PDB-9haz: A. vinelandii nitrogenase Fe protein Anc1b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9haz

タイトル

A. vinelandii nitrogenase Fe protein Anc1b

要素

(Fe protein NifH) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitrogen fixation

機能・相同性

IRON/SULFUR CLUSTER

機能・相同性情報

生物種

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.434 Å

データ登録者

Detemple, F. / Kacar, B. / Einsle, O.

資金援助

ドイツ, European Union,

米国,

フランス, 6件

組織	認可番号	国
German Research Foundation (DFG)		ドイツ
European Research Council (ERC)	310656	European Union
European Research Council (ERC)		European Union
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	80NSSC17K0296	米国
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGY0072/2021	フランス
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	NNH23ZDA001N	米国

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structural evolution of nitrogenase over 3 billion years.
著者: Cuevas Zuviria, B. / Detemple, F. / Amritkar, K. / Garcia, A.K. / Seefeldt, L. / Einsle, O. / Kacar, B.

履歴

登録	2024年11月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9haz.cif.gz	231.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9haz.ent.gz	180.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9haz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9haz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9haz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9haz_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	9haz_validation.cif.gz	60.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9haz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/9haz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hb9C 9hbcC 9hbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fe protein NifH

B: Fe protein NifH

C: Fe protein NifH

D: Fe protein NifH

ヘテロ分子

127 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.352, 109.784, 95.213
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 118.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-301- MG

#1: タンパク質	Fe protein NifH 分子量: 31553.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
#2: タンパク質	Fe protein NifH 分子量: 31567.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: containing 0.1 M MES/NaOH at pH 6.5, 7.5% of (w/v) polyethylene glycol 6000, 8000, 10000 each, 10%(vol/vol) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.434→69.844 Å / Num. obs: 26823 / % possible obs: 74.6 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 2.434→2.611 Å / R_merge(I) obs: 0.321 / Num. unique obs: 1341 / CC_1/2: 0.716 / R_pim(I) all: 0.447

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.434→69.844 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.833 / SU B: 14.289 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.46 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	1313	4.895 %
R_work	0.195	25510	-
all	0.199	-	-
obs	-	26823	64.184 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.883 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.174 Å²	0 Å²	-0.133 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.434→69.844 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8699	0	19	72	8790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	8890
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.827	11998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.434	1.759	19887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.382	5	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.925	5	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.683	10	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.545	10	382
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	8953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	4382
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.019	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.19	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.251	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.225	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.206	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.075	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.597	2.86	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.597	2.86	4649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.735	5.138	5816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.735	5.138	5817
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.702	3.036	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.701	3.036	4242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.934	5.531	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.934	5.531	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.279	28.455	9824
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.279	28.462	9821

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.434-2.497	0.324	10	0.229	304	0.232	3061	0.951	0.973	10.2581	0.228
2.497-2.565	0.297	23	0.252	531	0.254	2999	0.937	0.965	18.4728	0.266
2.565-2.64	0.291	46	0.275	771	0.276	2918	0.945	0.957	27.9986	0.287
2.64-2.721	0.405	50	0.26	1106	0.266	2828	0.909	0.959	40.8769	0.269
2.721-2.81	0.304	81	0.239	1563	0.242	2761	0.94	0.964	59.5436	0.25
2.81-2.908	0.294	101	0.224	1851	0.228	2626	0.943	0.968	74.3336	0.237
2.908-3.018	0.337	104	0.21	1939	0.217	2562	0.93	0.97	79.7424	0.224
3.018-3.141	0.282	99	0.214	1951	0.217	2496	0.945	0.969	82.1314	0.228
3.141-3.28	0.341	91	0.221	1868	0.226	2364	0.924	0.967	82.868	0.241
3.28-3.44	0.299	94	0.207	1834	0.212	2282	0.94	0.972	84.4873	0.231
3.44-3.626	0.243	100	0.204	1687	0.206	2145	0.96	0.975	83.31	0.225
3.626-3.845	0.293	96	0.188	1635	0.194	2023	0.947	0.979	85.566	0.214
3.845-4.109	0.218	76	0.17	1574	0.173	1933	0.972	0.981	85.3595	0.195
4.109-4.437	0.265	79	0.16	1450	0.165	1791	0.956	0.983	85.3713	0.187
4.437-4.859	0.227	61	0.158	1347	0.161	1672	0.961	0.984	84.2105	0.189
4.859-5.429	0.271	49	0.178	1150	0.182	1479	0.953	0.981	81.0683	0.208
5.429-6.263	0.278	56	0.188	1048	0.192	1332	0.948	0.979	82.8829	0.221
6.263-7.655	0.248	44	0.177	874	0.18	1127	0.962	0.98	81.4552	0.206
7.655-10.761	0.181	32	0.162	653	0.163	875	0.974	0.981	78.2857	0.182
10.761-69.844	0.222	21	0.22	374	0.22	515	0.969	0.969	76.699	0.281

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関連情報:EMDBヘッダ

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