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- PDB-9hdd: Sla2 C-terminal region (Residues 560-968) (REND and THATCH domains) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hdd
タイトルSla2 C-terminal region (Residues 560-968) (REND and THATCH domains)
要素Protein SLA2
キーワードENDOCYTOSIS / Actin binding / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


actin cortical patch assembly / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip ...actin cortical patch assembly / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / cortical actin cytoskeleton / actin filament organization / endocytosis / actin filament binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. ...Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / ENTH/VHS
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Draper-Barr, G. / Gustavsson, E. / Landau, M. / Garcia-Alai, M.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Sla2 is a core interaction hub for clathrin light chain and the Pan1/End3/Sla1 complex.
著者: George Draper-Barr / Lucas A Defelipe / David Ruiz-Carrillo / Emil Gustavsson / Meytal Landau / Maria García-Alai /
要旨: The interaction network of Sla2, a vital endocytic mid-coat adaptor protein, undergoes constant rearrangement. Sla2 serves as a scaffold linking the membrane to the actin cytoskeleton, with its role ...The interaction network of Sla2, a vital endocytic mid-coat adaptor protein, undergoes constant rearrangement. Sla2 serves as a scaffold linking the membrane to the actin cytoskeleton, with its role modulated by the clathrin light chain (CLC), which inhibits Sla2's function under certain conditions. We show that Sla2 has two independent binding sites for CLC: one previously described in homologs of fungi (Sla2) and metazoa (Hip1R), and a second found only in Fungi. We present the structural model of the Sla2 actin-binding domains in the context of regulatory structural domains by cryoelectron microscopy. We provide an interaction map of Sla2 and the regulatory proteins Sla1 and Pan1, predicted by AI modeling and confirmed by molecular biophysics techniques. Pan1 may compete with CLC for the conserved Sla2-binding site. These results enhance the mapping of crucial interactions at endocytic checkpoints and highlight the divergence between Metazoa and Fungi in this vital process.
履歴
登録2024年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein SLA2
B: Protein SLA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,3572
ポリマ－139,3572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, microscopy, Mass Photometry experiments
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein SLA2 / Transmembrane protein MOP2


分子量: 69678.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Complete expression construct was residues 351-968 of ScSla2. Only residues 560-968 were able to be modelled into the electron density due to the inherent flexibility of the residues 351-559 ...詳細: Complete expression construct was residues 351-968 of ScSla2. Only residues 560-968 were able to be modelled into the electron density due to the inherent flexibility of the residues 351-559 that form the coiled-coil.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLA2, END4, MOP2, UFG1, YNL243W, N1102 / プラスミド: pnEA-vHGST
詳細 (発現宿主): 6xHis-GST-'TEVcleavagesite'-ProteinOfInterest
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33338
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ScSla2 residues 351-968 / タイプ: COMPLEX
詳細: ScSla2:351-968 forms a dimer through the coiled-coil and REND domain between residues 351-735.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.14 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 DE3 / プラスミド: pnEA
緩衝液pH: 8
詳細: 0.03 M HEPES pH 8 0.15 M NaCl 0.5 mM TCEP 0.1 um filtered buffer and degassed for one hour at room temperature
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.03 M2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
20.15 MSodium ChlorideNaCl1
30.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse dimers of the ScSla2:351-968 construct
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7ISOLDEモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4初期オイラー角割当
12cryoSPARC4最終オイラー角割当
13cryoSPARC4分類
14cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249299 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築Accession code: AF-P33338-F1 / Chain residue range: 560-968 / 詳細: two chains of this model / Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化解像度: 3.62→3.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / SU B: 29.55 / SU ML: 0.443 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.989
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37297 --
obs0.37297 37437 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 255.035 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 6296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.0126378
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0166074
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8471.8158666
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6211.75614048
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.0465816
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg3.292520
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.603101158
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0850.21058
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.027404
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021284
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it34.12825.4123270
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other34.12825.4133270
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it51.2645.4754084
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other51.25545.4854085
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it3127.2353108
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other31.00127.2283107
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other49.30649.4394583
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined74.709280.8125075
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other74.708280.8225076
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.796 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.909 2786 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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