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- PDB-9hjo: FANCM-FAAP24-dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hjo
タイトルFANCM-FAAP24-dsDNA complex
要素
  • (DNA (25-MER)) x 2
  • (Fanconi anemia ...) x 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Fanconia Anemia / DNA Interstrand Crosslink repair / Nucleic acid binding / Helix-hairpin-Helix
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding ...double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / four-way junction helicase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain ...Fanconi anemia-associated protein of 24kDa / Fanconi anemia core complex-associated protein 24, pseudonuclease domain / FANCM pseudonuclease domain / Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi anemia group M protein / Fanconi anemia core complex-associated protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Coulthard-Graf, R.J. / Briggs, D.C. / McDonald, N.Q. / Deans, A.
資金援助 オーストラリア, 英国, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1181110 オーストラリア
The Francis Crick InstituteCC2068 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of Fanconi anemia pathway activation by FANCM.
著者: Bythell-Douglas, R. / van Twest, S. / Abbouche, L. / Dunn, E. / Coulthard, R.J. / Briggs, D.C. / Murphy, V. / Zhang, X. / Tan, W. / Henrikus, S.S. / Qian, D. / Wu, Y. / Wolf, J. / Rigoreau, L. ...著者: Bythell-Douglas, R. / van Twest, S. / Abbouche, L. / Dunn, E. / Coulthard, R.J. / Briggs, D.C. / Murphy, V. / Zhang, X. / Tan, W. / Henrikus, S.S. / Qian, D. / Wu, Y. / Wolf, J. / Rigoreau, L. / Shakeel, S. / Chapman, K.L. / McDonald, N.Q. / Deans, A.J.
履歴
登録2024年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi anemia group M protein
B: Fanconi anemia core complex-associated protein 24
C: Fanconi anemia group M protein
D: Fanconi anemia core complex-associated protein 24
F: DNA (25-MER)
G: DNA (25-MER)
H: DNA (25-MER)
I: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,56912
ポリマ－132,4728
非ポリマー974
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, On gel Filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area44410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.008, 69.975, 86.76
Angle α, β, γ (deg.)91.629, 89.929, 115.952
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
32B
42D
53F
63H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRASPASPAA1818 - 20384 - 224
211THRTHRASPASPCC1818 - 20384 - 224
322PROPROPROPROBB15 - 21415 - 214
422PROPROPROPRODD15 - 21415 - 214
533DADADCDCFE9 - 199 - 19
633DADADCDCHG9 - 199 - 19

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

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要素

-
Fanconi anemia ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Fanconi anemia group M protein / Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa ...Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa / FAAP250 / Protein Hef ortholog


分子量: 26989.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Certain Cys residues have been modified by 2'mercaptoethanol adducts
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FANCM, KIAA1596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q8IYD8, RNA helicase
#2: タンパク質 Fanconi anemia core complex-associated protein 24 / Fanconi anemia-associated protein of 24 kDa


分子量: 23924.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAAP24, C19orf40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): FB810 / 参照: UniProt: Q9BTP7

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 FHGI

#3: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7600.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7720.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 118分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350 0.1M di-ammonium monohydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryocooled / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.06 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→86.72 Å / Num. obs: 48487 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1780 / CC1/2: 0.344 / Rpim(I) all: 0.928 / % possible all: 70.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430 (refmacat 0.4.88)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.401→86.718 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 23.179 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.261 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2645 1979 4.084 %Random
Rwork0.2145 46479 --
all0.217 ---
obs-48458 96.147 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 69.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.968 Å2-1.416 Å2-0.144 Å2
2---2.152 Å2-0.639 Å2
3---3.634 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.401→86.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6415 859 4 114 7392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0127513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0166951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.82210309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6511.73816027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7745812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.77542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg1.574535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.529101237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.92210295
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1440.26395
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.23441
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.24145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1240.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1260.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.0920.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1260.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3453.7853236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3453.7853236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.356.7964031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.356.7964032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0685.6654277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0675.6664278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.81110.3586271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.81110.3596272
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.82952.1598302
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.82951.6978290
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0910.056570
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.080.055798
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1280.05887
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090910.05009
12CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.090910.05009
23BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080430.05009
24DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.080430.05009
35FX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.127620.05011
36HX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.127620.05011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.401-2.4630.431080.38326230.38537400.8770.8973.02140.375
2.463-2.530.4071500.36932530.37136230.8790.90393.92770.354
2.53-2.6040.3591610.32532580.32735070.9060.9397.49070.302
2.604-2.6840.3991400.30232590.30634810.910.94597.64440.273
2.684-2.7720.278960.25331690.25433260.9530.9698.1660.22
2.772-2.8690.3231110.2630080.26231810.9370.95998.05090.221
2.869-2.9770.2651280.24529360.24631240.9560.96498.07940.206
2.977-3.0980.2671170.2327840.23129550.9540.96898.17260.196
3.098-3.2360.2891060.23227690.23529270.9430.9798.22340.206
3.236-3.3940.2381360.22125160.22126930.9680.97598.47750.199
3.394-3.5770.2291090.19424590.19526060.9780.98398.54180.178
3.577-3.7930.243710.18423640.18624660.9730.98298.74290.167
3.793-4.0550.272970.17422030.17823350.9580.98198.50110.153
4.055-4.3790.216930.16820330.1721510.9690.98398.83780.151
4.379-4.7960.228760.16418600.16619570.9650.98498.92690.148
4.796-5.360.239980.18116900.18518100.9720.98498.78450.162
5.36-6.1850.253770.19714800.215770.9770.9898.73180.179
6.185-7.5650.335360.22212830.22513330.9270.97298.94970.201
7.565-10.6580.209500.1669740.16810270.9760.98499.70790.178
10.658-86.7180.29190.285580.2815810.9420.94699.31150.295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5730.9961.73213.071.39543.098-0.227-0.09340.01310.13320.1017-0.1121-0.17410.06140.12530.0660.036-0.00990.0643-0.02310.04960.8935-44.918441.1293
21.84090.46621.75381.46841.41565.5898-0.0784-0.4189-0.10550.45150.0785-0.0190.1355-0.1774-0.00020.23190.06340.03070.1365-0.01470.1501-0.5308-48.675353.7146
31.7482-1.0025-1.69593.12791.45393.0473-0.21060.0864-0.0149-0.14010.1394-0.10710.2190.0340.07110.10530.0005-0.03410.0372-0.03140.06310.7948-15.737727.6399
41.9912-0.3979-1.64851.52991.33395.248-0.09520.46320.0536-0.45810.069-0.0332-0.1597-0.160.02620.2299-0.0567-0.09160.1332-0.01020.1532-0.5626-12.010715.0986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAp1818 - 2038
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBp15 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3ALLCp1818 - 2038
4X-RAY DIFFRACTION4ALLDp15 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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