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- PDB-9hfw: SRC-3 (NCoA-3) peptide bound to SPOP MATH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hfw
タイトルSRC-3 (NCoA-3) peptide bound to SPOP MATH domain
要素
  • Nuclear receptor coactivator 3
  • Speckle type BTB/POZ protein
キーワードLIGASE / Ubiquitination / Complex / Degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / histone acetyltransferase activity / positive regulation of stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / retinoic acid receptor signaling pathway ...: / cell dedifferentiation / regulation of stem cell division / positive regulation of keratinocyte differentiation / vitamin D receptor signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / histone acetyltransferase activity / positive regulation of stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / nuclear receptor binding / cellular response to estradiol stimulus / protein catabolic process / PPARA activates gene expression / MAPK6/MAPK4 signaling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / disordered domain specific binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking ...: / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / BTB/POZ domain / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / BTB domain profile. / PAS domain / BTB/POZ domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle type BTB/POZ protein / Nuclear receptor coactivator 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Makhlouf, L. / Zeqiraj, E.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust222372/Z/21/Z 英国
Wellcome Trust222531/Z/21/Z 英国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01HL159175-04 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Sequence rules for a long SPOP-binding degron required for protein ubiquitylation.
著者: Makhlouf, L. / Mishra, M. / Makhlouf, H. / Manfield, I. / Busino, L. / Zeqiraj, E.
履歴
登録2024年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle type BTB/POZ protein
B: Nuclear receptor coactivator 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8772
ポリマ－17,8772
非ポリマー00
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.039, 54.282, 45.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-244-

HOH

21A-283-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Speckle type BTB/POZ protein


分子量: 16141.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RDG8
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 3 / NCoA-3 / ACTR / Amplified in breast cancer 1 protein / AIB-1 / CBP-interacting protein / pCIP / ...NCoA-3 / ACTR / Amplified in breast cancer 1 protein / AIB-1 / CBP-interacting protein / pCIP / Class E basic helix-loop-helix protein 42 / bHLHe42 / Receptor-associated coactivator 3 / RAC-3 / Steroid receptor coactivator protein 3 / SRC-3 / Thyroid hormone receptor activator molecule 1 / TRAM-1


分子量: 1735.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6Q9, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.88 Å / Num. obs: 15071 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 13.85 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 1420 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→45.88 Å / SU ML: 0.171 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 808 5.36 %
Rwork0.1779 14259 -
obs0.1803 15067 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1184 0 0 132 1316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12391668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097212
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2668167
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.810.26481440.22112281X-RAY DIFFRACTION98.18
1.81-1.950.21731370.18042324X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.140.21321300.17892346X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.450.22761280.16752391X-RAY DIFFRACTION100
2.45-3.090.23761460.18632379X-RAY DIFFRACTION99.92
3.09-45.880.20641230.16872538X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91923321492-0.0817301284838-2.445228802852.008546645380.3205016490524.2612138046-0.04553051646960.755527503517-0.274056689148-0.287457502998-0.1251561220310.0594884276437-0.113998448972-0.2152006147690.2573788703840.0798896237109-0.00298100577772-0.008435400183880.261492689077-0.04941114036630.1118150765873.320850641596.698864692620.751303950213
26.41898099836-0.172905826685-0.3171050676992.852048999470.4915525251811.82442005905-0.00187801800908-0.836229835328-0.4150747486660.3819615107180.1776988703140.2586829942670.0800983567808-0.0480084906204-0.1049412673920.1492677752750.02406920541760.03313407908530.1930296051650.08312422468140.2189446693927.97405029104-0.24498790947918.9921567113
34.35249572650.4370554926822.440438753721.268710910911.143724982183.320245381260.1406468964620.113346084309-0.485608892277-0.029840728593-0.09907853635160.1902444178210.3242165815-0.57449205238-0.3572448163960.0491897247447-0.0172656537490.009687831287890.195666293241-0.05575255962820.1849891007077.48627084255-1.225385826574.79782225551
42.362846700850.7502412389251.814607856332.708210162640.9854430460912.572433048180.1208485755280.155463120754-0.176630549551-0.427698990433-0.009366711809670.167281042560.00308735002169-0.512762108407-0.01821888451440.1141698728620.0353783723006-0.01210075074180.191696646845-0.04699761890080.1232146076637.960862518121.14212706372-4.3716407539
57.294691399820.1239613422533.091089286655.812793767292.447846460797.7549934664-0.098632130365-0.356752137522-0.2254350906680.1113126298110.173332871833-0.3338246696930.1113429862420.240280705083-0.021198824760.08282079395290.0324633341886-0.004033152493420.1340329602230.01785656180810.0752320431219.12589160054.3325956297816.4360989287
61.340100925170.07704080774860.8101351707595.13755486876-1.337583830272.621647473550.03307364756060.117118804613-0.139451821227-0.89614425464-0.0399144721443-0.2438528260380.138979819020.276301125147-0.3659833471970.03253331023420.009796321709470.03339503281810.125301185722-0.01990910856860.071090115496214.2787181027-0.155369281318-4.83542006651
76.3524145148-2.46866950597-4.272623362264.555515467123.200955056723.931120546270.1496347224010.1780580497920.289177818889-0.4017418343230.0269153282183-0.194139988488-0.2888733288520.0573504565067-0.2475660341410.08783436186720.0081727059418-0.007043840303950.0876592787665-0.006305329942330.052222658235613.032256748110.4923010669-2.20934558064
82.87816099337-0.877981365388-4.313942326724.159056365430.3355134226447.076678540670.0466870468866-0.1424779583530.281824460301-0.1219445123020.1092772450120.340128510138-0.518338281852-0.275982184626-0.1590718598060.1260451410470.0351680480591-0.0202693851860.109673163395-0.00115264578880.1161537446173.304283564818.63374138459.84187318044
93.130331867550.688951378568-0.7381469068690.8216951278930.03403134818274.303216363050.1744393062560.129728352792-0.0139537915147-0.450861405135-0.142480118489-0.39332784697-0.32969331950.209274692039-0.10502086440.08345325642550.0174980823830.03709717467260.1150684690560.0001894516802840.070770686806818.63440037117.05781696574-3.81999378377
102.36686374272-1.59265022188-1.24229955412.879762442711.447432486752.59093687386-0.189522287009-0.270932026436-0.0171214082190.3166050784650.166866648693-0.01578080352280.02450955308710.2515340298790.05524173850820.05630139306160.00152880132157-0.004573111637020.09516543246640.01726003047620.062406533325713.718444247611.004931344813.9133271686
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121.668079695350.643526308632-0.5842513167313.296719283331.540362999493.84735030880.0185334457666-0.2597066195040.1137928243830.4482410409810.385829758201-0.709805958771-0.07160737259370.677498405541-0.4141674957380.130404765291-0.0199373961562-0.05519071645390.228369798579-0.03026372616960.17237097408221.738797905111.761125674510.8398775085
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 30 through 38 )AA30 - 381 - 9
22chain 'A' and (resid 39 through 48 )AA39 - 4810 - 19
33chain 'A' and (resid 49 through 58 )AA49 - 5820 - 29
44chain 'A' and (resid 59 through 72 )AA59 - 7230 - 43
55chain 'A' and (resid 73 through 84 )AA73 - 8444 - 55
66chain 'A' and (resid 85 through 97 )AA85 - 9756 - 68
77chain 'A' and (resid 98 through 106 )AA98 - 10669 - 77
88chain 'A' and (resid 107 through 116 )AA107 - 11678 - 87
99chain 'A' and (resid 117 through 129 )AA117 - 12988 - 100
1010chain 'A' and (resid 130 through 147 )AA130 - 147101 - 118
1111chain 'A' and (resid 148 through 164 )AA148 - 164119 - 135
1212chain 'B' and (resid 91 through 104 )BB91 - 1041 - 14

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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