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万見
- PDB-9i2x: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i2x
タイトルAlpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with naproxenoyl-CoA
要素Alpha-methylacyl-CoA racemase
キーワードISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / naproxenoyl-CoA / naproxen
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-methylacyl-CoA racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.
資金援助Botswana, 1件
組織認可番号国
Other governmentBotswana
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2025年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-methylacyl-CoA racemase
B: Alpha-methylacyl-CoA racemase
C: Alpha-methylacyl-CoA racemase
D: Alpha-methylacyl-CoA racemase
E: Alpha-methylacyl-CoA racemase
F: Alpha-methylacyl-CoA racemase
G: Alpha-methylacyl-CoA racemase
H: Alpha-methylacyl-CoA racemase
I: Alpha-methylacyl-CoA racemase
J: Alpha-methylacyl-CoA racemase
K: Alpha-methylacyl-CoA racemase
L: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,08324
ポリマ－468,32612
非ポリマー11,75712
水32,3011793
1
A: Alpha-methylacyl-CoA racemase
B: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA
2
C: Alpha-methylacyl-CoA racemase
D: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
3
E: Alpha-methylacyl-CoA racemase
F: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12820 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
4
G: Alpha-methylacyl-CoA racemase
H: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12810 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
5
I: Alpha-methylacyl-CoA racemase
J: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
6
K: Alpha-methylacyl-CoA racemase
L: Alpha-methylacyl-CoA racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0144
ポリマ－78,0542
非ポリマー1,9602
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12800 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)276.278, 276.278, 389.216
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR


分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mcr, Rv1143
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物
ChemComp-A1I1O / Naproxenoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-(7-methoxynaphthalen-2-yl)propanethioate


分子量: 979.778 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H48N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→225.29 Å / Num. obs: 497035 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.245 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 10.95→225.29 Å / 冗長度: 26 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 39.6 / Num. unique obs: 3335 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.008 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.88)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→225.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.871 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 24747 4.979 %
Rwork0.2062 472248 -
all0.208 --
obs-496995 99.992 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 44.988 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.349 Å20 Å2-0 Å2
2---0.349 Å2-0 Å2
3---0.698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→225.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32568 0 768 1793 35129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01234168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01631857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.80846587
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5931.74773082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.96954298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.0795.517348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg5.06912.548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.798105144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.392101495
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.25029
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0241756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.27622
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.231371
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.216843
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.217819
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.22036
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0920.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1510.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1570.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1330.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.34.36317225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.34.36317225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1757.82521512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1757.82521513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5654.65216943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5654.65216944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8078.42125075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.8078.42125076
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.95440.71139113
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.96140.68238806
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2-2.0520.34119120.334345740.335364940.9110.91399.97810.338
2.052-2.1080.33417670.322338570.322356310.9170.92399.98040.325
2.108-2.1690.33317440.317328930.318346380.9180.92999.99710.318
2.169-2.2360.32616720.286319700.288336450.9290.94599.99110.284
2.236-2.3090.30715810.265310380.267326230.9390.95499.98770.257
2.309-2.390.29715140.252300650.254315850.9420.9699.9810.239
2.39-2.4810.28715120.245290020.247305180.9490.96399.98690.228
2.481-2.5820.28413330.232280530.235293860.9490.9671000.214
2.582-2.6970.27413810.225267810.228281650.9550.96999.98930.204
2.697-2.8280.28113390.225256140.228269530.9510.9691000.204
2.828-2.9810.25313820.215242950.218256770.9630.9721000.195
2.981-3.1620.26312390.223230800.225243190.9570.9711000.207
3.162-3.380.26210720.23217940.231228660.9590.9711000.216
3.38-3.6510.23610580.206202690.208213280.9690.97899.99530.197
3.651-40.2049560.179187080.18196650.9760.98399.99490.171
4-4.4710.1798970.148169330.15178300.9820.9871000.142
4.471-5.1630.1828310.146149380.148157690.9820.9891000.141
5.163-6.3220.1937490.153126920.155134410.9830.9891000.149
6.322-8.9380.1715180.14699730.147104910.9840.9891000.144
8.938-225.290.1622900.15657200.15660130.9750.95999.95010.216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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