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万見
- PDB-9hjm: Porphyromonas gingivalis BAM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hjm
タイトルPorphyromonas gingivalis BAM complex
要素
  • DUF4270 domain-containing protein
  • DUF4827 domain-containing protein
  • DUF6242 domain-containing protein
  • Outer membrane protein
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Putative outer membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane biogenesis / beta-barrel assembly machinery / BAM / Gram-negative bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane assembly / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4827 / Domain of unknown function (DUF4827) / Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. ...Protein of unknown function DUF4827 / Domain of unknown function (DUF4827) / Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Putative outer membrane protein / DUF4827 domain-containing protein / Outer membrane protein / DUF4270 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Madej, M. / Silale, A. / van den Berg, B.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreMO-2023/51/D/NZ1/02675 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of a distinct β-barrel assembly machinery complex in the Bacteroidota.
著者: Augustinas Silale / Mariusz Madej / Katarzyna Mikruta / Andrew M Frey / Adam J Hart / Arnaud Baslé / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Matthias Trost / Robert P Hirt / Bert van den Berg /
要旨: The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, ...The Gram-negative β-barrel assembly machinery (BAM) complex catalyses the folding and membrane insertion of newly synthesized β-barrel outer membrane proteins. The BAM is structurally conserved, but most studies have focused on Gammaproteobacteria. Here, using single-particle cryogenic electron microscopy, quantitative proteomics and functional assays, we show that the BAM complex is distinct within the Bacteroidota. Cryogenic electron microscopy structures of BAM complexes from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron (3.3 Å) and the human oral pathogen Porphyromonas gingivalis (3.2 Å) show similar, seven-component complexes of ~325 kDa. The complexes are mostly extracellular and comprise canonical BamA and BamD; an integral, essential outer membrane protein, BamG, that associates with BamA; and four surface-exposed lipoproteins: BamH-K. Absent from the BAM in Pseudomonadota, BamG-K form a large, extracellular dome that may confer additional functionality to enable the folding and assembly of β-barrel-surface-exposed lipoprotein complexes that are a hallmark of the Bacteroidota. Our findings develop our understanding of fundamental biological processes in an important bacterial phylum.
履歴
登録2024年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Outer membrane protein
G: DUF4270 domain-containing protein
H: DUF6242 domain-containing protein
I: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
J: DUF4827 domain-containing protein
A: Putative outer membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,6558
ポリマ－297,8306
非ポリマー8252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 FGHIJA

#1: タンパク質 Outer membrane protein / BamG


分子量: 48549.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PGN_1514
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
参照: UniProt: B2RKY8
#2: タンパク質 DUF4270 domain-containing protein / BamH


分子量: 51849.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PGN_1735
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
参照: UniProt: B2RLK9
#3: タンパク質 DUF6242 domain-containing protein / BamI


分子量: 50949.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
#4: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / BamJ


分子量: 20946.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PGN_0208
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
参照: UniProt: B2RH82, peptidylprolyl isomerase
#5: タンパク質 DUF4827 domain-containing protein / BamK


分子量: 23531.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PGN_1188
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
参照: UniProt: B2RK12
#6: タンパク質 Putative outer membrane protein / BamA


分子量: 102003.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PGN_0299
発現宿主: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
参照: UniProt: B2RHH3

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非ポリマー , 2種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#8: 化合物 ChemComp-Z41 / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate


分子量: 568.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O5

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Porphyromonas gingivalis BAM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
210 mMHEPESHEPES1
30.03 %dodecyl maltosideDDM1
試料濃度: 4.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 41.01 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 11459
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU2.10.0.1941REL画像取得
7PHENIXモデルフィッティングdock in map
9PHENIX1.21.1_5286:モデル精密化real space refine
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86584 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDChain-IDSource nameタイプ
11AAlphaFoldin silico model
21FAlphaFoldin silico model
31GAlphaFoldin silico model
41HAlphaFoldin silico model
51IAlphaFoldin silico model
61JAlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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