 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.4 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.267 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 11.56→226.02 Å / 冗長度: 25.6 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Mean I/σ(I) obs: 34.9 / Num. unique obs: 2880 / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.009 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.11→226.019 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 5.509 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	21361	4.995 %
R_work	0.201	406318	-
all	0.203	-	-
obs	-	427679	99.945 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.009 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.009 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→226.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32536	0	720	1668	34924

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.811	46371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.596	1.746	73305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.165	5	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.571	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.151	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.33	10	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.383	10	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	41451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	7407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	30765
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	16682
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	17740
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.124	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.127	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.341	4.383	17201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.341	4.383	17201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.381	7.862	21475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.382	7.862	21476
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.402	4.669	16847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.403	4.669	16844
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.601	8.453	24896
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.6	8.453	24897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.483	39.74	38422
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.485	39.736	38089

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.11-2.165	0.347	1531	0.336	29899	0.336	31453	0.908	0.913	99.9269	0.339
2.165-2.224	0.331	1474	0.312	29095	0.313	30596	0.921	0.929	99.9118	0.314
2.224-2.289	0.325	1439	0.289	28420	0.291	29883	0.928	0.94	99.9197	0.288
2.289-2.359	0.313	1459	0.272	27430	0.274	28904	0.933	0.951	99.9481	0.265
2.359-2.436	0.298	1366	0.263	26701	0.265	28091	0.941	0.956	99.9146	0.251
2.436-2.522	0.287	1466	0.253	25740	0.254	27221	0.946	0.961	99.9449	0.236
2.522-2.617	0.272	1324	0.228	24895	0.23	26245	0.954	0.968	99.9009	0.209
2.617-2.724	0.289	1292	0.23	23975	0.233	25287	0.951	0.968	99.9209	0.207
2.724-2.845	0.264	1261	0.227	22959	0.229	24231	0.959	0.969	99.9546	0.203
2.845-2.984	0.257	1237	0.219	21962	0.221	23210	0.959	0.972	99.9526	0.195
2.984-3.145	0.269	1064	0.225	21051	0.227	22121	0.954	0.97	99.9729	0.205
3.145-3.336	0.276	987	0.229	19935	0.231	20927	0.953	0.969	99.9761	0.212
3.336-3.566	0.247	952	0.216	18705	0.218	19663	0.966	0.975	99.9695	0.204
3.566-3.852	0.225	914	0.188	17456	0.19	18376	0.971	0.981	99.9673	0.179
3.852-4.219	0.194	772	0.158	16136	0.159	16914	0.978	0.986	99.9645	0.152
4.219-4.717	0.171	826	0.137	14554	0.139	15383	0.983	0.989	99.9805	0.135
4.717-5.447	0.167	669	0.135	12941	0.137	13610	0.986	0.991	100	0.135
5.447-6.67	0.186	625	0.141	10931	0.144	11556	0.983	0.99	100	0.14
6.67-9.428	0.15	442	0.122	8604	0.123	9046	0.988	0.992	100	0.125
9.428-226.019	0.234	261	0.158	4929	0.162	5199	0.874	0.959	99.8269	0.23

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