PDB-9gpz: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpz

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12f/o

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpz.cif.gz	244.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.028, 49.028, 195.666
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INY / 3-cyclohexyl-17,18-dimethoxy-13-methyl-17-methylol-15,19-dioxa-1,17lambda5-diphospha-1,11lambda5-distannapentacyclo[15.3.1.04,9.011,13.013,19]heneicosane-2,10-quinone 分子量: 582.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.92 Å / Num. obs: 26431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 23.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-48.92	10.9	0.032	61.6	283	0.999	0.012	0.035	0.96	99.2
1.8-1.84	15.7	1.186	2.5	1523	0.784	0.438	1.265	1.05	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→41.528 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.248 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	1327	5.034 %
R_work	0.2299	25032	-
all	0.232	-	-
obs	-	26359	99.958 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.035 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.282 Å²	-0.141 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.282 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.913 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→41.528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1867	0	84	71	2022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.217	1.827	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.748	1.746	4345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.434	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.306	13.333	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.802	10	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.308	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.107	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.952	2.38	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.951	2.381	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.594	4.262	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.593	4.264	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.387	2.515	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.386	2.514	986
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.423	4.532	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.422	4.53	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.81	22.286	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.804	22.25	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	3493

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12017	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12017	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.324	116	0.255	1789	0.259	1906	0.918	0.953	99.9475	0.242
1.847-1.897	0.316	76	0.244	1782	0.247	1858	0.932	0.96	100	0.229
1.897-1.952	0.303	120	0.235	1682	0.24	1803	0.939	0.964	99.9445	0.215
1.952-2.012	0.245	80	0.228	1680	0.228	1760	0.962	0.964	100	0.208
2.012-2.078	0.303	88	0.222	1611	0.226	1699	0.934	0.97	100	0.2
2.078-2.151	0.258	81	0.218	1575	0.22	1656	0.961	0.969	100	0.195
2.151-2.232	0.281	73	0.218	1547	0.22	1620	0.958	0.969	100	0.193
2.232-2.322	0.322	86	0.231	1445	0.236	1531	0.93	0.966	100	0.209
2.322-2.425	0.295	71	0.241	1416	0.244	1487	0.944	0.965	100	0.216
2.425-2.543	0.3	76	0.224	1349	0.227	1425	0.937	0.971	100	0.203
2.543-2.68	0.307	86	0.244	1255	0.248	1341	0.945	0.964	100	0.224
2.68-2.842	0.333	58	0.254	1259	0.258	1317	0.932	0.959	100	0.24
2.842-3.037	0.311	55	0.245	1160	0.247	1215	0.945	0.958	100	0.239
3.037-3.279	0.264	50	0.247	1095	0.248	1145	0.95	0.96	100	0.247
3.279-3.59	0.294	54	0.246	981	0.249	1036	0.954	0.965	99.9035	0.255
3.59-4.01	0.236	50	0.214	924	0.215	975	0.972	0.975	99.8974	0.226
4.01-4.623	0.25	33	0.186	819	0.188	852	0.966	0.98	100	0.21
4.623-5.645	0.197	38	0.205	723	0.205	762	0.979	0.975	99.8688	0.234
5.645-7.91	0.254	15	0.253	581	0.253	596	0.97	0.965	100	0.282
7.91-41.528	0.324	21	0.268	359	0.271	384	0.933	0.933	98.9583	0.355

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3087	-0.6305	0.0357	3.1807	-0.0851	3.8937	-0.0585	-0.0201	-0.2147	-0.1865	-0.076	-0.086	0.1678	0.1629	0.1346	0.1421	-0.0111	-0.0226	0.0733	0.029	0.0486	18.6099	-0.3751	-4.5466
2	5.5124	0.645	-0.5926	3.1612	0.1519	3.258	0.2395	0.0232	0.3973	-0.0595	-0.1132	-0.2922	-0.0119	-0.2022	-0.1263	0.1327	0.0648	-0.024	0.0478	-0.0081	0.0882	9.7889	16.0479	-29.2693

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)