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- PDB-9el5: FANCM translocase domain bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9el5
タイトルFANCM translocase domain bound to DNA
要素
  • DNA (37-MER)
  • Fanconi anemia group M protein
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Translocase / DNA-damage repair / ATPase / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding ...double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex / resolution of meiotic recombination intermediates / nuclease activity / positive regulation of protein monoubiquitination / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / interstrand cross-link repair / four-way junction DNA binding / Fanconi Anemia Pathway / PKR-mediated signaling / four-way junction helicase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like ...Fanconi anemia group M protein, MHF binding domain / FANCM/Mph1-like / FANCM, DEAH-box helicase domain / : / FANCM to MHF binding domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / ERCC4 domain / RuvA domain 2-like / Restriction endonuclease type II-like / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Fanconi anemia group M protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bythell-Douglas, R. / Murphy, V. / Deans, A.J. / Abbouche, L. / Wolf, J. / Rigoreau, L. / Chapman, K.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1181110 オーストラリア
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2025
タイトル: Structural basis of Fanconi anemia pathway activation by FANCM.
著者: Bythell-Douglas, R. / van Twest, S. / Abbouche, L. / Dunn, E. / Coulthard, R.J. / Briggs, D.C. / Murphy, V. / Zhang, X. / Tan, W. / Henrikus, S.S. / Qian, D. / Wu, Y. / Wolf, J. / Rigoreau, L. ...著者: Bythell-Douglas, R. / van Twest, S. / Abbouche, L. / Dunn, E. / Coulthard, R.J. / Briggs, D.C. / Murphy, V. / Zhang, X. / Tan, W. / Henrikus, S.S. / Qian, D. / Wu, Y. / Wolf, J. / Rigoreau, L. / Shakeel, S. / Chapman, K.L. / McDonald, N.Q. / Deans, A.J.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi anemia group M protein
P: DNA (37-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5492
ポリマ－78,5492
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.940, 89.840, 93.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fanconi anemia group M protein / Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa ...Protein FACM / ATP-dependent RNA helicase FANCM / Fanconi anemia-associated polypeptide of 250 kDa / FAAP250 / Protein Hef ortholog


分子量: 65232.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FANCM, KIAA1596 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8IYD8, RNA helicase
#2: DNA鎖 DNA (37-MER)


分子量: 13316.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 32.5% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.24 Å / Num. obs: 35277 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 1.236 / Num. measured all: 41340 / Num. unique obs: 2994 / CC1/2: 0.844 / Rpim(I) all: 0.344 / Rrim(I) all: 1.283 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→61.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.527 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26697 1708 4.8 %RANDOM
Rwork0.21999 ---
obs0.22224 33512 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.153 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å2-0 Å2
2--3.04 Å2-0 Å2
3----1.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→61.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4297 761 0 80 5138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0135285
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.667293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0741.57410868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1145543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.81521.411241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56315822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6321536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4815.4822169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4785.4812168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9798.22713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9798.2022714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.836.383116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.836.383116
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5629.4864581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.09965.6626117
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.165.6616112
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 103 -
Rwork0.295 2448 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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