PDB-9hcl: Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hcl

タイトル

Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 12

要素

Telomeric repeat-binding factor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / Telomere / Shelterin / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of shelterin complex assembly / negative regulation of establishment of protein localization to telomere / negative regulation of establishment of RNA localization to telomere / negative regulation of establishment of protein-containing complex localization to telomere / negative regulation of telomere maintenance via semi-conservative replication / negative regulation of telomeric D-loop disassembly / meiotic telomere clustering / telomeric D-loop disassembly / t-circle formation / shelterin complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Casale, G. / Le Bihan, Y.-V. / van Montfort, R.L.M. / Guettler, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of first-in-class inhibitors of the TRF1-TIN2 protein-protein interaction by fragment screening
著者: Casale, G. / Guettler, S.

履歴

登録	2024年11月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hcl.cif.gz	102.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hcl.ent.gz	77.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hcl_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hcl_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9hcl_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	9hcl_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/9hcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/9hcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hcmC 9hcnC 9hcpC 9hcqC 9hcrC 9hcsC 9hctC 9hcuC 9hcvC 9hcwC 9hcxC 9hcyC 9hczC 9hd0C 9hd1C 9hd2C 9hd3C 9hd9C 9hdaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (5)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (7)

登録構造単位

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

A: Telomeric repeat-binding factor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.918, 85.918, 91.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Telomeric repeat-binding factor 1 / NIMA-interacting protein 2 / TTAGGG repeat-binding factor 1 / Telomeric protein Pin2/TRF1 分子量: 25556.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERF1, PIN2, TRBF1, TRF, TRF1 / プラスミド: pET His6 MBP Asn10 TEV LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P54274
#2: 化合物	ChemComp-TWC / 2-ethyl-5-(trifluoromethyl)-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one 分子量: 180.128 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₇F₃N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 ...詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 microliter of crystallisation solution.

結晶

マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.62 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 150 nanoliter of TRF1 TRFH at 28.6 mg/mL plus 150 nanoliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M MES pH 6, 1-12 mM Mg(OAc)2, 1% PEG8000, and 10-15% glycerol, against 35 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9179 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→74.41 Å / Num. obs: 32610 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.83 / Net I/σ(I): 19.7 / Num. measured all: 319242
反射シェル	解像度: 1.87→1.91 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 1.791 / Num. measured all: 17040 / Num. unique obs: 2043 / CC_1/2: 0.728 / R_pim(I) all: 0.658 / R_rim(I) all: 1.911 / Χ²: 0.63 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (26-JUL-2023)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.87→23.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.109 / SU R_free Blow DPI: 0.102 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.097

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2203	1473	4.52 %	RANDOM
R_work	0.2044	-	-	-
obs	0.2051	32553	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.4686 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.4686 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.9373 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.87→23.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	62	193	1800

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	1677	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.8	2260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		609	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		288	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1677	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.68
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.93
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		222	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		7	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		1631	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.87→1.88 Å / Total num. of bins used: 51

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4346	-	4.14 %
R_work	0.3387	625	-
all	0.3429	652	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0992	-0.3607	-2.6943	3.4883	2.091	14.6505	0.0681	0.0367	-0.1089	0.0491	-0.313	0.4989	-0.1027	-0.8192	0.245	-0.4101	-0.0195	-0.0026	-0.2676	0.0078	-0.2715	23.7177	-5.1813	-15.1757
2	1.2086	-0.3398	0.2706	4.2763	0.6242	10.5996	0.1016	0.1888	0.0581	-0.2564	-0.0436	-0.0922	-0.1872	-0.0708	-0.058	-0.3763	0.0174	0.001	-0.3025	0.0076	-0.3156	34.0257	-3.517	-21.5218
3	6.0237	-0.5844	-5.415	2.7815	-0.3885	8.6926	-0.0235	0.1033	-0.1123	-0.0396	0.1328	0.3617	0.2158	-0.3453	-0.1094	-0.3327	-0.0129	-0.0282	-0.2768	-0.0003	-0.3443	30.8177	-14.8932	-17.1366
4	2.7254	-0.5515	2.3242	4.7094	-2.2166	22.6045	0.1162	-0.0107	0.5915	-0.0292	-0.2081	-0.6814	-1.2974	1.0426	0.0918	-0.2934	-0.0433	0.0611	-0.1839	-0.0248	-0.3109	48.8051	-14.4398	-22.7536
5	6.4968	-2.0246	-1.9564	4.5677	1.828	9.5538	-0.1578	-0.053	-0.5682	0.1648	-0.0534	0.8989	0.8521	-1.2103	0.2112	0.0168	0.0129	-0.0102	-0.0472	0.0024	-0.1347	37.5014	-24.6411	-27.4005
6	8.3682	7.4677	-7.5662	9.5326	-8.2079	11.1956	-0.0198	-0.6624	-0.5351	0.1453	-0.0816	-0.9173	0.5362	1.3443	0.1014	-0.125	0.0376	-0.0104	-0.1226	-0.094	-0.3104	53.2833	-23.5326	-29.482
7	6.3372	1.0471	-4.1112	3.3029	-2.6363	10.7396	-0.3565	-0.1662	-0.4774	0.0274	0.1292	-0.0226	1.0263	-0.0335	0.2274	-0.2216	-0.0008	0.0151	-0.421	-0.0317	-0.4154	51.3642	-30.8696	-37.5857
8	6.5584	-5.0812	-7.3716	5.4347	5.7642	7.3814	0.137	0.9039	-0.3404	-0.3999	-0.6462	0.6404	-0.1128	-1.0435	0.5092	-0.2438	0.0214	-0.0991	-0.135	-0.072	-0.3149	30.1783	-19.2895	-33.0714
9	15.8973	-6.0925	3.0735	16.0912	-7.8062	13.3484	0.0885	0.7943	0.8173	-0.9932	-0.0557	1.3344	-0.0122	-0.7844	-0.0328	-0.5069	0.0199	-0.1635	-0.036	-0.0976	-0.2266	13.45	1.1489	-24.2904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|62 - 92}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|93 - 111}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|112 - 134}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|135 - 149}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|150 - 186}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|187 - 200}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|201 - 225}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|226 - 253}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|254 - 268}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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