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- PDB-9gv9: Structure of Heparinase I from Bacteroides eggerthii in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gv9
タイトルStructure of Heparinase I from Bacteroides eggerthii in complex with calcium cofactor and delta-UA(1-4)Glc 3, 6, N-Sulphated disaccharide
要素Heparin lyase I
キーワードLYASE / Heparin / Heparan Sulphate / Heparinase / Heparitinase
機能・相同性Polysaccharide lyase / Polysaccharide lyase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / ACETATE ION / Heparin lyase I
機能・相同性情報
生物種Bacteroides eggerthii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.715 Å
データ登録者Mycroft-West, C. / Wu, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust218579/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacteroides eggerthii heparin lyase I liberates the rare delta-GlcA(alpha1->4)Glc3,6,N-sulphated disaccharide motif contained within the pentasaccharide of the clinical anticoagulant fondaparinux sodium
著者: Kandola, T.K. / Mycroft-West, C. / Andrade De Lima, M.L. / Turner, A. / Gardini, C. / Urso, E. / Miller, G.J. / Bisio, A. / Yates, E.A. / Guerrini, M. / Wu, L. / Skidmore, M.A.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Heparin lyase I
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,17927
ポリマ－87,1492
非ポリマー3,03025
水10,413578
1
B: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,10014
ポリマ－43,5741
非ポリマー1,52613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heparin lyase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,07813
ポリマ－43,5741
非ポリマー1,50412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.59, 91.563, 73.443
Angle α, β, γ (deg.)90, 95.593, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-703-

HOH

21A-712-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 8 - 374 / Label seq-ID: 8 - 374

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 BA

#1: タンパク質 Heparin lyase I


分子量: 43574.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides eggerthii (バクテリア)
遺伝子: HMPREF1016_01920 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5WZ15
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-3,6-di-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 577.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: delta-UA(1-4)Glc 3, 6, N-Sulphated disaccharide
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO33SO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 601分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.80088806 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1126366 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.953738 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.715→76.452 Å / Num. obs: 56421 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.715→1.896 Å / Rmerge(I) obs: 1.045 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2821 / CC1/2: 0.596

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.715→76.452 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.071 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.179 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 2859 5.068 %
Rwork0.2037 53559 -
all0.206 --
obs-56418 57.306 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.818 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.061 Å2-0 Å2-0.087 Å2
2--0.019 Å2-0 Å2
3----0.062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.715→76.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5888 0 101 648 6637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0126212
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165695
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.8538396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4171.79713186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5795734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.6436.83348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.08614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.646101061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg13.4410281
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.21065
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1880.25290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.23112
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0880.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2190.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1490.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2120.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.4192953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7821.4182947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3722.5423672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3722.5433673
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8441.5733259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8311.5453196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.452.8334724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4512.7884635
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.31815.1046958
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.18114.4036834
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0810.0512193
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08050.0501
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08050.0501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.715-1.7590.26780.305132X-RAY DIFFRACTION1.9308
1.759-1.8070.322230.29452X-RAY DIFFRACTION6.6845
1.807-1.860.274660.2481054X-RAY DIFFRACTION16.2956
1.86-1.9170.29990.2781676X-RAY DIFFRACTION26.7521
1.917-1.980.249960.262111X-RAY DIFFRACTION34.0062
1.98-2.0490.2521340.2292759X-RAY DIFFRACTION46.0302
2.049-2.1260.2671670.2332911X-RAY DIFFRACTION51.2573
2.126-2.2130.2511890.2163388X-RAY DIFFRACTION60.937
2.213-2.3110.281970.2363517X-RAY DIFFRACTION66.6188
2.311-2.4240.2462230.2164005X-RAY DIFFRACTION79.7435
2.424-2.5550.2541920.2064336X-RAY DIFFRACTION88.5586
2.555-2.710.2432270.2234110X-RAY DIFFRACTION89.9979
2.71-2.8970.2532450.2124277X-RAY DIFFRACTION100
2.897-3.1280.2562230.2043978X-RAY DIFFRACTION100
3.128-3.4260.2351940.1883695X-RAY DIFFRACTION99.9743
3.426-3.830.2111590.1682821X-RAY DIFFRACTION84.4671
3.83-4.4210.2091550.1652733X-RAY DIFFRACTION92.6532
4.421-5.410.2221230.1742511X-RAY DIFFRACTION100
5.41-7.6310.26850.2231981X-RAY DIFFRACTION99.9516
7.631-76.4520.233540.2321112X-RAY DIFFRACTION99.8288
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.541-0.2615-0.20390.61880.2340.62530.01090.0149-0.0159-0.0178-0.0171-0.01010.01280.02830.00620.00590.00140.00890.0060.0030.023447.1679-42.956552.7483
20.683-0.1726-0.16490.55050.21020.47860.0116-0.05820.00580.0326-0.0144-0.0235-0.02060.01250.00280.0173-0.00380.01020.00680.00090.014113.2504-45.812418.2738
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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