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- PDB-9hxv: Crystal structure of TET2-DNA in complex with IOX1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hxv
タイトルCrystal structure of TET2-DNA in complex with IOX1
要素
  • 12mer-DNA
  • Methylcytosine dioxygenase TET2
キーワードOXIDOREDUCTASE / IOX1 / TET2
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / Specification of primordial germ cells / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation / ferrous iron binding ...leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / DNA 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / chromosomal 5-methylcytosine DNA demethylation, oxidation pathway / Specification of primordial germ cells / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation / ferrous iron binding / : / chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methylcytosine dioxygenase TET1/2/3 / : / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / 2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / : / DNA / DNA (> 10) / Methylcytosine dioxygenase TET2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Niggenaber, J. / Mueller, M.P. / Rauh, D.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and Research01ZX2201B ドイツ
European Regional Development FundEFRE-800400European Union
Other governmentNW21-062C
Other privateEx-2021-0033
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Advancing TET Inhibitor Development: From Structural Insights to Biological Evaluation.
著者: Willems, S. / Maksumic, L. / Niggenaber, J. / Lin, T.C. / Schulz, T. / Weisner, J. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Summerer, D. / Rauh, D.
履歴
登録2025年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylcytosine dioxygenase TET2
B: 12mer-DNA
C: 12mer-DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,79310
ポリマ－59,2213
非ポリマー5737
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area20460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.440, 89.130, 268.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Methylcytosine dioxygenase TET2


分子量: 51867.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TET2, KIAA1546, Nbla00191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N021, methylcytosine dioxygenase
#2: DNA鎖 12mer-DNA


分子量: 3676.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 6種, 242分子

#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-8XQ / 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid / 5-カルボキシ-8-ヒドロキシキノリン


分子量: 189.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24 % PEG 2000MME, 100 mM MES pH 7.0 25 mg/mL protein 1:1 with DNA plus 5 mM IOX1 Seeding experiment (1 ul reservoir + 1 ul protein:DNA:IOX1 + 0.2 ul seeding solution)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年9月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 45640 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.43 % / Biso Wilson estimate: 31.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 17.08
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 12.43 % / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique obs: 6070 / CC1/2: 0.526 / Rrim(I) all: 1.141 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→42.56 Å / SU ML: 0.2495 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2019
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 2281 5 %
Rwork0.1896 43354 -
obs0.1912 45635 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3109 494 24 235 3862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63225222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043601
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.46011444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.940.37281240.31462364X-RAY DIFFRACTION85.79
1.94-1.990.31331390.27972644X-RAY DIFFRACTION98.97
1.99-2.040.31271420.26112701X-RAY DIFFRACTION98.27
2.04-2.090.27171420.23392702X-RAY DIFFRACTION99.86
2.09-2.150.30321410.23452663X-RAY DIFFRACTION99.01
2.15-2.220.25751430.22352726X-RAY DIFFRACTION98.9
2.22-2.30.26181450.22232742X-RAY DIFFRACTION99.59
2.3-2.390.24541420.21062702X-RAY DIFFRACTION99.72
2.39-2.50.25421420.21142708X-RAY DIFFRACTION99.27
2.5-2.630.25341440.2062724X-RAY DIFFRACTION99.48
2.63-2.80.2191430.20262717X-RAY DIFFRACTION98.32
2.8-3.020.21221440.19972752X-RAY DIFFRACTION99.79
3.02-3.320.22151450.19162749X-RAY DIFFRACTION99.66
3.32-3.80.18191470.16962781X-RAY DIFFRACTION99.76
3.8-4.780.17881480.14822812X-RAY DIFFRACTION99.73
4.79-42.560.21500.16512867X-RAY DIFFRACTION96.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.75793281479-2.58161589957-1.567659882761.998713491411.071642156330.7749114765520.2573210192330.4825236851830.271955321073-0.647551678765-0.2121016369020.361864291612-0.789695111861-0.4801541757660.04975382016410.4916067171360.0194633746633-0.07995102588030.3019705975730.06177173382040.40309422054317.280423405517.8621972341-50.486961352
21.716018949030.571228168069-0.1356275981261.92296079371-0.2442891387662.025225479410.02625662614660.1967365118960.0623998697266-0.190129012649-0.0293797535558-0.211151515262-0.1654489404930.1244334723260.005845794491820.2546152843050.0107386520557-0.02690562765520.266304995225-0.01146302076490.21840559331620.02278162623.0362327131-51.6341741471
33.232792713590.578794039297-0.3227641655121.111168374280.3242729750991.864265206380.0230235727747-0.372603835412-0.2754357668130.291764011729-0.0323728340545-0.008803996221040.129573256077-0.1227903262520.006983983490110.322143244076-0.0267307859191-0.08141957801490.2897308763420.05816915943920.32150448122310.811192006-8.73125321485-28.5290840805
41.87255088699-0.2946057948660.09009961596131.77956475307-0.1344854135651.30075594051-0.0184961846681-0.324114196740.02284412013760.4643116272340.00334682831149-0.40847967617-0.2034136285950.1437211457420.03136949042460.335157587274-0.0323033739225-0.1514189192240.2709159704460.006781301753480.30134481333822.72051903324.34612337683-26.0532504281
51.83848709239-0.219242161480.06003113903121.14028500352-0.828528718271.78969157970.005143113480010.166835063632-0.2049898254-0.18166235103-0.118832808161-0.2592919049420.09920786106110.002061848311090.06394005214180.2520416489710.00902896174804-0.05282080837060.239823424607-0.008384173305660.3136904453816.4498995383-4.43963576732-41.7568709355
63.083774721970.791894398415-2.250395360131.15337757935-0.872188734293.10938469185-0.2006378991080.492180705303-0.242658029854-0.2139941650930.1297275441510.2165058665510.242667620409-0.4794623995920.05615815544410.3530801051470.00280691214051-0.08635528611460.319268950272-0.04663997425770.3464077279383.53817078791-5.2998872622-50.8682042849
71.22455475126-0.1185243732710.3319500620521.08615124437-0.2378273769741.1214051765-0.00574411237993-0.129266884617-0.04651606795220.1894111898320.0290276358007-0.12986533551-0.149174017799-0.000824969143606-0.02194974900650.2828666220120.000434719143813-0.09378272558430.241365479961-0.002407284036540.30681949978316.77950857641.82859242958-32.3226297109
81.899010638211.40470911305-0.8494041343953.928723519280.4096334254211.36073381637-0.0308692982209-0.4926384908920.1808544731560.126766024714-0.3828016420542.2927074197-1.31961891045-1.05266428848-0.128974220440.7374125635310.278032002609-0.4984729625590.6530446744060.102024625060.1942785392394.9401196986510.7176999654-19.3240191155
90.0930471294316-0.197925748743-0.0168883756690.5062817955950.08979199356030.0522315793197-0.0465473872332-0.08120124518130.056524489754-0.0206084616682-0.05303913915510.0706339818890.0164646070631-0.01770190678310.0006319248001251.761517730270.1133611157780.2685275147671.706046476370.3327751290490.8208475699482.606049409577.708239513841.00606771783
101.877560899640.4092703147120.09693241893342.85450259484-1.231345499114.678904261850.0469429839581-0.516202717264-0.308398111595-0.480013663987-0.3135917220531.51329925025-0.140417557851-0.6456564939890.1834408042521.035197543340.215290542436-0.1888058384650.9590370075630.08125459279640.5680651596453.8832408659812.5439650576-18.6543799747
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1132 through 1156 )AA1132 - 11561 - 20
22chain 'A' and (resid 1157 through 1237 )AA1157 - 123721 - 101
33chain 'A' and (resid 1238 through 1282 )AA1238 - 1282102 - 146
44chain 'A' and (resid 1283 through 1385 )AA1283 - 1385147 - 249
55chain 'A' and (resid 1386 through 1423 )AA1386 - 1423250 - 287
66chain 'A' and (resid 1424 through 1861 )AA1424 - 1861288 - 347
77chain 'A' and (resid 1862 through 1919 )AA1862 - 1919348 - 405
88chain 'B' and (resid 1 through 11 )BG1 - 11
99chain 'B' and (resid 12 through 12 )BG12
1010chain 'C' and (resid 1 through 12 )CH1 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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