PDB-9i2x: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2x

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with naproxenoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / naproxenoyl-CoA / naproxen

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2x.cif.gz	876.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2x_validation.pdf.gz	4.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2x_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	9i2x_validation.xml.gz	207.8 KB	表示
CIF形式データ	9i2x_validation.cif.gz	260.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2wC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.278, 276.278, 389.216
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-A1I1O / Naproxenoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{S})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-(7-methoxynaphthalen-2-yl)propanethioate 分子量: 979.778 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₄₈N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.57 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→225.29 Å / Num. obs: 497035 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.245 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 10.95→225.29 Å / 冗長度: 26 % / R_merge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 39.6 / Num. unique obs: 3335 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.008 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→225.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.871 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	24747	4.979 %
R_work	0.2062	472248	-
all	0.208	-	-
obs	-	496995	99.992 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.988 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.349 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.349 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.698 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→225.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32568	0	768	1793	35129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34168
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31857
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.861	1.808	46587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.593	1.747	73082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.969	5	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.079	5.517	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	5.069	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.798	10	5144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.392	10	1495
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	5029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41756
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	7622
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	31371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	16843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	17819
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.092	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.3	4.363	17225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.3	4.363	17225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.175	7.825	21512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.175	7.825	21513
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.565	4.652	16943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.565	4.652	16944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.807	8.421	25075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.807	8.421	25076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.954	40.711	39113
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.961	40.682	38806

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.341	1912	0.334	34574	0.335	36494	0.911	0.913	99.9781	0.338
2.052-2.108	0.334	1767	0.322	33857	0.322	35631	0.917	0.923	99.9804	0.325
2.108-2.169	0.333	1744	0.317	32893	0.318	34638	0.918	0.929	99.9971	0.318
2.169-2.236	0.326	1672	0.286	31970	0.288	33645	0.929	0.945	99.9911	0.284
2.236-2.309	0.307	1581	0.265	31038	0.267	32623	0.939	0.954	99.9877	0.257
2.309-2.39	0.297	1514	0.252	30065	0.254	31585	0.942	0.96	99.981	0.239
2.39-2.481	0.287	1512	0.245	29002	0.247	30518	0.949	0.963	99.9869	0.228
2.481-2.582	0.284	1333	0.232	28053	0.235	29386	0.949	0.967	100	0.214
2.582-2.697	0.274	1381	0.225	26781	0.228	28165	0.955	0.969	99.9893	0.204
2.697-2.828	0.281	1339	0.225	25614	0.228	26953	0.951	0.969	100	0.204
2.828-2.981	0.253	1382	0.215	24295	0.218	25677	0.963	0.972	100	0.195
2.981-3.162	0.263	1239	0.223	23080	0.225	24319	0.957	0.971	100	0.207
3.162-3.38	0.262	1072	0.23	21794	0.231	22866	0.959	0.971	100	0.216
3.38-3.651	0.236	1058	0.206	20269	0.208	21328	0.969	0.978	99.9953	0.197
3.651-4	0.204	956	0.179	18708	0.18	19665	0.976	0.983	99.9949	0.171
4-4.471	0.179	897	0.148	16933	0.15	17830	0.982	0.987	100	0.142
4.471-5.163	0.182	831	0.146	14938	0.148	15769	0.982	0.989	100	0.141
5.163-6.322	0.193	749	0.153	12692	0.155	13441	0.983	0.989	100	0.149
6.322-8.938	0.171	518	0.146	9973	0.147	10491	0.984	0.989	100	0.144
8.938-225.29	0.162	290	0.156	5720	0.156	6013	0.975	0.959	99.9501	0.216

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