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Structure paper

タイトルDiscovery of first-in-class inhibitors of the TRF1-TIN2 protein-protein interaction by fragment screening
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2024年11月11日 (構造データの登録日)
著者Casale, G. / Guettler, S.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.55 - 2.44 Å
構造データ

PDB-9hcl:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 12
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-9hcm:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 45
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.32 Å

PDB-9hcn:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 46
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-9hcp:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 15
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9hcq:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 47
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-9hcr:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 48
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.931 Å

PDB-9hcs:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 49
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-9hct:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 50
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9hcu:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 51
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-9hcv:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 16
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-9hcw:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 52
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-9hcx:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 53
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-9hcy:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 54
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-9hcz:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-9hd0:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 55
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-9hd1:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 59
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-9hd2:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 40
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-9hd3:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 27
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.19 Å

PDB-9hd9:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-9hda:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 58
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-9hf4:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 32
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.17 Å

PDB-9hf6:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-9hf7:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

PDB-9hf8:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.19 Å

PDB-9hf9:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9hfa:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 6
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-9hfb:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 7
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.29 Å

PDB-9hfc:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 8
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.17 Å

PDB-9hfd:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 9
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-9hfe:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 10
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-9hff:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 11
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-9hfg:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 14
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-9hfh:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 16
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-9hfi:
Crystal structure of human TRF1 TRFH domain in complex with compound 17
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-TWC:
2-ethyl-5-(trifluoromethyl)-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-LX7:
1-[4-(trifluoromethyloxy)phenyl]thiourea

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-UVA:
N-methyl-2-(methylsulfonyl)aniline

ChemComp-LL0:
2-(difluoromethoxy)benzene-1-sulfonamide

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / 沈殿剤*YM

ChemComp-JHJ:
N-(4-methoxyphenyl)-N'-pyridin-4-ylurea

ChemComp-W1P:
5-methyl-2-phenyl-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one

ChemComp-JGA:
N-ethyl-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea

ChemComp-B0V:
2-methoxy-~{N}-(2,4,6-trimethylphenyl)ethanamide

ChemComp-ZU7:
N-(4-fluorophenyl)-2-(piperazin-1-yl)acetamide

PDB-1itz:
Maize Transketolase in complex with TPP

PDB-1it0:
Crystal structure of xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86 complexed with lactose

ChemComp-W0S:
1-(3,4,5-trimethoxyphenyl)methanamine

ChemComp-A9E:
2-(4-ethylphenoxy)-1-piperidin-1-yl-ethanone

ChemComp-TT3:
2-(3-fluorophenoxy)-N,N-dimethylacetamide

ChemComp-XH1:
N-propan-2-ylurea

PDB-1ity:
Solution structure of the DNA binding domain of human TRF1

PDB-1itx:
Catalytic Domain of Chitinase A1 from Bacillus circulans WL-12

ChemComp-UUP:
N-cyclopropylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide

ChemComp-PYZ:
4-IODOPYRAZOLE

PDB-1iuc:
Fucose-specific lectin from Aleuria aurantia with three ligands

ChemComp-JFP:
N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide

ChemComp-T9Q:
N-Benzyl-2-methoxyacetamide

ChemComp-NZ1:
5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine

ChemComp-JP4:
[2-(morpholin-4-yl)phenyl]methanol

ChemComp-WHM:
2-[(3-fluorophenyl)methyl]-1lambda~6~,2-thiazolidine-1,1-dione

ChemComp-VW4:
(2S)-2-phenylpropane-1-sulfonamide

ChemComp-PK4:
2-fluoro-N,3-dimethylbenzene-1-sulfonamide

PDB-1iue:
Crystal Structure Analysis of ferredoxin from Plasmodium falciparum

PDB-1a34:
SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS/RNA COMPLEX


PDB 未公開エントリ

PDB-1bgh: Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードPROTEIN BINDING / Telomere / Shelterin / Inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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