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- PDB-9hbf: The MK-RSL - phosphonato-calix[6]arene cocrystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hbf
タイトルThe MK-RSL - phosphonato-calix[6]arene cocrystal structure
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-propeller / lectin / trimer
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / phosphonato-calix[6]arene / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Mockler, N.M. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Irish Research CouncilGOIPG/2021/333 アイルランド
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Making and Breaking Supramolecular Synthons for Modular Protein Frameworks.
著者: Mockler, N.M. / Raston, C.L. / Crowley, P.B.
履歴
登録2024年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2084
ポリマ－9,9071
非ポリマー1,3013
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area6390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)87.973, 87.973, 87.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-297-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin protein


分子量: 9906.859 Da / 分子数: 1 / 変異: Met0, S1K / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ralstonia solanacearum lectin with a Met-Lys N-terminus
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, HF909_06975, LBW55_09125, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 化合物 ChemComp-7AZ / phosphonato-calix[6]arene / 5,11,17,23,29,35-ヘキサホスホノヘプタシクロ[31.3.1.13,7.1


分子量: 1116.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.26 M Ammonium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 m Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→35.91 Å / Num. obs: 36569 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 31.7 % / Biso Wilson estimate: 16.97 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.19→1.21 Å / Rmerge(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 1728 / CC1/2: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→35.91 Å / SU ML: 0.1074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.9729
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2011 1862 5.12 %
Rwork0.183 34525 -
obs0.1839 36387 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→35.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数698 0 84 124 906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80681136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0746108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8154293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.19-1.220.31961380.30732363X-RAY DIFFRACTION89.07
1.22-1.250.25411360.27472650X-RAY DIFFRACTION99.96
1.25-1.290.29311230.26242712X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.340.26671490.25052621X-RAY DIFFRACTION99.96
1.34-1.390.25071560.22872651X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.460.23551810.22872606X-RAY DIFFRACTION100
1.46-1.540.20571250.21432711X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.630.19831260.19572660X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.760.23191590.21672679X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.930.23741380.20192673X-RAY DIFFRACTION100
1.93-2.210.20971380.1872696X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.790.1811410.1892712X-RAY DIFFRACTION100
2.79-35.910.17451520.14542791X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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