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万見
- PDB-9hq7: Partial (52mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tube... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hq7
タイトルPartial (52mer) encapsulin shell assembly from Mycobacterium tuberculosis
要素Type 1 encapsulin shell protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin
機能・相同性Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / extracellular region / plasma membrane / Type 1 encapsulin shell protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.51 Å
データ登録者Lewis, C.J. / Berger, C. / Ravelli, R.B.G.
資金援助 オランダ, 2件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)184.034.014 オランダ
Other governmentLHSM18067
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: In situ and in vitro cryo-EM reveal structures of mycobacterial encapsulin assembly intermediates.
著者: Casper Berger / Chris Lewis / Ye Gao / Kèvin Knoops / Carmen López-Iglesias / Peter J Peters / Raimond B G Ravelli /
要旨: Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human ...Prokaryotes rely on proteinaceous compartments such as encapsulin to isolate harmful reactions. Encapsulin are widely expressed by bacteria, including the Mycobacteriaceae, which include the human pathogens Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium leprae. Structures of fully assembled encapsulin shells have been determined for several species, but encapsulin assembly and cargo encapsulation are still poorly characterised, because of the absence of encapsulin structures in intermediate assembly states. We combine in situ and in vitro structural electron microscopy to show that encapsulins are dynamic assemblies with intermediate states of cargo encapsulation and shell assembly. Using cryo-focused ion beam (FIB) lamella preparation and cryo-electron tomography (CET), we directly visualise encapsulins in Mycobacterium marinum, and observed ribbon-like attachments to the shell, encapsulin shells with and without cargoes, and encapsulin shells in partially assembled states. In vitro cryo-electron microscopy (EM) single-particle analysis of the Mycobacterium tuberculosis encapsulin was used to obtain three structures of the encapsulin shell in intermediate states, as well as a 2.3 Å structure of the fully assembled shell. Based on the analysis of the intermediate encapsulin shell structures, we propose a model of encapsulin self-assembly via the pairwise addition of monomers.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Mask / Part number: 2 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 encapsulin shell protein
B: Type 1 encapsulin shell protein
D: Type 1 encapsulin shell protein
E: Type 1 encapsulin shell protein
F: Type 1 encapsulin shell protein
G: Type 1 encapsulin shell protein
H: Type 1 encapsulin shell protein
I: Type 1 encapsulin shell protein
K: Type 1 encapsulin shell protein
L: Type 1 encapsulin shell protein
M: Type 1 encapsulin shell protein
N: Type 1 encapsulin shell protein
O: Type 1 encapsulin shell protein
P: Type 1 encapsulin shell protein
Q: Type 1 encapsulin shell protein
R: Type 1 encapsulin shell protein
S: Type 1 encapsulin shell protein
T: Type 1 encapsulin shell protein
U: Type 1 encapsulin shell protein
V: Type 1 encapsulin shell protein
W: Type 1 encapsulin shell protein
X: Type 1 encapsulin shell protein
BA: Type 1 encapsulin shell protein
CA: Type 1 encapsulin shell protein
DA: Type 1 encapsulin shell protein
EA: Type 1 encapsulin shell protein
FA: Type 1 encapsulin shell protein
GA: Type 1 encapsulin shell protein
HA: Type 1 encapsulin shell protein
IA: Type 1 encapsulin shell protein
JA: Type 1 encapsulin shell protein
KA: Type 1 encapsulin shell protein
LA: Type 1 encapsulin shell protein
MA: Type 1 encapsulin shell protein
NA: Type 1 encapsulin shell protein
OA: Type 1 encapsulin shell protein
PA: Type 1 encapsulin shell protein
QA: Type 1 encapsulin shell protein
SA: Type 1 encapsulin shell protein
TA: Type 1 encapsulin shell protein
UA: Type 1 encapsulin shell protein
VA: Type 1 encapsulin shell protein
WA: Type 1 encapsulin shell protein
XA: Type 1 encapsulin shell protein
YA: Type 1 encapsulin shell protein
ZA: Type 1 encapsulin shell protein
AB: Type 1 encapsulin shell protein
CB: Type 1 encapsulin shell protein
DB: Type 1 encapsulin shell protein
FB: Type 1 encapsulin shell protein
GB: Type 1 encapsulin shell protein
HB: Type 1 encapsulin shell protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,500,89452
ポリマ－1,500,89452
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
Type 1 encapsulin shell protein / Culture filtrate protein 29 / CFP29


分子量: 28863.346 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: enc, cfp29, Rv0798c / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: I6WZG6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Partial encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: 52 of 60 monomers / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 株: Rv0798c
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: C41 / プラスミド: pRSET
緩衝液pH: 7
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 163000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2RELION3.1画像取得
3EPU画像取得
4Gctf画像取得
5PHENIX1.18.2画像取得
6Coot0.9.5画像取得
8GctfCTF補正
11PHENIX1.18.2モデルフィッティング
12Coot0.9.5モデルフィッティング
14PHENIX1.18.2モデル精密化
15Coot0.9.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 89072
3次元再構成解像度: 4.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6294 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7P1T

7p1t


Accession code: 7P1T / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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