[日本語] English
万見
- PDB-9hgg: SETD2 peptide bound to SPOP MATH domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hgg
タイトルSETD2 peptide bound to SPOP MATH domain
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
  • Speckle-type POZ protein
キーワードLIGASE / Ubiquitination / Complex / Degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / embryonic placenta morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / pericardium development ...mesoderm morphogenesis / morphogenesis of a branching structure / peptidyl-lysine trimethylation / coronary vasculature morphogenesis / cell migration involved in vasculogenesis / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / embryonic placenta morphogenesis / histone H3K36 trimethyltransferase activity / pericardium development / regulation of mRNA export from nucleus / stem cell development / histone H3K36 methyltransferase activity / nucleosome organization / response to type I interferon / protein-lysine N-methyltransferase activity / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of ossification / response to alkaloid / regulation of protein localization to chromatin / response to metal ion / histone H3 methyltransferase activity / molecular function inhibitor activity / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / endodermal cell differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / regulation of proteolysis / alpha-tubulin binding / mismatch repair / forebrain development / positive regulation of autophagy / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / regulation of cytokinesis / stem cell differentiation / neural tube closure / transcription elongation by RNA polymerase II / Hedgehog 'on' state / : / PKMTs methylate histone lysines / protein polyubiquitination / chromosome / regulation of gene expression / angiogenesis / defense response to virus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain ...SPOP, C-terminal BACK domain / : / BPM/SPOP, BACK domain / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2, animal / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Makhlouf, L. / Zeqiraj, E.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust222372/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL159175-04 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Sequence rules for a long SPOP-binding degron required for protein ubiquitylation.
著者: Makhlouf, L. / Mishra, M. / Makhlouf, H. / Manfield, I. / Busino, L. / Zeqiraj, E.
履歴
登録2024年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Histone-lysine N-methyltransferase SETD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1827
ポリマ－18,0612
非ポリマー1225
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.565, 51.043, 54.901
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

MG

21A-203-

MG

31A-340-

HOH

41A-347-

HOH

51A-372-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16283.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase SETD2 / HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin- ...HIF-1 / Huntingtin yeast partner B / Huntingtin-interacting protein 1 / HIP-1 / Huntingtin-interacting protein B / Lysine N-methyltransferase 3A / Protein-lysine N-methyltransferase SETD2 / SET domain-containing protein 2 / hSET2 / p231HBP


分子量: 1776.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9BYW2, [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.56 Å / Num. obs: 10343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 23.88 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 45.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Num. unique obs: 1018 / CC1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→44.56 Å / SU ML: 0.1756 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.8991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2561 484 4.68 %
Rwork0.1942 9853 -
obs0.1973 10337 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→44.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 5 121 1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01241226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21221649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0635182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096208
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7532163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.170.29211670.23863189X-RAY DIFFRACTION99.85
2.17-2.740.27251520.23253264X-RAY DIFFRACTION100
2.74-44.560.24021650.16813400X-RAY DIFFRACTION99.92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20655270746-1.337061060420.6407030644442.28407382865-0.4658995569112.47937485868-0.234437202824-0.2310337546810.278626946024-0.04669339563160.0614680791527-0.1515359697520.02992772586510.1145423990260.1295950895680.168304949037-0.02554726812380.04102383012140.266709587651-0.005577254556530.11709375217716.183189935919.66137181615.60882168066
22.7935684426-0.504723826178-1.581538585023.46644288308-0.3441612309253.496039015850.11769407244-0.4032612556740.194349270543-0.122299792199-0.138135239647-0.344226876433-0.1124941163890.5203198416930.005322601786520.208008149955-0.01280535433470.04231342634670.291674617401-0.002070992028880.16535194565821.857977418.5741175857-0.951788372334
33.952611018614.279089885190.3296793635665.251328559981.438257426882.19120600658-0.518747055491.21460283510.322112295291-0.5111015161390.594680471710.271599275578-0.106121724420.157261600221-0.1597652865960.266547939854-0.0201132780953-0.04833211305850.2671707352880.04230643928780.1823888532219.921585723515.67019176420.603611587239
46.02598386727-1.02061014265-0.142623152584.538255144760.1346909586848.88486736069-0.418603453025-0.0271607162115-1.01035928257-0.07920436879740.05269142722710.3952389216470.943154620319-0.6469272610620.2433153324790.220170913467-0.09256037995990.08023540655290.328531417095-0.03589216892690.3796523272535.159694450056.632159528345.34636416312
54.513522787251.37046970928-2.332034420952.50030560882-0.6741297905723.10128225053-0.08793838059980.42732713481-0.723906452675-0.170225234228-0.131138649396-0.3101532628060.3236620886630.5406884835780.1847179548460.1551236787420.05131407575990.006603279111450.345784920055-0.02668924020420.19064248652826.345920505711.79265697440.123541427799
64.85485391085-2.6453086183-3.539524469265.164130873191.825108904585.74030452264-0.672612290736-0.4000474380020.5052381155630.5092610634090.409290487289-0.7222082280310.4436743167370.9291492195090.1745515380260.2094903049890.0489600693912-0.04371532722790.2564437731160.003387661126040.1804520571524.380907905213.260773174910.6418829004
75.30843566202-2.551539111981.071227184122.51552151390.3218091448468.48735717060.0782135749426-0.2859684677160.2659593936890.177776089252-0.050590371042-0.996985792556-0.4650400195321.19630073473-0.03367907790270.174690665719-0.04952057842-0.02334942592380.2399321545980.04147343914670.20845411405312.552238605822.882507619418.8093950058
83.55189442759-1.26235603039-2.49820360371.93417231619-0.2867211801645.237714670550.0499488146155-0.4671770335290.1039515867420.1679429513830.3520225484150.1009918117130.269203247030.478660547513-0.3868749423130.1981797308450.000233161912847-0.02524645847560.2528263456560.009394808575680.18468780907426.1287198947.578467692926.75734213131
95.10714376298-1.98835256229-1.463182728462.74922622771.561553947284.03140870286-0.236247690327-0.362705240618-0.492078608460.1275638803360.08386904120830.4404699015250.143037041179-0.4316222304290.1920592404850.186750030222-0.01754107577150.01538188791060.2237816144640.05523388566120.2148933645647.6781281713712.998118066311.698315505
102.80311861087-1.47667645102-1.456610883783.326952626250.7104449988832.447864540160.03633488451350.04775066333320.5714866534690.0580116789026-0.0711851529871-0.234848736894-0.1843257257520.279305860149-0.01766534053050.133200295115-0.0101339900028-6.55173954193E-50.1727878088840.002275454080140.11335717832618.349635166320.60186801839.88468642694
115.33095296627-1.0217774801-1.600978737694.309886485912.48609878486.75580827415-0.2248715082990.0701384198389-0.8234132257110.2899898075950.06674094753060.2813502995350.5812798125860.1572964350710.1671632556830.267125504024-0.01877292494230.003667662806740.1234310825740.01185118293370.31329731867813.55318063635.2245829771810.3768008321
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 26 through 48 )AA26 - 481 - 23
22chain 'A' and (resid 49 through 65 )AA49 - 6524 - 37
33chain 'A' and (resid 66 through 72 )AA66 - 7238 - 44
44chain 'A' and (resid 73 through 84 )AA73 - 8445 - 56
55chain 'A' and (resid 85 through 97 )AA85 - 9757 - 69
66chain 'A' and (resid 98 through 106 )AA98 - 10670 - 78
77chain 'A' and (resid 107 through 116 )AA107 - 11679 - 88
88chain 'A' and (resid 117 through 129 )AA117 - 12989 - 101
99chain 'A' and (resid 130 through 147 )AA130 - 147102 - 119
1010chain 'A' and (resid 148 through 166 )AA148 - 166120 - 138
1111chain 'B' and (resid 1364 through 1377 )BB1364 - 13771 - 14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る