PDB-9hfu: Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hfu

タイトル

Caprin1 peptide bound to SPOP MATH domain

要素

Caprin-1
Speckle type BTB/POZ protein

キーワード

LIGASE / Ubiquitination / Complex / Degradation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / positive regulation of stress granule assembly / intracellular mRNA localization / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / positive regulation of dendrite morphogenesis / membraneless organelle assembly / intracellular membraneless organelle / generation of neurons / cell leading edge / synapse assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Makhlouf, L. / Zeqiraj, E.

資金援助

英国,

米国, 3件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2025
タイトル: Sequence rules for a long SPOP-binding degron required for protein ubiquitylation.
著者: Makhlouf, L. / Mishra, M. / Makhlouf, H. / Manfield, I. / Busino, L. / Zeqiraj, E.

履歴

登録	2024年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hfu.cif.gz	237.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hfu.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9hfu_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hfu_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	9hfu_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	9hfu_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/9hfu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9hfvC 9hfwC 9hggC 9hghC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Speckle type BTB/POZ protein

B: Speckle type BTB/POZ protein

C: Caprin-1

D: Caprin-1

ヘテロ分子

36.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Speckle type BTB/POZ protein

D: Caprin-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
18.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Speckle type BTB/POZ protein

C: Caprin-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	39.808, 60.882, 57.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.050, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Speckle type BTB/POZ protein 分子量: 16309.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RDG8
#2: タンパク質・ペプチド	Caprin-1 / Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / ...Cell cycle-associated protein 1 / Cytoplasmic activation- and proliferation-associated protein 1 / GPI-anchored membrane protein 1 / GPI-anchored protein p137 / GPI-p137 / p137GPI / Membrane component chromosome 11 surface marker 1 / RNA granule protein 105 分子量: 1792.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14444
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→41.67 Å / Num. obs: 29981 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.71 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Num. unique obs: 2918 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot	0.9.8.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→41.66 Å / SU ML: 0.1403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.9328
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	1523	5.08 %
R_work	0.1624	28444	-
obs	0.1646	29967	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2454	0	1	247	2702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0273	3406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	376
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9568	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.2536	103	0.1981	2577	X-RAY DIFFRACTION	98.57
1.75-1.82	0.2447	157	0.1913	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.82-1.89	0.2355	119	0.1767	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.89-1.98	0.2006	139	0.1661	2556	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.98-2.08	0.2096	114	0.1504	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.08-2.21	0.2336	113	0.1555	2615	X-RAY DIFFRACTION	99.6
2.21-2.38	0.196	163	0.1606	2558	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.38-2.62	0.2081	148	0.1649	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.62-3	0.2244	171	0.1686	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3-3.78	0.1802	157	0.1429	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.78-41.66	0.1783	139	0.1624	2625	X-RAY DIFFRACTION	98.33

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.48268437237	0.516542137972	0.611937987991	1.01043449209	0.296129451556	1.28809675481	-0.172698943654	-0.424834751227	0.251740284266	0.0774173436463	0.0746199608668	0.254954335028	0.00914471196146	-0.252109830193	0.0949057537199	0.0564933130756	-0.0153326097874	0.0124195908334	0.127515908581	0.0149222126062	0.169823006932	3.3124052653	7.47134155744	8.74691586653
2	3.72970492234	-0.238278682752	1.74684404852	2.86507767053	2.06225919126	2.80762902093	-0.167987555663	0.379775673431	0.128324243108	-0.207938922593	0.0505675561542	-0.193023996181	0.0378057686056	-0.121876986051	0.0741124164476	0.0784287943018	-0.00248521781647	0.0143725564943	0.230934440722	0.0109638415989	0.192230887359	26.8868008087	11.0497813015	-0.322672913248
3	2.68682146908	0.592196297358	0.18078757117	2.91672451152	0.155963170831	2.4526445682	0.126292163012	-0.322385613501	-0.078055044359	0.175386514472	-0.111451445987	0.124671239237	0.225126725314	0.00586356308688	0.0267470729361	0.0718425179877	-0.0137132619379	-0.0197053299909	0.05561008629	0.013378798747	0.0816776250985	9.71063961112	1.47789460847	4.01110311168
4	2.72323073114	-0.885602337698	-0.945130967671	3.81818969629	0.00395423758706	5.41663569198	0.156892331614	0.285206331722	-0.281215749371	-0.371116428574	0.121381082421	-0.177761531703	-0.266361710688	0.49192110798	-0.0321715883658	0.111768128187	-0.0337804157465	0.0314666135531	0.14283114077	0.00778803128604	0.0715600510258	17.9704420612	15.1076404639	-10.377125292
5	2.30855736141	1.67292232037	-0.352833885795	3.30223667079	-0.945378106211	1.45964961676	-0.045535157727	0.00875356419259	-0.236132579755	-0.12975316649	-0.0558138507109	-0.0480872908025	0.160528164153	-0.0657297658344	0.0798470501058	0.047382044401	0.00292885162235	-0.00495015871856	0.0522024660269	-0.0100722580353	0.118344279403	4.3540119318	0.338462839299	-1.19088441885
6	5.14638358321	2.23734992821	0.488676077074	2.98412171935	-0.372271805159	1.26684407732	-0.00462626189666	-0.0491973280139	0.195844382215	0.0979035779916	0.0508741495117	0.105958180308	0.0987485955275	-0.0771517996486	0.0246418122698	0.0377345081473	0.0061950309332	0.0103978330607	0.0475647360441	0.00481762687618	0.132397482603	2.28610362643	11.0267603724	2.15903349532
7	7.20004272121	-0.482159854397	2.30654074843	1.57986875188	-0.137813319721	6.45858500904	-0.285117894447	-0.687369931218	-0.0613086761187	0.196379196495	-0.0312468328624	0.753570900604	-0.516574476086	-0.0906332399019	0.29640422755	0.158713773039	-0.0138730304556	-0.00642471264145	0.0959731989856	-0.0811021446595	0.227939212907	11.9829294396	22.7402483947	9.79282502005
8	2.62295626641	-0.40832217837	0.178200828453	3.75202025274	0.167866091833	1.17499570035	-0.0988671124188	0.092444958214	-0.0680979700464	-0.00887618892361	-0.0996118796213	0.736468071231	0.0590321284881	-0.116412479875	0.0951881232107	0.0200776776077	-0.016179431718	-0.00903550460265	0.08191882764	-0.00747244438194	0.119646399006	0.206154262168	7.25772667084	-3.68223230376
9	2.53280604762	2.08443337605	1.22824632038	3.17079849738	1.08661116254	1.61533381398	-0.128795469175	0.151657746482	0.0338607706436	-0.141390027117	0.163784678375	-0.148559896442	-0.239849043545	0.228622457608	0.0069403092152	0.0626730495114	-0.0138001956348	0.0156776390055	0.0752911934325	-0.0131915511035	0.0848601950093	15.0836741149	18.8422962911	-2.62946617987
10	3.5847638195	1.90096655157	0.136861221546	2.75661616281	0.348769834178	1.33007995368	0.168840214527	-0.201719017795	-0.180927405293	0.103756989288	-0.148878158119	-0.0254455257615	-0.0588992800846	0.00614624305632	0.0090354456597	0.0485690857922	0.00084316376203	-0.00582447425897	0.0715587872828	0.00492246304697	0.0432986637923	10.7803542569	12.879092801	7.44135222448
11	6.94070370175	-0.0762976596757	0.482532119319	2.40372045572	0.27375523322	1.95843503173	-0.0441395448008	0.356645480267	-0.62005483349	-0.131099363114	0.0456912654847	-0.181656921367	-0.0642123370686	0.28110361922	0.0246882272789	0.0864207444073	0.00517150022521	0.0140525490593	0.0978968428666	-0.0129438222072	0.098750344485	15.2581075179	4.81295891687	19.6732497461
12	7.96434129974	0.0202871939237	3.9163896198	5.9658729689	1.57831590318	2.33846026515	0.0603815425424	-1.48163033281	-0.108534266186	1.24354453539	0.244908581032	-0.116294947558	0.339648517513	0.000650711916204	-0.0307509341237	0.0922213706017	-0.067896463075	-0.0809051013569	0.541371602937	-0.0527557638335	0.352410285382	-7.03333025993	8.33153759337	28.1973985613
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 26 through 38 )	A	A	26 - 38	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 39 through 48 )	A	A	39 - 48	14 - 23
3	3	chain 'A' and (resid 49 through 72 )	A	A	49 - 72	24 - 47
4	4	chain 'A' and (resid 73 through 84 )	A	A	73 - 84	48 - 59
5	5	chain 'A' and (resid 85 through 97 )	A	A	85 - 97	60 - 72
6	6	chain 'A' and (resid 98 through 106 )	A	A	98 - 106	73 - 81
7	7	chain 'A' and (resid 107 through 116 )	A	A	107 - 116	82 - 91
8	8	chain 'A' and (resid 117 through 129 )	A	A	117 - 129	92 - 104
9	9	chain 'A' and (resid 130 through 147 )	A	A	130 - 147	105 - 122
10	10	chain 'A' and (resid 148 through 166 )	A	A	148 - 166	123 - 141
11	11	chain 'B' and (resid 26 through 38 )	B	B	26 - 38	1 - 13
12	12	chain 'B' and (resid 39 through 48 )	B	B	39 - 48	14 - 23
13	13	chain 'B' and (resid 49 through 58 )	B	B	49 - 58	24 - 33
14	14	chain 'B' and (resid 59 through 72 )	B	B	59 - 72	34 - 47
15	15	chain 'B' and (resid 73 through 84 )	B	B	73 - 84	48 - 59
16	16	chain 'B' and (resid 85 through 97 )	B	B	85 - 97	60 - 72
17	17	chain 'B' and (resid 98 through 106 )	B	B	98 - 106	73 - 81
18	18	chain 'B' and (resid 107 through 116 )	B	B	107 - 116	82 - 91
19	19	chain 'B' and (resid 117 through 138 )	B	B	117 - 138	92 - 113
20	20	chain 'B' and (resid 139 through 147 )	B	B	139 - 147	114 - 122
21	21	chain 'B' and (resid 148 through 165 )	B	B	148 - 165	123 - 140
22	22	chain 'C' and (resid 428 through 442 )	C	C	428 - 442	1 - 15
23	23	chain 'D' and (resid 428 through 442 )	D	D	428 - 442	1 - 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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