PDB-9h6n: Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with 6-b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h6n

タイトル

Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with 6-bromo-L-tryptophan

要素

Tryptophan 6-halogenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / flavin-dependent halogenase / tryptophan halogenase / bound product / enzyme-product complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan 6-halogenase / monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces albogriseolus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Bork, S. / Niemann, H.H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2025
タイトル: Iterative Use of Regiocomplementary Flavin-Dependent Halogenases Gives Access to Unique Halogenation Patterns
著者: Montua, N. / Scharkowski, B. / Bork, S. / Niemann, H.H. / Sewald, N.

履歴

登録	2024年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年10月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/9h6n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9h6mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15151/esrf-dc-1998386352 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 6-halogenase

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

123 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.748, 136.748, 144.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄
Space group name Hall	P6₄
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+2/3 #3: y,-x+y,z+1/3 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 or resid 4 through 73...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 or resid 4 through 73...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	2	5
d_1	2	ARG	ARG	GLU	GLU	A	A	4 - 69	7 - 72
d_1	3	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	76 - 87	79 - 90
d_1	4	THR	THR	PRO	PRO	A	A	89 - 116	92 - 119
d_1	5	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	118 - 204	121 - 207
d_1	6	GLY	GLY	PHE	PHE	A	A	207 - 326	210 - 329
d_1	7	HIS	HIS	GLY	GLY	A	A	328 - 452	331 - 455
d_1	8	PHE	PHE	PRO	PRO	A	A	458 - 482	461 - 485
d_1	9	ASN	ASN	GLY	GLY	A	A	484 - 529	487 - 532
d_1	10	BTR	BTR	BTR	BTR	A	C	601
d_1	11	PO4	PO4	PO4	PO4	A	D	602
d_2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	2	5
d_2	2	ARG	ARG	GLU	GLU	B	B	4 - 69	7 - 72
d_2	3	ALA	ALA	TRP	TRP	B	B	76 - 87	79 - 90
d_2	4	THR	THR	PRO	PRO	B	B	89 - 116	92 - 119
d_2	5	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	118 - 204	121 - 207
d_2	6	GLY	GLY	PHE	PHE	B	B	207 - 326	210 - 329
d_2	7	HIS	HIS	GLY	GLY	B	B	328 - 452	331 - 455
d_2	8	PHE	PHE	PRO	PRO	B	B	458 - 482	461 - 485
d_2	9	ASN	ASN	GLY	GLY	B	B	484 - 529	487 - 532
d_2	10	BTR	BTR	BTR	BTR	B	H	601
d_2	11	PO4	PO4	PO4	PO4	B	I	602

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.591968968531, -0.221070402488, 0.77504878391), (-0.225600096023, -0.877753208853, -0.42267469882), (0.773742422884, -0.425061385557, 0.46972915764)ベクター: 3. ...

#1: タンパク質	Tryptophan 6-halogenase 分子量: 60276.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア) 遺伝子: thal, thdH / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E280
#2: 化合物	ChemComp-BTR / 6-BROMO-TRYPTOPHAN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 283.121 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁BrN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 0.1 M bicine pH 8.8, 1.6 M KH2PO4/K2HPO4; 15 mg/mL Thal (10 mM Tris pH 7.4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT); 100 nL protein + 100 nL reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→19.3 Å / Num. obs: 52933 / % possible obs: 81 % / 冗長度: 21 % / B_iso Wilson estimate: 51.61 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.189 / R_rim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.33→2.58 Å / 冗長度: 21.1 % / R_merge(I) obs: 2.786 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4814 / CC_1/2: 0.415 / R_rim(I) all: 2.854 / % possible all: 28.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	BUILT=20220220	データ削減
STARANISO	STARANISO 2.4.15	データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.33→19.29 Å / SU ML: 0.2782 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1992	2607	4.93 %
R_work	0.1564	50324	-
obs	0.1585	52931	81.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→19.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8432	0	111	255	8798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	8862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4816	12048
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421	1265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	1573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.1094	3184

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.75446685834 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.33-2.37	0.1944	3	0.3747	19	X-RAY DIFFRACTION	0.64
2.37-2.42	0.5282	4	0.2747	188	X-RAY DIFFRACTION	5.77
2.42-2.47	0.3964	29	0.2782	681	X-RAY DIFFRACTION	20.91
2.47-2.52	0.2385	77	0.2828	1445	X-RAY DIFFRACTION	44.28
2.52-2.58	0.3514	123	0.2768	2373	X-RAY DIFFRACTION	72.43
2.58-2.64	0.3317	140	0.2613	3141	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.64-2.71	0.2846	169	0.2487	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2728	181	0.2346	3252	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.79-2.88	0.2545	179	0.2122	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.88-2.98	0.2282	173	0.2056	3259	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.99-3.1	0.2367	157	0.1966	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.24	0.2706	174	0.1808	3230	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.24-3.41	0.2211	193	0.1666	3236	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.41-3.63	0.1865	160	0.146	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.91	0.1781	176	0.1322	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.29	0.1561	157	0.1197	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.91	0.1422	166	0.1081	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-6.15	0.1707	184	0.1363	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
6.15-19.29	0.1773	162	0.1388	3340	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.24958766465	-0.71944758494	-3.72173535147	1.31616477843	1.75263104097	5.30470802125	-0.0106767376652	-0.294402662833	0.0340081638415	0.0735965863834	0.129104261648	-0.113930569571	0.0375616211275	0.343497522169	-0.1077885817	0.310306624395	-0.0432023351701	-0.00985748824676	0.438521136756	-0.0348407633495	0.269256900063	18.4178988786	-45.1887513084	-25.0733724196
2	0.539365284423	0.110198098899	-0.128007581421	0.584412918404	-0.0825103388718	0.919344095001	0.0279914224407	-0.182761777704	0.0527860627	0.0637193308433	-0.0392747855539	-0.0134570473884	-0.0484103517078	0.119057062253	-0.0060721191174	0.356308155951	-0.00943653267988	0.0338156282374	0.348315397828	-0.0285841225989	0.273611116318	2.91897757015	-43.7587533583	-19.5571977573
3	1.26261652076	0.0405215631438	-0.306939806498	1.069403302	-0.118024338695	0.707178107163	0.0190654680358	0.0332679437434	0.181839074846	-0.0326840287963	-0.0185468893472	0.0448497400076	-0.135977066905	0.0561919229406	-0.0135160027823	0.391726157789	-0.0553418832085	0.0325575147202	0.384368054367	0.00367189516652	0.296672847523	1.25803404377	-37.9239980511	-30.0707001427
4	1.12454907912	0.487729098409	-0.15395356608	1.4490373889	-0.0479831627623	0.713602748688	0.0265138162283	-0.16503475193	-0.0913002997178	0.158146259303	-0.0221629730045	-0.0107662539149	-0.0082390115503	0.188795333086	0.00603272820839	0.417010407306	0.0188584385484	0.0633479571566	0.444437437229	-0.00436785651161	0.287932417515	-7.85348011846	-54.0078770822	-14.1310128046
5	7.65933619373	-1.75289580501	-2.63215588266	2.23495229153	0.065529827344	1.40494997111	-0.296135879177	-0.573924170589	-1.06810274057	0.0596182022534	0.00303492176711	-0.0355492854856	0.159556416345	0.395144819842	0.250800171027	0.454759898399	0.00240550828397	0.0558796538949	0.508117377447	0.138054225103	0.547775126718	-17.1289493126	-85.2526600352	-18.049667175
6	4.03622038346	0.662731374605	-0.626160181664	0.539795583705	-0.134492205397	0.805030449802	-0.284822329977	0.0124837599758	-1.15414622684	-0.152335550264	0.0435571792398	-0.257344073051	0.199007385519	0.107788350931	0.155096250263	0.475889322419	0.0199980280412	0.149990748747	0.341497375536	-0.0101238848349	0.69051170441	-6.58747009858	-86.8999401755	-30.2334689414
7	4.13710800223	0.527108548371	-0.572847635728	0.788456671084	-0.047826777196	1.6018738393	-0.328261720931	0.60486197832	-1.30327338129	-0.218297435223	0.0989353950379	-0.188344776508	0.334418290275	-0.0449137054932	0.0578874959493	0.452533654078	-0.0945259165828	0.148960226212	0.401587442139	-0.164801361234	0.668824674173	-12.2987503784	-83.9350058443	-37.4590840964
8	4.02732408716	0.631082732898	-0.299291541768	1.13854148134	-0.19856785582	0.514582400269	-0.113982661367	-0.671140406751	-0.714316381041	0.208443658612	0.0479878857631	0.014612836651	0.019965403778	0.0334177341957	0.079242203998	0.441797402153	0.047811300283	0.105234833171	0.456849145026	0.0355443068627	0.476954779003	9.21352252816	-76.7998254448	-29.3020969994

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 80 )	A	A	2 - 80	1 - 79
2	2	chain 'A' and (resid 81 through 223 )	A	A	81 - 223	80 - 222
3	3	chain 'A' and (resid 224 through 428 )	A	A	224 - 428	223 - 427
4	4	chain 'A' and (resid 429 through 529 )	A	A	429 - 529	428 - 528
5	5	chain 'B' and (resid 2 through 80 )	B	F	2 - 80	1 - 79
6	6	chain 'B' and (resid 81 through 289 )	B	F	81 - 289	80 - 288
7	7	chain 'B' and (resid 290 through 428 )	B	F	290 - 428	289 - 427
8	8	chain 'B' and (resid 429 through 529 )	B	F	429 - 529	428 - 528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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