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万見
- PDB-9hj3: Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hj3
タイトルBacteroides thetaiotaomicron BAM complex
要素
  • (Outer membrane ...) x 2
  • DUF4270 domain-containing protein
  • DUF4827 domain-containing protein
  • DUF6242 domain-containing protein
  • Lipoprotein protein, putative
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein biogenesis / Beta-barrel assembly machinery / BAM
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane assembly / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF6242 / Domain of unknown function (DUF6242) / Protein of unknown function DUF4827 / Domain of unknown function (DUF4827) / Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like ...Domain of unknown function DUF6242 / Domain of unknown function (DUF6242) / Protein of unknown function DUF4827 / Domain of unknown function (DUF4827) / Protein of unknown function DUF4270 / Domain of unknown function (DUF4270) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Surface antigen D15-like / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-TRIDECANOIC ACID / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / Outer membrane protein / DUF4270 domain-containing protein / DUF4827 domain-containing protein / DUF6242 domain-containing protein / Outer membrane protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Lipoprotein protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Silale, A. / van den Berg, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be updated
著者: Silale, A. / van den Berg, B.
履歴
登録2024年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月27日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein
D: Lipoprotein protein, putative
F: Outer membrane protein
H: DUF6242 domain-containing protein
I: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
J: DUF4827 domain-containing protein
G: DUF4270 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,5579
ポリマ－340,7747
非ポリマー7832
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Outer membrane ... , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Outer membrane protein


分子量: 101527.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_3725
発現宿主: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A1E1
#3: タンパク質 Outer membrane protein


分子量: 47860.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q89ZL0

-
タンパク質 , 5種, 5分子 DHIJG

#2: タンパク質 Lipoprotein protein, putative


分子量: 31415.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8AA92
#4: タンパク質 DUF6242 domain-containing protein


分子量: 55108.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A1D9
#5: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 21884.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A1P7, peptidylprolyl isomerase
#6: タンパク質 DUF4827 domain-containing protein


分子量: 24712.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A0S2
#7: タンパク質 DUF4270 domain-containing protein


分子量: 58264.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
参照: UniProt: Q89ZS0

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非ポリマー , 2種, 2分子

#8: 化合物 ChemComp-TDA / N-TRIDECANOIC ACID / トリデカン酸


分子量: 214.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O2
#9: 化合物 ChemComp-Z41 / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate / 1-O,2-O-ジパルミトイル-L-グリセロ-ル


分子量: 568.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68O5

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacteroides thetaiotaomicron BAM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.325 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
210 mMHEPESHEPES1
30.04 %dodecyl maltosideDDM1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13558
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2266553
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 105155 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: The best parts of two maps at 3.28 A and 3.46 A were combined using phenix.combine_focused_maps
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 64.9 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Experimental models were fit into the combined focused map.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
19HIS

9his

19HIS1PDBexperimental model
29HIV

9hiv

19HIV2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00619966
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92427044
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.0712723
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0572914
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.013487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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