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- PDB-9h6m: Flavin-dependent tryptophan 7-halogenase RebH in complex with 6-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h6m
タイトルFlavin-dependent tryptophan 7-halogenase RebH in complex with 6-bromo-L-tryptophan
要素Tryptophan 7-halogenase RebH
キーワードFLAVOPROTEIN / flavin-dependent halogenase / tryptophan halogenase / non-native substrate / unnatural substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan 7-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-BROMO-TRYPTOPHAN / PHOSPHATE ION / Tryptophan 7-halogenase RebH
類似検索 - 構成要素
生物種Lentzea aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Bork, S. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 694/10-1 ドイツ
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2025
タイトル: Iterative Use of Regiocomplementary Flavin-Dependent Halogenases Gives Access to Unique Halogenation Patterns
著者: Montua, N. / Scharkowski, B. / Bork, S. / Niemann, H.H. / Sewald, N.
履歴
登録2024年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 7-halogenase RebH
B: Tryptophan 7-halogenase RebH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,21610
ポリマ－125,0802
非ポリマー1,1368
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area39020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.699, 114.699, 231.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-847-

HOH

21A-878-

HOH

31A-914-

HOH

41B-704-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 28 or resid 30 through 528))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 28 or resid 30 through 528))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERLEULEUAA2 - 2822 - 48
d_12GLYGLYHISHISAA30 - 52850 - 548
d_21SERSERLEULEUBB2 - 2822 - 48
d_22GLYGLYHISHISBB30 - 52850 - 548

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.718052638519, -0.695462342139, 0.0270654573446), (-0.695822733498, 0.716488836044, -0.0497440586528), (0.0152030215083, -0.0545516130792, -0.998395207144) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.718052638519, -0.695462342139, 0.0270654573446), (-0.695822733498, 0.716488836044, -0.0497440586528), (0.0152030215083, -0.0545516130792, -0.998395207144)
ベクター: 4.2968053315, 1.80889354583, 1.46048172928)

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophan 7-halogenase RebH / FADH(2)-dependent halogenase / Flavin-dependent tryptophan halogenase RebH


分子量: 62540.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lentzea aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: rebH, rbmJ / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KHZ8, tryptophan 7-halogenase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-BTR / 6-BROMO-TRYPTOPHAN / 6-ブロモトリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 283.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H11BrN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M HEPES pH 6.8, 1.4 M NaH2PO4/K2HPO4; 9 mg/mL RebH (10 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT); 1 uL protein + 1 uL reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→99.332 Å / Num. obs: 38097 / % possible obs: 76.5 % / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / CC1/2: 0.972 / Rmerge(I) obs: 0.642 / Rrim(I) all: 0.661 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.91 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 2.924 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1907 / CC1/2: 0.738 / Rrim(I) all: 3.012 / % possible all: 15.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSBUILT=20220220データ削減
STARANISOSTARANISO 2.4.15データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.65→49.67 Å / SU ML: 0.2651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7268
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2124 1931 5.07 %
Rwork0.1706 36139 -
obs0.1728 38070 76.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→49.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8480 0 62 405 8947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00168782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.431411924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04041232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.68163162
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.339406763915 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.242760.259119X-RAY DIFFRACTION3.56
2.72-2.790.2298100.2454307X-RAY DIFFRACTION8.94
2.79-2.870.3219300.2339776X-RAY DIFFRACTION22.67
2.87-2.970.28971080.23391684X-RAY DIFFRACTION51
2.97-3.070.27561110.24012874X-RAY DIFFRACTION83.82
3.07-3.190.2791780.22873373X-RAY DIFFRACTION99.72
3.19-3.340.25572000.21193327X-RAY DIFFRACTION99.94
3.34-3.520.22531740.18083371X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.740.23561730.16733405X-RAY DIFFRACTION99.94
3.74-4.020.21451740.14913371X-RAY DIFFRACTION99.92
4.02-4.430.16131740.13193407X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.070.18212280.12573323X-RAY DIFFRACTION99.97
5.07-6.380.19281890.1643393X-RAY DIFFRACTION99.97
6.39-49.670.17781760.16573409X-RAY DIFFRACTION99.61
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.454128715840.08870114273390.543436342631.09627000447-0.5234438085852.05088068763-0.05744020235550.293813499046-0.20253829728-0.0414350636821-0.0883011061205-0.02418567308540.237666333290.05607448370960.1552516420690.2430542137380.003848795595230.02457925178020.371421775315-0.04200422712140.157845883181-4.3609161146828.5079443743-26.6049082444
21.14717790167-0.002581752304650.02679548702250.5451980536090.01393441513331.384640426840.0320105211525-0.0481878084597-0.1118787656620.0746237015212-0.0345584290536-0.08713486130730.1727370763310.196445510457-0.005486859345420.1554160879390.01198908506810.00969194144950.3688070556370.00853396035190.15800233962910.001135176833.4465496201-10.774389046
31.015255355640.02218049040030.1824031259710.1853811665910.0546351319530.5318349405050.009547386274820.1299624319940.068539502177-0.00600220680378-0.05030020084170.0172813543547-0.003317690423880.04673226917270.02858557146850.173638256145-0.00472335916260.02833362119150.3769287897580.01903200937090.1490726022810.27671422721343.1544240651-15.6040932025
40.4222238895250.422699464655-0.2902252387240.837167408282-0.5284279526014.05974026442-0.212189027783-0.120284304946-0.3240572440490.09964019126680.0605576734942-0.2390519481370.8865184365970.6881402882140.07009772654830.3661275332340.12045454635-0.0467779080650.478599944050.1157790992330.35320124517718.306727332522.7886133668-1.97794977282
51.500554180680.1366979486851.364481530320.5293286534460.5383223503122.02558237020.151185163544-0.0846650886495-0.00538509319950.262534416202-0.200612572314-0.1732866617960.0187509048070.416011317837-0.2428036960390.31059261194-0.0335748515883-0.06451978915340.3562379484830.09598330639770.12887414088-6.8466205672334.281338491329.4353136645
63.529372965520.740227674287-0.9959343912780.2543803233050.1767917783083.79654787573-0.118474914314-0.146311137268-0.4263904170590.289539665602-0.107106465125-0.03971474844350.6952692033620.2670353607580.2194779110820.379791126343-0.02280163337690.05518748176970.2609903788720.03727629276060.195073251062-18.563279855920.190200811624.1180300768
70.891567676564-1.134291570990.2158376643871.58463390750.1370376754191.29876229259-0.1337854339590.168777536064-0.448126887889-0.1357686433260.08072911623990.3654081776560.338481611905-0.4125748786750.05422638718960.295940513042-0.1486329239020.01616695264130.368129479694-0.04133920337370.179795533534-34.64705851419.24972397993.29229070872
81.409123302530.4095124640690.3796981421271.105055136490.4577366098332.06747100466-0.01882451628840.066270856868-0.2524991008780.1169338989960.01764107404530.04181441808150.4860796677640.08169729324480.0255090583890.296124758114-0.06990606748940.0505406196020.204083550996-0.006417037634210.201180390758-24.670366242715.12777201168.5471659125
90.571813308224-0.1410205224720.6531719447251.0075129457-0.1827590035141.790351795160.0277086937342-0.282462782160.07681071448820.425583317317-0.1054266432720.126246179902-0.3158660804660.1404351399630.07625769593280.345379012544-0.1187059411790.01437408194590.3486949232740.02045150286320.103833358939-14.811143772444.34234510632.8496666388
100.8656015752440.174053106453-0.2096944011110.982720330304-0.1375585707660.929094802127-0.000250913303158-0.0591690592732-0.0604377606130.189033306535-0.07148218528580.168208691040.195720927777-0.1356447121750.01415952707790.272233209715-0.08331107461480.07948470408490.2810541914540.01689576719510.137347902427-30.503583137630.222737669420.6110740303
110.3530104139450.2104733498830.4359107232570.469773715367-0.03770183303611.19383069362-0.05411599123740.1823448401610.0385961637206-0.07206735145240.0532934187810.1088096640090.0938175975298-0.0385519006911-0.01203976170170.204822085662-0.03797858289410.02372142419880.33668262818-0.001760173936990.151196872521-25.297783345331.68757238151.19361903372
122.331132352320.547081073447-1.611131294752.43560761163-1.07939962754.4881735841-0.339672224934-0.132017159201-0.476709803779-0.203830096886-0.1455810184390.1909383843571.564064680880.09805077119930.2892958558540.4970212861960.0244037711160.127812052230.296353790909-0.0276794648150.356733317231-24.92310417444.965590857114.30216999751
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 80 )AA1 - 801 - 80
22chain 'A' and (resid 81 through 201 )AA81 - 20181 - 201
33chain 'A' and (resid 202 through 492 )AA202 - 492202 - 492
44chain 'A' and (resid 493 through 528 )AA493 - 528493 - 528
55chain 'B' and (resid 2 through 37 )BB2 - 371 - 36
66chain 'B' and (resid 38 through 80 )BB38 - 8037 - 79
77chain 'B' and (resid 81 through 121 )BB81 - 12180 - 120
88chain 'B' and (resid 122 through 186 )BB122 - 186121 - 185
99chain 'B' and (resid 187 through 245 )BB187 - 245186 - 244
1010chain 'B' and (resid 246 through 381 )BB246 - 381245 - 380
1111chain 'B' and (resid 382 through 494 )BB382 - 494381 - 493
1212chain 'B' and (resid 495 through 529 )BB495 - 529494 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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