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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9h4s | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of fertilization-blocking monoclonal antibody IE-3 VHVL bound to the ZP-N1 domain of mouse ZP2 (crystal form II) | |||||||||||||||||||||
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![]() | CELL ADHESION / Zona pellucida / ZP2 / ZP-N domain / ZP-N1 domain / ZP module / ZP domain / egg-sperm recognition / gamete interaction / immunocontraception / monoclonal antibody / IE-3 / IE3 / heavy chain variable domain / light chain variable domain | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / acrosin binding / structural constituent of egg coat / egg coat / prevention of polyspermy / binding of sperm to zona pellucida / multivesicular body / : / endoplasmic reticulum / extracellular region ...Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / acrosin binding / structural constituent of egg coat / egg coat / prevention of polyspermy / binding of sperm to zona pellucida / multivesicular body / : / endoplasmic reticulum / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Dioguardi, E. / De Sanctis, D. / Jovine, L. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of ZP2-targeted female nonhormonal contraception. 著者: Dioguardi, E. / Stsiapanava, A. / Fahrenkamp, E. / Han, L. / de Sanctis, D. / Inzunza, J. / Jovine, L. #1: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 1980 タイトル: Synthesis of zona pellucida proteins by denuded and follicle-enclosed mouse oocytes during culture in vitro. 著者: Bleil, J.D. / Wassarman, P.M. #2: ジャーナル: Dev Biol / 年: 1981 タイトル: Mammalian sperm-egg interaction: fertilization of mouse eggs triggers modification of the major zona pellucida glycoprotein, ZP2. 著者: Bleil, J.D. / Beall, C.F. / Wassarman, P.M. #3: ジャーナル: Cell / 年: 1982 タイトル: Biosynthesis of the major zona pellucida glycoprotein secreted by oocytes during mammalian oogenesis. 著者: Greve, J.M. / Salzmann, G.S. / Roller, R.J. / Wassarman, P.M. #4: ジャーナル: Mol Cell Biol / 年: 1990 タイトル: Oocyte-specific expression of mouse Zp-2: developmental regulation of the zona pellucida genes. 著者: Liang, L.F. / Chamow, S.M. / Dean, J. #5: ![]() タイトル: Crystal structure of the ZP-N domain of ZP3 reveals the core fold of animal egg coats. 著者: Monne, M. / Han, L. / Schwend, T. / Burendahl, S. / Jovine, L. #6: ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2014 タイトル: A single domain of the ZP2 zona pellucida protein mediates gamete recognition in mice and humans. 著者: Avella, M.A. / Baibakov, B. / Dean, J. #7: ジャーナル: Dev Biol / 年: 1985 タイトル: Monoclonal antibodies to the murine zona pellucida protein with sperm receptor activity: effects on fertilization and early development. 著者: East, I.J. / Gulyas, B.J. / Dean, J. #8: ジャーナル: Dev Biol / 年: 1984 タイトル: Monoclonal antibodies to the major protein of the murine zona pellucida: effects on fertilization and early development. 著者: East, I.J. / Mattison, D.R. / Dean, J. #9: ジャーナル: Curr Biol / 年: 2015 タイトル: Vectored antibody gene delivery mediates long-term contraception. 著者: Li, J. / Olvera, A.I. / Akbari, O.S. / Moradian, A. / Sweredoski, M.J. / Hess, S. / Hay, B.A. #10: ジャーナル: Biol Reprod / 年: 1999 タイトル: A contraceptive peptide vaccine targeting sulfated glycoprotein ZP2 of the mouse zona pellucida. 著者: Sun, W. / Lou, Y.H. / Dean, J. / Tung, K.S. #11: ![]() タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization. 著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L. #12: ![]() タイトル: ZP2 cleavage blocks polyspermy by modulating the architecture of the egg coat. 著者: Shunsuke Nishio / Chihiro Emori / Benjamin Wiseman / Dirk Fahrenkamp / Elisa Dioguardi / Sara Zamora-Caballero / Marcel Bokhove / Ling Han / Alena Stsiapanava / Blanca Algarra / Yonggang Lu / ...著者: Shunsuke Nishio / Chihiro Emori / Benjamin Wiseman / Dirk Fahrenkamp / Elisa Dioguardi / Sara Zamora-Caballero / Marcel Bokhove / Ling Han / Alena Stsiapanava / Blanca Algarra / Yonggang Lu / Mayo Kodani / Rachel E Bainbridge / Kayla M Komondor / Anne E Carlson / Michael Landreh / Daniele de Sanctis / Shigeki Yasumasu / Masahito Ikawa / Luca Jovine / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Following the fertilization of an egg by a single sperm, the egg coat or zona pellucida (ZP) hardens and polyspermy is irreversibly blocked. These events are associated with the cleavage of the N- ...Following the fertilization of an egg by a single sperm, the egg coat or zona pellucida (ZP) hardens and polyspermy is irreversibly blocked. These events are associated with the cleavage of the N-terminal region (NTR) of glycoprotein ZP2, a major subunit of ZP filaments. ZP2 processing is thought to inactivate sperm binding to the ZP, but its molecular consequences and connection with ZP hardening are unknown. Biochemical and structural studies show that cleavage of ZP2 triggers its oligomerization. Moreover, the structure of a native vertebrate egg coat filament, combined with AlphaFold predictions of human ZP polymers, reveals that two protofilaments consisting of type I (ZP3) and type II (ZP1/ZP2/ZP4) components interlock into a left-handed double helix from which the NTRs of type II subunits protrude. Together, these data suggest that oligomerization of cleaved ZP2 NTRs extensively cross-links ZP filaments, rigidifying the egg coat and making it physically impenetrable to sperm. | |||||||||||||||||||||
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12994.641 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-138 / 変異: N83S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: DBREF 9H4R A 35 138 UNP P20239 ZP2_MOUSE 35 138 SEQADV 9H4R SER A 83 UNP P20239 ASN 83 ENGINEERED MUTATION SEQADV 9H4R LEU A 139 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R GLU A 140 UNP P20239 ...詳細: DBREF 9H4R A 35 138 UNP P20239 ZP2_MOUSE 35 138 SEQADV 9H4R SER A 83 UNP P20239 ASN 83 ENGINEERED MUTATION SEQADV 9H4R LEU A 139 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R GLU A 140 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 141 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 142 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 143 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 144 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 145 UNP P20239 EXPRESSION TAG SEQADV 9H4R HIS A 146 UNP P20239 EXPRESSION TAG 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 13290.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The cross-reference for 9H4R chains H and X are residues 20-139 of GenBank entry QCC30352 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/QCC30352), with the preceding 3 residues (17-ETG-19) being an expression tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 12847.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The cross-reference for 9H4R chains L and Y are residues 21-134 of GenBank entry QCC30353 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/QCC30353), with the preceding 3 residues (18-ETG-20) being an expression tag. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0 M lithium sulfate, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 tri-sodium citrate pH 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→43.314 Å / Num. obs: 68723 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 48401 / CC1/2: 0.53 / Rpim(I) all: 0.553 / Rrim(I) all: 1.478 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Partially refined model of PDB ID 6GF4 ![]() 6gf4 解像度: 2.02→43.31 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 24.311 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.02→43.31 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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