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- PDB-9hgh: MyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hgh
タイトルMyD88 peptide_1 bound to SPOP MATH domain
要素
  • Myeloid differentiation primary response protein MyD88
  • Speckle type BTB/POZ protein
キーワードLIGASE / Ubiquitination / Immune signalling / Degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response / response to molecule of fungal origin / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / establishment of endothelial intestinal barrier / IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / Toll-like receptor binding / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / interleukin-1 receptor binding / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / death receptor binding / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / extrinsic component of plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / skin development / type I interferon-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / response to amine / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / response to amino acid / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / response to interleukin-1 / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / protein catabolic process / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-1 signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / response to ethanol / defense response to virus / gene expression / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / MATH domain / TIR domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). ...Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / MATH domain / TIR domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / BTB/POZ domain / Death-like domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle type BTB/POZ protein / Myeloid differentiation primary response protein MyD88
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Makhlouf, L. / Zeqiraj, E.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust222372/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01HL159175-04 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Sequence rules for a long SPOP-binding degron required for protein ubiquitylation.
著者: Makhlouf, L. / Mishra, M. / Makhlouf, H. / Manfield, I. / Busino, L. / Zeqiraj, E.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle type BTB/POZ protein
B: Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9832
ポリマ－17,9832
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1640 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.000, 57.290, 60.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Speckle type BTB/POZ protein


分子量: 16212.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RDG8
#2: タンパク質・ペプチド Myeloid differentiation primary response protein MyD88


分子量: 1769.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99836
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M diethyleneglycol, 0.03 M triethyleneglycol, 0.03 M tetraethyleneglycol, 0.03 M pentaethyleneglycol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.44 Å / Num. obs: 11453 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 1091 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.44 Å / SU ML: 0.1939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.4086
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 547 4.78 %
Rwork0.173 10904 -
obs0.1758 11451 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 121 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111243
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13211670
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0606184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0101209
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.1476163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.090.27221330.19492639X-RAY DIFFRACTION98.54
2.09-2.390.25081230.17082709X-RAY DIFFRACTION99.96
2.39-3.020.23861530.18072707X-RAY DIFFRACTION99.62
3.02-33.440.21021380.16392849X-RAY DIFFRACTION99.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.214269863950.0277075364085-1.316403316781.526406281610.4904590745341.89354448155-0.2690044369410.3632728837310.4695061247750.1008801872140.228952638809-0.05148475338380.04801102684380.09944390885330.02936843075730.07956851841080.0136914890506-0.01122460755810.1175247224650.01680446775330.118807193795.20117689989.136907603530.6371275507
22.10206261405-2.06791016241-0.1961359439552.919411502161.266392924012.10026680384-0.04096338960830.244696496681-0.469703728101-0.1030866128070.1130009917650.1072316104710.5709388021250.047770445980.1326149599730.1760059023680.0122476810731-0.04584025225890.227885687365-0.03801999173580.255593575364-16.5884238803-1.095127030063.00553711857
32.7029619391-0.0548230082151-0.9904534215652.232835914890.04521128539232.936390462070.03855256298360.183931311710.351042209178-0.2319631872620.09176878096780.0991266653229-0.0614542965998-0.0701028874127-0.04865134141760.1119642577210.0159621059465-0.00642257719270.1095484561240.01172821263830.09992666989871.179890176214.14099970878-5.51362552302
42.042523901220.63854072678-0.02925617460034.919862453481.392014595533.73338057637-0.06475175949380.0994983031264-0.2970874003060.311495937916-0.008768165147740.3913604995680.629921875404-0.042533396460.04905609362990.230560277702-0.04465841684680.04658300246790.190127733103-0.01480438636620.180271790795-8.12176118569-10.32059563647.75332612202
52.59007878434-0.385248100061-1.854758408071.25604132060.1797211900374.121959264310.1164424018520.094256154533-0.0473703645995-0.2441770625590.0536785271904-0.135478185730.2286442267620.154714047525-0.0515574054090.101371242682-0.01836530658680.000111827614150.125917288084-0.01541190805880.11395658176.11187769355-1.07895950133-6.44921041932
64.38472058474-0.97767400846-2.827530054351.349416077811.056309525573.37201983349-0.0370590650287-0.3217105925040.1816413177920.07284656344670.161228468423-0.1998839502490.2223178912530.406469062687-0.1658893712790.1267713034370.0135605050113-0.008415488241480.1057934717440.01136518531730.09443176002418.095988690992.212795534244.05947141297
74.37843526978-3.111311953251.033996603816.110758733810.07277208919441.47345989763-0.23934326052-0.3796478211960.846879112550.410799785586-0.04602327947930.0973508164074-0.290107401592-0.1643666045620.03949207758620.2051211825130.0424644998811-0.04171077909920.197987988583-0.07876373695520.223658525607-2.434884658319.8296295549615.0164678561
81.664948104760.0350900923273-0.3772650942231.5635602705-0.01875979634112.40582148953-0.00193777173151-0.168961179656-0.1310450641240.06974547822140.0333578427293-0.06431723574390.2424065380460.2294864995280.009514655818920.09211992423170.01184907349920.004075840531760.06843860605770.01642822520920.100886399115.79032799764-4.312105847533.51385359157
92.890965551041.173541112220.5592919257235.220782678433.394965755226.767903833090.0668363624877-0.120733396956-0.3179347065080.1514569125770.01066798614390.6417792118350.0151370383363-0.4324853441150.08889376243430.295522369274-0.03160952436560.01830821155240.283684024284-0.01646126233780.197662113805-11.77916284330.69773204572216.8151896056
104.20089125958-0.334496099048-1.390993879391.367518910380.6211554031351.82454416770.144401503902-0.1099482434820.4701499611460.0410954569635-0.02209781883690.0598365029598-0.0919052746392-0.07034172260810.01208392099730.12428117322-0.0213070993136-0.01069076855710.08460085532810.009358135521270.0999447317496-2.052211846077.548311085856.20749419941
112.56523560445-0.282914126298-0.3689347283882.014881250020.3514412504961.50734106558-0.165827925062-0.0961900767043-0.3087424744120.001328962073890.1075798242570.003508722344010.561038286779-0.594051101750.02033687916530.241364690906-0.0605791302519-0.04154857991440.1871948477990.01352624410280.1453790248990.164256008463-9.285000021689.16195504139
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 27 through 38 )AA27 - 381 - 12
22chain 'A' and (resid 39 through 48 )AA39 - 4813 - 22
33chain 'A' and (resid 49 through 72 )AA49 - 7223 - 46
44chain 'A' and (resid 73 through 84 )AA73 - 8447 - 58
55chain 'A' and (resid 85 through 97 )AA85 - 9759 - 71
66chain 'A' and (resid 98 through 106 )AA98 - 10672 - 80
77chain 'A' and (resid 107 through 116 )AA107 - 11681 - 90
88chain 'A' and (resid 117 through 138 )AA117 - 13891 - 112
99chain 'A' and (resid 139 through 147 )AA139 - 147113 - 121
1010chain 'A' and (resid 148 through 165 )AA148 - 165122 - 139
1111chain 'B' and (resid 126 through 140 )BB126 - 1401 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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