PDB-9i2v: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2v

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with fenoprofenoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / fenoprofenoyl-CoA / fenoprofen

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2v.cif.gz	868.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9i2v_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9i2v_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	9i2v_validation.xml.gz	198.1 KB	表示
CIF形式データ	9i2v_validation.cif.gz	243.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2uC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	276.731, 276.731, 390.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-533- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-A1IY9 / (S)-Fenoprofenoyl-CoA / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (2~{S})-2-(3-phenoxyphenyl)propanethioate 分子量: 991.789 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₈N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→225.71 Å / Num. obs: 451154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.193 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 11.34→225.71 Å / 冗長度: 25.9 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Mean I/σ(I) obs: 71 / Num. unique obs: 3041 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.006 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→196.447 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.332 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	22217	4.925 %
R_work	0.2078	428900	-
all	0.21	-	-
obs	-	451117	99.991 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.361 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→196.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32447	0	780	1403	34630

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	34048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.619	1.665	46392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.503	1.578	72804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.072	5	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.597	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	3.261	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.901	10	5128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.408	10	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	41470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	7557
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	30897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	16701
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	18099
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.109	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.158	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.625	4.701	17146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.625	4.701	17146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.618	8.431	21398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.618	8.432	21399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.635	4.984	16902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.635	4.984	16903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.855	9.034	24993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.855	9.034	24994
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.856	43.315	38516
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.863	43.348	38278

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.07-2.124	0.351	1656	0.332	31483	0.333	33140	0.907	0.916	99.997	0.334
2.124-2.182	0.341	1572	0.319	30737	0.32	32315	0.914	0.927	99.9814	0.32
2.182-2.245	0.32	1607	0.292	29833	0.293	31444	0.93	0.942	99.9873	0.289
2.245-2.314	0.321	1503	0.276	29037	0.279	30544	0.933	0.949	99.9869	0.267
2.314-2.39	0.297	1352	0.26	28252	0.262	29609	0.944	0.957	99.9831	0.246
2.39-2.474	0.31	1581	0.256	27060	0.259	28643	0.938	0.959	99.993	0.238
2.474-2.567	0.289	1396	0.243	26293	0.246	27691	0.945	0.963	99.9928	0.223
2.567-2.672	0.289	1153	0.233	25500	0.236	26655	0.949	0.967	99.9925	0.209
2.672-2.791	0.295	1413	0.237	24185	0.24	25600	0.946	0.966	99.9922	0.211
2.791-2.927	0.275	1243	0.23	23207	0.232	24451	0.954	0.968	99.9959	0.204
2.927-3.086	0.264	1122	0.225	22192	0.226	23315	0.955	0.969	99.9957	0.203
3.086-3.273	0.274	1049	0.237	20984	0.238	22034	0.953	0.967	99.9955	0.217
3.273-3.499	0.263	981	0.23	19840	0.232	20821	0.959	0.97	100	0.215
3.499-3.779	0.243	923	0.202	18381	0.204	19306	0.965	0.977	99.9896	0.189
3.779-4.139	0.218	862	0.174	16999	0.176	17861	0.972	0.983	100	0.164
4.139-4.628	0.187	801	0.15	15381	0.152	16182	0.979	0.986	100	0.141
4.628-5.343	0.185	664	0.153	13681	0.155	14345	0.982	0.988	100	0.145
5.343-6.543	0.197	593	0.157	11594	0.159	12188	0.981	0.988	99.9918	0.15
6.543-9.248	0.182	498	0.134	9047	0.136	9545	0.981	0.99	100	0.127
9.248-196.447	0.195	248	0.167	5216	0.168	5468	0.976	0.948	99.9268	0.165

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