PDB-9gpy: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpy

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12g/j

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

43.9 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.589, 48.797, 99.904
Angle α, β, γ (deg.)	90, 111.259, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	A	A
2	1	1	B	B
3	2	2	A	A
4	2	2	C	C
5	3	3	B	B
6	3	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 3 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INZ / 2-cyclohexyl-18,19-dimethoxy-13-methyl-11,17-dioxa-4-aza-1lambda5,18lambda5-diphospha-1,15-distannatetracyclo[13.4.0.04,9.016,20]nonadecane-3,10-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→46.55 Å / Num. obs: 60091 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.22-46.55	5.1	0.017	39.5	395	1	0.012	0.021	0.71	98
1.5-1.53	5.5	1.573	1.1	2966	0.666	1.119	1.939	1.02	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→46.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 5.111 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	3029	5.041 %
R_work	0.1748	57059	-
all	0.177	-	-
obs	-	60088	98.455 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.969 Å²	0 Å²	-2.037 Å²
2-	-	-0.471 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.835 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2825	0	135	295	3255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.658	1.822	4187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.557	1.744	6754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.974	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.504	13.654	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.142	10	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.366	10	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	456
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.205	2.029	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.196	2.028	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.61	3.642	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.615	3.643	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.387	2.073	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.385	2.073	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.642	3.719	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.64	3.72	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.647	21.55	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.097	20.833	3378
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.026	3	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.082	0.05	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.08	0.05	3631

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07653	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07653	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0819	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0819	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07961	0.05009
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07961	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.363	223	0.348	4201	0.349	4530	0.87	0.867	97.66	0.338
1.539-1.581	0.312	228	0.309	4005	0.309	4345	0.904	0.903	97.4223	0.297
1.581-1.627	0.307	231	0.275	3950	0.277	4278	0.885	0.924	97.7326	0.256
1.627-1.677	0.269	207	0.255	3831	0.256	4112	0.918	0.934	98.2004	0.236
1.677-1.732	0.262	196	0.23	3685	0.231	3972	0.925	0.947	97.709	0.207
1.732-1.792	0.224	169	0.175	3655	0.178	3875	0.958	0.975	98.6839	0.155
1.792-1.86	0.215	170	0.158	3515	0.161	3735	0.967	0.982	98.6613	0.138
1.86-1.936	0.195	156	0.152	3413	0.154	3613	0.972	0.985	98.7822	0.131
1.936-2.022	0.209	160	0.144	3277	0.147	3475	0.969	0.987	98.9065	0.124
2.022-2.12	0.229	146	0.14	3128	0.143	3324	0.969	0.989	98.4958	0.122
2.12-2.235	0.181	169	0.131	2914	0.134	3133	0.981	0.99	98.4041	0.116
2.235-2.37	0.197	148	0.147	2780	0.15	2944	0.973	0.987	99.4565	0.132
2.37-2.533	0.208	164	0.147	2657	0.151	2836	0.972	0.988	99.4711	0.135
2.533-2.735	0.198	137	0.15	2455	0.152	2611	0.977	0.987	99.2723	0.14
2.735-2.995	0.214	103	0.164	2268	0.166	2405	0.975	0.983	98.5863	0.156
2.995-3.347	0.255	99	0.178	2035	0.182	2185	0.968	0.982	97.6659	0.177
3.347-3.862	0.219	106	0.169	1835	0.172	1952	0.977	0.987	99.4365	0.175
3.862-4.721	0.165	93	0.143	1548	0.144	1645	0.988	0.989	99.7568	0.16
4.721-6.643	0.215	78	0.179	1201	0.181	1297	0.982	0.987	98.6122	0.203
6.643-46.55	0.269	46	0.248	706	0.25	763	0.959	0.976	98.5583	0.297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)