PDB-9hbn: A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc1b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9hbn

タイトル

A. vinelandii nitrogenase MoFe protein Anc1b

要素

(MoFe nitrogenase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Nitrogen fixation

機能・相同性

FE(8)-S(7) CLUSTER / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / S-1,2-PROPANEDIOL

機能・相同性情報

生物種

Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.824 Å

データ登録者

Detemple, F. / Kacar, B. / Einsle, O.

資金援助

European Union,

ドイツ,

米国,

フランス, 6件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	101141673	European Union
European Research Council (ERC)	310656	European Union
German Research Foundation (DFG)		ドイツ
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	NNH23ZDA001N	米国
National Aeronautics and Space Administration (NASA, United States)	80NSSC17K0296	米国
Human Frontier Science Program (HFSP)	RGY0072/2021	フランス

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structural evolution of nitrogenase over 3 billion years.
著者: Cuevas Zuviria, B. / Detemple, F. / Amritkar, K. / Garcia, A.K. / Seefeldt, L. / Einsle, O. / Kacar, B.

履歴

登録	2024年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9hbn.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9hbn.ent.gz	656.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9hbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9hbn_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9hbn_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	9hbn_validation.xml.gz	91.6 KB	表示
CIF形式データ	9hbn_validation.cif.gz	121.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/9hbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9hazC 9hb9C 9hbcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#26 - 2002年2月ニトロゲナーゼ (Nitrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: MoFe nitrogenase subunit D

B: MoFe nitrogenase subunit K

C: MoFe nitrogenase subunit D

D: MoFe nitrogenase subunit K

ヘテロ分子

237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.083, 128.984, 209.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
MoFe nitrogenase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	MoFe nitrogenase subunit D 分子量: 56675.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
#2: タンパク質	MoFe nitrogenase subunit K 分子量: 60011.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)

-
非ポリマー , 7種, 702分子

#3: 化合物	ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon 分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe₇MoS₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID 分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER 分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₈S₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL 分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES/imidazole at pH 6.5, 12.5% of (w/v) of polyethylene glycol 1000, 3350 and (v/v) 2-methyl-2,4-pentandiol each and 0.02 M of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,4-butanediol, (RS)-1,2- ...詳細: 0.1 M MES/imidazole at pH 6.5, 12.5% of (w/v) of polyethylene glycol 1000, 3350 and (v/v) 2-methyl-2,4-pentandiol each and 0.02 M of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,4-butanediol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, and 1,3-propanediol, each

結晶

マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES/imidazole at pH 6.5, 12.5% of (w/v) of polyethylene glycol 1000, 3350 and (v/v) 2-methyl-2,4-pentandiol each and 0.02 M of 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,4-butanediol, (RS)-1,2- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.824→109.828 Å / Num. obs: 91363 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.824→2.105 Å / R_merge(I) obs: 1.419 / Num. unique obs: 4568 / CC_1/2: 0.727 / R_pim(I) all: 0.401

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.824→109.828 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 13.726 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2686	4516	4.943 %	RANDOM
R_work	0.2063	86847	-	-
all	0.209	-	-	-
obs	-	91363	49.109 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.338 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.365 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.665 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.824→109.828 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15974	0	112	689	16775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	16748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	15491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.853	22773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.583	1.778	35863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.261	5	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.919	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.874	10	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.799	10	792
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	15655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	8123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	8363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.955	1.343	8121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.955	1.343	8121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.598	2.413	10188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.598	2.413	10189
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.354	1.477	8627
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.354	1.477	8628
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.291	2.649	12477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.291	2.649	12478
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.97	12.981	19509
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.917	12.9	19367

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.824-1.871	0.475	8	0.421	191	0.423	13637	0.69	0.839	1.4593	0.419
1.871-1.922	0.449	21	0.36	571	0.363	13306	0.861	0.905	4.4491	0.355
1.922-1.978	0.289	44	0.312	872	0.311	12938	0.933	0.935	7.0799	0.306
1.978-2.039	0.339	55	0.314	1187	0.315	12512	0.919	0.932	9.9265	0.3
2.039-2.106	0.314	79	0.291	1554	0.292	12171	0.934	0.943	13.4171	0.268
2.106-2.179	0.336	124	0.276	2259	0.279	11823	0.929	0.95	20.1556	0.254
2.179-2.262	0.304	148	0.268	3021	0.27	11403	0.942	0.953	27.7909	0.241
2.262-2.354	0.286	211	0.269	4263	0.27	10930	0.943	0.955	40.9332	0.233
2.354-2.459	0.332	296	0.259	5782	0.263	10555	0.93	0.958	57.5841	0.226
2.459-2.579	0.31	383	0.256	6557	0.259	10095	0.938	0.96	68.7469	0.221
2.579-2.718	0.305	409	0.247	7150	0.25	9585	0.942	0.964	78.8628	0.208
2.718-2.883	0.329	403	0.242	7895	0.246	9103	0.936	0.966	91.1568	0.204
2.883-3.082	0.298	384	0.224	8137	0.227	8575	0.946	0.971	99.3703	0.188
3.082-3.328	0.293	348	0.205	7632	0.208	7987	0.949	0.976	99.9124	0.178
3.328-3.646	0.247	375	0.191	6981	0.193	7374	0.966	0.98	99.7559	0.171
3.646-4.075	0.221	335	0.165	6383	0.168	6721	0.974	0.985	99.9554	0.155
4.075-4.705	0.227	331	0.153	5593	0.157	5929	0.974	0.988	99.9157	0.156
4.705-5.759	0.225	268	0.171	4799	0.174	5068	0.976	0.986	99.9803	0.176
5.759-8.134	0.269	192	0.183	3811	0.187	4003	0.964	0.983	100	0.193
8.134-109.828	0.215	102	0.173	2210	0.175	2328	0.972	0.981	99.3127	0.203

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.105	-0.0064	-0.0158	0.0025	0.0093	0.4342	-0.0191	-0.0715	0.0369	0.0186	-0.0054	-0.0039	0.0535	-0.0959	0.0244	0.2121	0.0051	-0.0178	0.1654	-0.0209	0.0178	25.728	-6.023	47.304
2	0.2449	0.0149	0.0243	0.0091	-0.0086	0.3665	-0.0352	-0.0084	0.053	0.0226	0.0053	-0.0141	-0.1052	-0.0111	0.03	0.1834	0.0086	-0.0339	0.0763	-0.0144	0.0562	40.767	11.45	27.696
3	0.044	-0.0118	0.0707	0.0059	-0.0438	0.5005	-0.0156	0.0711	0.0008	-0.0048	-0.008	-0.0033	-0.1046	-0.0694	0.0236	0.2284	0.0125	0.009	0.2055	-0.0063	0.005	25.668	5.868	-21.287
4	0.2063	-0.0724	0.0579	0.0606	0.0259	0.3057	-0.0109	0.0215	0.0075	-0.0281	-0.0057	-0.0223	0.0328	0.0036	0.0166	0.1555	-0.0139	0.0218	0.124	-0.0021	0.0203	40.701	-11.621	-1.733

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
MoFe nitrogenase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 7種, 702分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-MoFe nitrogenase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

-非ポリマー , 7種, 702分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
MoFe nitrogenase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

-
非ポリマー , 7種, 702分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)