PDB-9i2u: Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9i2u

タイトル

Alpha-Methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis in complex with ibuprofenoyl-CoA

要素

Alpha-methylacyl-CoA racemase

キーワード

ISOMERASE / CoA-transferase / epimerization / CoA-transferase family III / alpha proton exchange / homo dimer / ibuprofenoyl-CoA / ibuprofen

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-methylacyl-CoA racemase / alpha-methylacyl-CoA racemase activity / acyl-CoA metabolic process / lipid metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Mojanaga, O.O. / Acharya, K.R. / Lloyd, M.D.

資金援助

Botswana, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Molecular basis of acyl-CoA ester recognition by alpha-methylacyl-CoA racemase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Mojanaga, O.O. / Woodman, T.J. / Lloyd, M.D. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2025年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9i2u.cif.gz	853.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9i2u.ent.gz	696.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9i2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/9i2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9i2tC 9i2vC 9i2wC 9i2xC 9i2zC 9i30C 9i31C 9i32C 9i33C 9i34C 9i35C 9i36C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

480 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Alpha-methylacyl-CoA racemase

B: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Alpha-methylacyl-CoA racemase

D: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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3

E: Alpha-methylacyl-CoA racemase

F: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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4

G: Alpha-methylacyl-CoA racemase

H: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

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5

I: Alpha-methylacyl-CoA racemase

J: Alpha-methylacyl-CoA racemase

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6

K: Alpha-methylacyl-CoA racemase

L: Alpha-methylacyl-CoA racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	277.033, 277.033, 390.741
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-572- HOH

#1: タンパク質	Alpha-methylacyl-CoA racemase / AMACR / MtMCR 分子量: 39027.125 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: mcr, Rv1143 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: O06543, alpha-methylacyl-CoA racemase
#2: 化合物	ChemComp-SFC / (S)-IBUPROFENOYL-COENZYME A / [5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-2-[[[[3-[2-(2-(S)-2-[4-(2-METHYLPROPYL)PHENYL] PROPANOYL)-SULFANYLETHYLCARBAMOYL ETHYLCARBAMOYL]-3-HYDROXY-2,2-DIMETHYL-PROPOXY]-HYDROXY-PHOSPHORYL]OXY-HYDROXY-PHOSPHORYL]OXYMETHYL]-4-HYDROXY-OXOLAN-3-YL]OXYPHOSPHONIC ACID 分子量: 956.808 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₅₃N₇O₁₇P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.5 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Trispropane, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.17→226 Å / Num. obs: 393535 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.276 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.282 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 11.89→226 Å / 冗長度: 25.5 % / R_merge(I) obs: 0.041 / Mean I/σ(I) obs: 41.9 / Num. unique obs: 2661 / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.008 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.88)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.17→196.662 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.205 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	19705	5.008 %
R_work	0.2005	373784	-
all	0.202	-	-
obs	-	393489	99.988 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.159 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.159 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.317 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→196.662 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32381	0	744	1264	34389

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	33960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	31791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.81	46278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.749	72932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.194	5	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.522	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	2.792	12.5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.656	10	5127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.275	10	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	41355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	7328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	30226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	16430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	17646
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.088	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.019	4.945	17101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.018	4.945	17101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.544	8.861	21337
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.545	8.862	21338
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.97	5.318	16859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.97	5.319	16860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.489	9.606	24939
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.488	9.606	24940
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.885	44.832	37824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.9	44.741	37624

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.17-2.226	0.35	1510	0.339	27380	0.34	28893	0.912	0.915	99.9896	0.343
2.226-2.287	0.331	1291	0.313	26916	0.314	28218	0.92	0.93	99.961	0.316
2.287-2.354	0.32	1318	0.294	26069	0.296	27389	0.926	0.94	99.9927	0.294
2.354-2.426	0.311	1399	0.276	25215	0.278	26618	0.936	0.95	99.985	0.272
2.426-2.506	0.306	1293	0.268	24513	0.27	25810	0.939	0.955	99.9845	0.26
2.506-2.594	0.295	1236	0.248	23792	0.251	25032	0.942	0.96	99.984	0.235
2.594-2.691	0.274	1267	0.231	22894	0.233	24165	0.952	0.967	99.9834	0.213
2.691-2.801	0.285	1148	0.227	22075	0.23	23224	0.947	0.967	99.9957	0.208
2.801-2.926	0.265	1158	0.217	21137	0.219	22297	0.953	0.971	99.991	0.195
2.926-3.069	0.269	1102	0.213	20236	0.216	21340	0.954	0.972	99.9906	0.194
3.069-3.235	0.258	994	0.217	19319	0.219	20314	0.959	0.972	99.9951	0.2
3.235-3.431	0.253	974	0.22	18265	0.222	19239	0.962	0.974	100	0.205
3.431-3.668	0.238	830	0.203	17271	0.205	18101	0.966	0.978	100	0.191
3.668-3.961	0.215	822	0.178	16112	0.18	16934	0.972	0.983	100	0.168
3.961-4.339	0.197	804	0.151	14742	0.154	15547	0.978	0.987	99.9936	0.142
4.339-4.851	0.192	668	0.144	13473	0.147	14141	0.978	0.988	100	0.136
4.851-5.601	0.178	708	0.146	11791	0.148	12499	0.983	0.989	100	0.139
5.601-6.858	0.199	546	0.155	10109	0.157	10655	0.979	0.988	100	0.148
6.858-9.693	0.156	413	0.131	7909	0.132	8322	0.986	0.991	100	0.127
9.693-196.662	0.237	224	0.206	4566	0.207	4797	0.972	0.961	99.8541	0.24

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