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- PDB-9grx: NDH-PSI-LHCI supercomplex from S. oleracea -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 9grx
タイトルNDH-PSI-LHCI supercomplex from S. oleracea
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 4
  • (NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ...) x 15
  • (Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ...) x 3
  • (Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ...) x 5
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
  • PSI-K
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • peptidylprolyl isomerase
キーワードELECTRON TRANSPORT / NDH / PSI / Supercomplex / photosynthesis / electron transport chain / lipids / proton translocation / plastoquinone
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / P450-containing electron transport chain / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / thylakoid / NADH dehydrogenase complex / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem I reaction center ...glucose-6-phosphate 1-epimerase activity / NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / P450-containing electron transport chain / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / thylakoid / NADH dehydrogenase complex / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / photosystem II / extrinsic component of membrane / cyclosporin A binding / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / : / NADH dehydrogenase activity / response to light stimulus / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / photosynthesis / chloroplast / aerobic respiration / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / phosphoprotein binding / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / protein folding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / carbohydrate binding / molecular adaptor activity / response to oxidative stress / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / : / PsbP, C-terminal / PsbP / : / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 4-like / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / : / PsbP, C-terminal / PsbP / : / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Adrenodoxin / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Chaperone J-domain superfamily / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-PGT / Chem-PQ9 ...: / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-PGT / Chem-PQ9 / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / peptidylprolyl isomerase / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O, chloroplastic / Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 A, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Introini, B. / Hahn, A. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Other private ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the NDH-PSI-LHCI supercomplex from Spinacia oleracea.
著者: Bianca Introini / Alexander Hahn / Werner Kühlbrandt /
要旨: The nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) dehydrogenase (NDH) complex is crucial for photosynthetic cyclic electron flow and respiration, transferring electrons from ferredoxin to ...The nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH) dehydrogenase (NDH) complex is crucial for photosynthetic cyclic electron flow and respiration, transferring electrons from ferredoxin to plastoquinone while transporting H across the chloroplast membrane. This process boosts adenosine triphosphate production, regardless of NADPH levels. In flowering plants, NDH forms a supercomplex with photosystem I, enhancing its stability under high light. We report the cryo-electron microscopy structure of the NDH supercomplex in Spinacia oleracea at a resolution of 3.0-3.3 Å. The supercomplex consists of 41 protein subunits, 154 chlorophylls and 38 carotenoids. Subunit interactions are reinforced by 46 distinct lipids. The structure of NDH resembles that of mitochondrial complex I closely, including the quinol-binding site and an extensive internal aqueous passage for proton translocation. A well-resolved catalytic plastoquinone (PQ) occupies the PQ channel. The pronounced structural similarity to complex I sheds light on electron transfer and proton translocation within the NDH supercomplex.
履歴
登録2024年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
0: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic
1: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic
2: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic
3: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic
4: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic
5: Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic
6: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic
7: Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic
8: peptidylprolyl isomerase
9: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
A: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic
B: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 A, chloroplastic
C: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic
D: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic
E: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic
F: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic
G: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic
H: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
I: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
J: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
K: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
L: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic
M: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic
N: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
O: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O, chloroplastic
U: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
e: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
f: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
g: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
h: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: PSI-K
l: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic
w: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
x: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
z: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,246,903290
ポリマ－1,048,45342
非ポリマー198,449248
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
Photosynthetic NDH subunit of lumenal location ... , 3種, 3分子 067

#1: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 1, chloroplastic


分子量: 18606.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JJI5
#7: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 2, chloroplastic


分子量: 14875.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0I5E4
#8: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of lumenal location 3, chloroplastic


分子量: 16451.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JBH0

-
Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B ... , 5種, 5分子 12345

#2: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 1, chloroplastic


分子量: 44622.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JDZ5
#3: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 2, chloroplastic


分子量: 40259.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0KAG7
#4: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 3, chloroplastic


分子量: 15614.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J911
#5: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 4, chloroplastic


分子量: 10763.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J426
#6: タンパク質 Photosynthetic NDH subunit of subcomplex B 5, chloroplastic


分子量: 17772.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JS52

-
タンパク質 , 5種, 5分子 89Dck

#9: タンパク質 peptidylprolyl isomerase


分子量: 15352.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IC28, peptidylprolyl isomerase
#10: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 18900.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IB03, peptidylprolyl isomerase
#14: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / chain 4 / NADH-plastoquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 55980.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3J0, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#29: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 9035.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P10098, photosystem I
#37: タンパク質 PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 13229.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IBB5

-
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 15種, 15分子 ABCEFGHIJKLMNOU

#11: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 1 / NDH subunit 1 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 1


分子量: 38985.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3I6, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#12: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 A, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase / subunit 2 A / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 2 A


分子量: 54026.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: P0CD52, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#13: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 3 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 3


分子量: 13270.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3L9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#15: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 4L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 4L


分子量: 11085.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3I9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#16: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 5, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 5 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 5


分子量: 84590.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3J4, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#17: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 6, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit 6 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 6


分子量: 19193.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3I8, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#18: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH- ...NAD(P)H dehydrogenase subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase 49 kDa subunit / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit H


分子量: 45172.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3I5, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#19: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit I / NDH subunit I / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit I


分子量: 19004.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3I7, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#20: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit J / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit J


分子量: 18687.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3M1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#21: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit K / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit K


分子量: 22789.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
参照: UniProt: Q9M3M0, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#22: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic


分子量: 13194.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JHB5
#23: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic / NAD(P)H dehydrogenase subunit M / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit M


分子量: 16702.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JNY9
#24: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic


分子量: 18727.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J7P2
#25: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O, chloroplastic


分子量: 11127.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0K504
#26: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit U, chloroplastic


分子量: 27127.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0K267

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#27: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82144.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06511, photosystem I
#28: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 82377.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06512, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 defghijl

#30: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 16053.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12353
#31: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / PSI-E


分子量: 7736.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12354
#32: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / PSI-F


分子量: 17151.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12355
#33: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / PSI-G / Photosystem I 9 kDa protein


分子量: 10719.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12357
#34: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / PSI-H / Light-harvesting complex I 11 kDa protein


分子量: 10391.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P22179
#35: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3458.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17228
#36: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4845.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A6B9Q8A1
#38: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / PSI-L / PSI subunit V


分子量: 16988.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q41385

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 4種, 4分子 wxyz

#39: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23947.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0JIF6
#40: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 22135.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J335
#41: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 24168.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0IPK6
#42: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 21184.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A9R0J8B1

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糖 , 1種, 3分子

#51: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 12種, 245分子

#43: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物...
ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#45: 化合物 ChemComp-A1H1M / 4-trans-(4-trans-Propylcyclohexyl)-cyclohexyl alpha-maltoside / (2R,3S,4S,5R,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-[(2R,3S,4R,5R,6R)-2-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)-6-[4-(4-propylcyclohexyl)cyclohexyl]oxy-oxan-3-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol


分子量: 548.663 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H48O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#47: 化合物 ChemComp-PQ9 / 5-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E)-3,7,11,15,19,23,27-HEPTAMETHYLOCTACOSA-2,6,10,14,18,22,26-HEPTAENYL]-2,3-DIMETHYLBENZO-1,4-QUINONE


分子量: 612.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H64O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#48: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#49: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#50: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#52: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#53: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#54: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#55: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NDH-PSI-LHCI supercomplex from Spinacia oleracea / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Titan Krios G3i microscope at 300 kV, equipped with a K3 (Gatan) detector operating in electron counting mode, Bioquantum energy filter (Gatan)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 38385 / 詳細: This is a composite map / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDSource nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
11AlphaFoldin silico model
24y28

4y28

1PDBexperimental model4y282
36khj

6khj

1PDBexperimental model6khj3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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