PDB-9hbc: A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hbc

タイトル

A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc2

要素

MoFe nitrogenase subunit D
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitrogen fixation

機能・相同性

機能・相同性情報

molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.816 Å

データ登録者

Detemple, F. / Kacar, B. / Einsle, O.

資金援助

European Union,

ドイツ,

米国,

フランス, 6件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)		European Union
German Research Foundation (DFG)		ドイツ
European Research Council (ERC)	310656	European Union
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	NNH23ZDA001N	米国
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	80NSSC17K0296	米国
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGY0072/2021	フランス

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structural evolution of nitrogenase over 3 billion years.
著者: Cuevas Zuviria, B. / Detemple, F. / Amritkar, K. / Garcia, A.K. / Seefeldt, L. / Einsle, O. / Kacar, B.

履歴

登録	2024年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hbc.cif.gz	455.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hbc.ent.gz	350 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hbc_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hbc_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	9hbc_validation.xml.gz	97.1 KB	表示
CIF形式データ	9hbc_validation.cif.gz	133.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hazC 9hb9C 9hbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (12)

登録構造単位

A: MoFe nitrogenase subunit D

B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

C: MoFe nitrogenase subunit D

D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain

ヘテロ分子

234 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.936, 130.133, 209.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	2	B
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	A	A	4 - 481	13 - 490
2	1	1	LYS	LYS	LYS	LYS	C	C	4 - 481	13 - 490
3	2	2	SER	SER	ARG	ARG	B	B	2 - 523	2 - 523
4	2	2	SER	SER	ARG	ARG	D	D	2 - 523	2 - 523

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	MoFe nitrogenase subunit D 分子量: 55555.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
#2: タンパク質	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I 分子量: 59535.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
非ポリマー , 7種, 1309分子

#3: 化合物	ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID 分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: CFe₇MoS₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 4.5% (w/v) of polyethylene glycol 2000, 3350, 4000 and polyethylene glycol mono methylether 5000, 0.1 M MES/NaOH at pH 6.5, 10% (v/v) of ethylene glycol and 0.15 M Mg acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.816→110.49 Å / Num. obs: 121997 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.816→2.013 Å / R_merge(I) obs: 1.642 / Num. unique obs: 6101 / CC_1/2: 0.698 / R_pim(I) all: 0.478

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.816→110.489 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.455 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2254	6145	5.037 %	RANDOM
R_work	0.1762	115852	-	-
all	0.179	-	-	-
obs	-	121997	66.086 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.546 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.191 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.073 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.264 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.816→110.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15926	0	112	1298	17336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	16602
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.851	22565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.57	1.777	35721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.796	5	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.342	5	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.474	10	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	9.043	10	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.499	10	770
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	3602
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	15053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	8177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	8200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.129	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.102	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.259	2.58	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.259	2.58	8066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.338	4.637	10098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.338	4.637	10099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.905	2.848	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.905	2.848	8537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.539	5.112	12357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.539	5.112	12358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.864	25.563	19401
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.782	25.251	19115
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	16361
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.049	0.05	18006

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06102	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06102	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04901	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04901	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.816-1.863	0.344	34	0.288	429	0.292	13529	0.924	0.941	3.4223	0.287
1.863-1.914	0.288	40	0.299	1004	0.298	13198	0.946	0.935	7.9103	0.291
1.914-1.969	0.299	93	0.271	2033	0.272	12832	0.931	0.946	16.568	0.261
1.969-2.03	0.341	192	0.288	3502	0.291	12477	0.919	0.938	29.6065	0.276
2.03-2.097	0.296	273	0.28	5106	0.281	12060	0.935	0.942	44.602	0.262
2.097-2.17	0.316	351	0.275	6591	0.277	11665	0.925	0.947	59.5114	0.257
2.17-2.252	0.276	421	0.251	7648	0.253	11298	0.948	0.957	71.4197	0.23
2.252-2.344	0.284	458	0.234	8270	0.237	10936	0.948	0.963	79.8098	0.207
2.344-2.448	0.27	521	0.214	8991	0.217	10412	0.954	0.97	91.3561	0.185
2.448-2.568	0.267	468	0.209	9394	0.212	9993	0.953	0.971	98.6891	0.179
2.568-2.706	0.263	490	0.193	9048	0.197	9544	0.957	0.976	99.9371	0.164
2.706-2.87	0.237	463	0.176	8570	0.179	9033	0.967	0.981	100	0.151
2.87-3.068	0.226	436	0.167	8063	0.17	8502	0.966	0.983	99.9647	0.142
3.068-3.314	0.224	371	0.168	7552	0.17	7929	0.969	0.983	99.9243	0.148
3.314-3.63	0.221	352	0.159	6969	0.162	7321	0.97	0.986	100	0.146
3.63-4.058	0.187	306	0.143	6354	0.145	6660	0.979	0.989	100	0.134
4.058-4.685	0.164	298	0.122	5624	0.124	5925	0.985	0.992	99.9494	0.118
4.685-5.735	0.16	286	0.123	4737	0.125	5023	0.987	0.992	100	0.123
5.735-8.1	0.191	187	0.134	3767	0.136	3954	0.983	0.991	100	0.133
8.1-110.489	0.169	105	0.143	2200	0.144	2313	0.976	0.976	99.6541	0.16

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 7種, 1309分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-非ポリマー , 7種, 1309分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 7種, 1309分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)