PDB-9gpx: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpx

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12f/l

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpx.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.193, 49.193, 196.443
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-349- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INX / 3-cyclohexyl-17-hydroxy-16,17-dimethoxy-12-methyl-15,18-dioxa-5-aza-1lambda5,17lambda5-diphosphapentacyclo[17.3.1.01,10.05,10.011,19]tricosa-10,19(23)-diene-4,11-quinone 分子量: 582.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.11 Å / Num. obs: 26718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.066 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 20.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-49.11	8.8	0.022	69.5	279	1	0.01	0.024	0.79	98.2
1.8-1.84	12.2	1.431	1.8	1549	0.642	0.607	1.557	1.04	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→35.735 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 7.773 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2611	1399	5.251 %
R_work	0.2226	25246	-
all	0.225	-	-
obs	-	26645	99.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.224 Å²	-0.112 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.224 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.726 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1874	0	84	109	2067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.336	1.826	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.788	1.744	4343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.708	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.218	13.333	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.788	10	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.149	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	408
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.176	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.153	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.274	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.197	2.32	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.195	2.32	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.157	4.156	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.156	4.157	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.369	2.428	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.368	2.427	985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.595	4.375	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.593	4.374	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.363	22.455	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.351	21.71	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.128	0.05	3509

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12786	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12786	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.295	98	0.285	1827	0.286	1926	0.947	0.94	99.9481	0.278
1.847-1.897	0.305	77	0.283	1817	0.284	1894	0.936	0.945	100	0.272
1.897-1.952	0.356	83	0.303	1727	0.305	1810	0.913	0.934	100	0.288
1.952-2.012	0.308	78	0.243	1678	0.246	1756	0.935	0.958	100	0.222
2.012-2.078	0.287	111	0.213	1639	0.218	1750	0.942	0.97	100	0.193
2.078-2.15	0.234	73	0.231	1597	0.231	1670	0.964	0.964	100	0.204
2.15-2.231	0.322	99	0.227	1526	0.233	1626	0.934	0.967	99.9385	0.199
2.231-2.322	0.254	83	0.238	1464	0.239	1547	0.961	0.964	100	0.213
2.322-2.425	0.261	85	0.203	1405	0.206	1490	0.961	0.975	100	0.179
2.425-2.542	0.24	83	0.194	1350	0.197	1433	0.961	0.977	100	0.173
2.542-2.679	0.311	73	0.227	1314	0.231	1387	0.933	0.968	100	0.206
2.679-2.841	0.264	77	0.238	1232	0.24	1309	0.95	0.962	100	0.218
2.841-3.036	0.235	67	0.205	1147	0.207	1214	0.97	0.973	100	0.195
3.036-3.277	0.252	81	0.221	1107	0.223	1188	0.962	0.97	100	0.215
3.277-3.587	0.274	47	0.239	993	0.24	1040	0.957	0.969	100	0.235
3.587-4.005	0.288	39	0.22	938	0.223	977	0.938	0.974	100	0.22
4.005-4.615	0.189	49	0.187	823	0.187	872	0.977	0.98	100	0.2
4.615-5.628	0.282	43	0.21	720	0.214	763	0.944	0.974	100	0.225
5.628-7.863	0.286	28	0.232	579	0.234	607	0.958	0.971	100	0.252
7.863-35.735	0.237	25	0.23	363	0.23	390	0.967	0.963	99.4872	0.272

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9022	-0.9768	0.2608	3.2266	0.208	4.5638	0.059	-0.0148	-0.3429	-0.1848	-0.0655	-0.1269	0.3221	0.2002	0.0065	0.0873	-0.0061	-0.0123	0.0281	0.0243	0.0736	18.5384	-0.7156	-4.6799
2	5.2546	0.6996	-0.3634	3.7667	0.431	3.7634	0.2993	0.1609	0.472	-0.0576	-0.1906	-0.357	-0.067	-0.1425	-0.1087	0.0888	0.0582	-0.0006	0.0463	0.0154	0.1123	9.8627	15.9192	-29.4587

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)