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- PDB-9hbd: The RSL - phosphonato-calix[6]arene cocrystal structure, pH 4.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hbd
タイトルThe RSL - phosphonato-calix[6]arene cocrystal structure, pH 4.0
要素Fucose-binding lectin protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Beta-propeller / lectin / trimer
機能・相同性Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / carbohydrate binding / metal ion binding / phosphonato-calix[6]arene / beta-D-fructopyranose / Fucose-binding lectin protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Mockler, N.M. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 2件
組織認可番号国
Irish Research CouncilGOIPG/2021/333 アイルランド
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2025
タイトル: Making and Breaking Supramolecular Synthons for Modular Protein Frameworks.
著者: Mockler, N.M. / Raston, C.L. / Crowley, P.B.
履歴
登録2024年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin protein
B: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,65410
ポリマ－19,4672
非ポリマー5,1878
水5,837324
1
A: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3275
ポリマ－9,7341
非ポリマー2,5944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fucose-binding lectin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3275
ポリマ－9,7341
非ポリマー2,5944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.991, 82.991, 157.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

21A-345-

HOH

31A-350-

HOH

41A-376-

HOH

51B-408-

HOH

61B-423-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin protein / Putative fucose-binding lectin protein


分子量: 9733.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
遺伝子: E7Z57_08365, RSP795_21825, RSP822_19650, RUN39_v1_50103
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S4TLR1
#2: 化合物
ChemComp-7AZ / phosphonato-calix[6]arene / 5,11,17,23,29,35-ヘキサホスホノヘプタシクロ[31.3.1.13,7.1


分子量: 1116.611 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H42O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖
ChemComp-BDF / beta-D-fructopyranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DFrupbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrupIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 18 % PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月4日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→52.48 Å / Num. obs: 82159 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 12.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.09→1.11 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.585 / Num. unique obs: 2190 / CC1/2: 0.452

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.09→52.48 Å / SU ML: 0.1123 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 4081 4.98 %
Rwork0.1841 77877 -
obs0.1848 81958 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→52.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 336 324 2034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.862522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1821436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.09-1.10.4195610.31941267X-RAY DIFFRACTION44.99
1.1-1.110.309850.29721626X-RAY DIFFRACTION57.01
1.11-1.130.31361090.30421917X-RAY DIFFRACTION66.93
1.13-1.140.31961230.2842145X-RAY DIFFRACTION76.42
1.14-1.160.29371350.28072398X-RAY DIFFRACTION85.52
1.16-1.170.27361200.25572706X-RAY DIFFRACTION94.04
1.17-1.190.30981470.24252770X-RAY DIFFRACTION97.43
1.19-1.210.30261580.23692790X-RAY DIFFRACTION98.3
1.21-1.230.22041630.23562783X-RAY DIFFRACTION99.19
1.23-1.250.24181630.22312851X-RAY DIFFRACTION99.97
1.25-1.270.23541440.21622842X-RAY DIFFRACTION99.93
1.28-1.30.22431240.21762877X-RAY DIFFRACTION99.97
1.3-1.330.22031470.20792819X-RAY DIFFRACTION99.83
1.33-1.350.22221380.1982865X-RAY DIFFRACTION99.83
1.35-1.390.20941420.19662875X-RAY DIFFRACTION99.9
1.39-1.420.2021420.19522888X-RAY DIFFRACTION99.97
1.42-1.460.20251460.20022843X-RAY DIFFRACTION99.97
1.46-1.50.1911510.19922853X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.21311520.18712838X-RAY DIFFRACTION99.97
1.55-1.610.19871510.19242862X-RAY DIFFRACTION99.97
1.61-1.670.18151440.18182877X-RAY DIFFRACTION99.97
1.67-1.750.2171450.18412866X-RAY DIFFRACTION99.97
1.75-1.840.19641590.19352866X-RAY DIFFRACTION99.97
1.84-1.950.19811510.18352883X-RAY DIFFRACTION99.97
1.95-2.10.20551410.17972899X-RAY DIFFRACTION99.87
2.11-2.320.18821590.17992891X-RAY DIFFRACTION99.97
2.32-2.650.23031650.18872879X-RAY DIFFRACTION100
2.65-3.340.18091550.17542936X-RAY DIFFRACTION99.94
3.34-52.480.15381610.14042965X-RAY DIFFRACTION97.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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