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万見
- PDB-9gx3: Human PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gx3
タイトルHuman PPAR-gamma ligand binding domain in complex with AKGO12
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / PPAR / PPAR gamma / PPARg / peroxisome proliferator-activated receptor gamma / nuclear receptor / transcription factor / partial agonist / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / lipoprotein transport / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / negative regulation of SMAD protein signal transduction / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / response to nutrient / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / cellular response to insulin stimulus / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oerlemans, G.J.M. / Koops, A.A. / Brunsveld, L.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development and characterization of novel indazole-based PPAR-gamma partial agonists
著者: Koops, A.A. / Oerlemans, G.J.M. / Brunsveld, L.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9234
ポリマ－62,8212
非ポリマー1,1022
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PPARg is known to form homodimers in this space group
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.692, 61.270, 118.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 234 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 234 through 267 or (resid 268...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETLYSLYSAA234 - 2684 - 38
d_12LYSLYSGLYGLYAA272 - 31242 - 82
d_13GLNGLNLYSLYSAA314 - 50284 - 272
d_14A1IQEA1IQEA1IQEA1IQEAC601
d_21METMETHISHISBB234 - 2944 - 64
d_22GLUGLUGLYGLYBB304 - 31274 - 82
d_23GLNGLNLYSLYSBB314 - 50284 - 272
d_24A1IQEA1IQEA1IQEA1IQEBD601

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0986750173612, 0.978312803864, 0.182118913746), (0.983832790308, -0.123394057244, 0.129795790961), (0.149453275853, 0.166366957152, -0.974672126361)ベクター: 15. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0986750173612, 0.978312803864, 0.182118913746), (0.983832790308, -0.123394057244, 0.129795790961), (0.149453275853, 0.166366957152, -0.974672126361)
ベクター: 15.1440134542, -23.9395033452, 46.7337754451)

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 31410.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GSHM left from Thrombin cleavage / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-A1IQE / 4-[1-[2-chloranyl-6-(trifluoromethyl)phenyl]carbonylindazol-3-yl]-3-phenylmethoxy-benzoic acid


分子量: 550.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H18ClF3N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.9M-1.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.4-7.4
PH範囲: 6.4-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.967697 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.68 Å / Num. obs: 50200 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 41.89 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / Num. unique obs: 3289 / CC1/2: 0.711

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5精密化
PDB-REDO精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40.68 Å / SU ML: 0.3177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.6962
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2000 3.99 %
Rwork0.2235 48156 -
obs0.2247 50156 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3991 0 78 106 4175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00854152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99385624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0123722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8847622
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.55272955343 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.38761450.38663482X-RAY DIFFRACTION97.32
1.95-20.36541430.35083465X-RAY DIFFRACTION97.17
2-2.060.38791430.29843434X-RAY DIFFRACTION97.17
2.06-2.130.31321420.2653412X-RAY DIFFRACTION96.73
2.13-2.20.32961420.25453402X-RAY DIFFRACTION95.86
2.2-2.290.31281390.24693368X-RAY DIFFRACTION94.2
2.29-2.390.26871170.23772819X-RAY DIFFRACTION79.54
2.39-2.520.28311380.23453311X-RAY DIFFRACTION92.67
2.52-2.680.28041470.23453542X-RAY DIFFRACTION99.03
2.68-2.880.26591470.23533522X-RAY DIFFRACTION99.24
2.88-3.170.32781470.24883554X-RAY DIFFRACTION99.41
3.17-3.630.25161480.21243578X-RAY DIFFRACTION99.63
3.63-4.580.18491490.17333594X-RAY DIFFRACTION99.68
4.58-40.680.23471530.22243673X-RAY DIFFRACTION99.33
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.205821933110.601118158492-0.5497013498261.540797476380.259052538313.14174828269-0.169715212036-0.24657061983-0.1413048748360.1331683116490.219953851633-0.200119850483-0.1856111647070.368059750111-0.04444077702230.3027031823430.136068413123-0.03412405286420.4338944966380.02273066598450.37097349171412.821656948911.58381712417.2618016306
21.771767449910.546874399216-0.1339054892981.34926410690.4358871637912.449860853410.088200439341-0.140799901546-0.0470355312850.3002832712870.0584117239860.127855693854-0.1588613693780.088247322553-0.152605957870.46655395940.1583819853670.02791507880790.3219892639950.05205985316380.38159635229531.2889187262-10.17032066134.2394193963
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resseq 233:504)AA233 - 5041 - 262
22(chain B and resseq 234:503)BC234 - 5021 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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