PDB-9i2w: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2w

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with flurbiprofenoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / flurbiprofenoyl-CoA / flurbiprofen

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2w.cif.gz	861 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2vC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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80 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.476, 276.476, 391.895
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-A1IZA / (S)-Flurbiprofenoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-(3-fluoranyl-4-phenyl-phenyl)propanethioate 分子量: 993.780 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₇FN₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.69 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→225.914 Å / Num. obs: 377344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.3 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.407 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 12.05→225.91 Å / 冗長度: 25.2 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 21.1 / Num. unique obs: 2544 / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.012 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→225.914 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 6.627 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.17 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	19315	5.12 %
R_work	0.2106	357941	-
all	0.212	-	-
obs	-	377256	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.445 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.057 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.057 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.115 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→225.914 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32491	0	780	1167	34438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.806	1.809	46509
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.592	1.747	72997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.244	5	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.018	6	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.623	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.916	10	5141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.494	10	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	41625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	7446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	30638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	16642
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	17696
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.638	4.494	17175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.638	4.494	17175
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.112	8.059	21441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.112	8.059	21442
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.664	4.833	16941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.664	4.833	16942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.212	8.732	25064
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.212	8.732	25065
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.782	40.716	38246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.794	40.674	38070

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.351	1507	0.343	26138	0.344	27659	0.903	0.908	99.9494	0.347
2.257-2.319	0.341	1407	0.323	25595	0.324	27007	0.917	0.926	99.9815	0.326
2.319-2.386	0.32	1357	0.302	25008	0.303	26372	0.928	0.936	99.9735	0.303
2.386-2.46	0.323	1378	0.29	24093	0.292	25476	0.931	0.946	99.9804	0.288
2.46-2.54	0.3	1254	0.273	23537	0.275	24799	0.939	0.952	99.9677	0.268
2.54-2.629	0.288	1323	0.251	22608	0.253	23936	0.947	0.96	99.9791	0.24
2.629-2.729	0.278	1200	0.243	21913	0.245	23123	0.949	0.963	99.9567	0.229
2.729-2.84	0.278	1143	0.234	21170	0.236	22315	0.952	0.965	99.991	0.218
2.84-2.966	0.265	1071	0.222	20321	0.224	21397	0.955	0.97	99.9766	0.205
2.966-3.111	0.262	1060	0.22	19431	0.223	20494	0.957	0.971	99.9854	0.206
3.111-3.279	0.26	956	0.228	18503	0.23	19460	0.959	0.971	99.9949	0.215
3.279-3.478	0.259	927	0.227	17510	0.229	18439	0.964	0.974	99.9892	0.218
3.478-3.718	0.242	745	0.207	16640	0.209	17386	0.967	0.978	99.9942	0.199
3.718-4.016	0.214	783	0.185	15418	0.186	16201	0.973	0.982	100	0.18
4.016-4.399	0.185	756	0.15	14179	0.152	14937	0.98	0.987	99.9866	0.149
4.399-4.918	0.187	665	0.15	12880	0.152	13549	0.98	0.987	99.9705	0.153
4.918-5.679	0.197	558	0.152	11436	0.154	11995	0.982	0.989	99.9917	0.155
5.679-6.954	0.202	504	0.156	9714	0.158	10220	0.978	0.988	99.9804	0.16
6.954-9.83	0.158	486	0.136	7501	0.137	7987	0.987	0.99	100	0.146
9.83-225.914	0.259	235	0.218	4346	0.22	4596	0.927	0.958	99.6736	0.302

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