PDB-9gpw: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpw

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12f/j

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	9gpw_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gpw_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	9gpw_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.027, 49.027, 195.66
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-349- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INW / 2-cyclohexyl-18,19-dimethoxy-13-methyl-11,17-dioxa-4-aza-1lambda5,18lambda5-diphospha-1,15-distannatetracyclo[13.4.0.04,9.016,20]nonadecane-3,10-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→48.92 Å / Num. obs: 29166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 19.5

反射シェル

% possible all: 99.7

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
9.04-48.92	8.8	0.022	61.6	278	1	0.01	0.024	0.73
1.74-1.77	10.2	1.476	1.5	1552	0.635	0.696	1.636	1.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→42.495 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 6.73 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2569	1498	5.149 %
R_work	0.2223	27596	-
all	0.224	-	-
obs	-	29094	99.959 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.378 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.477 Å²	-0.238 Å²	0 Å²
2-	-	-0.477 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.546 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→42.495 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1861	0	82	100	2043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.104	1.821	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.734	1.738	4283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.385	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.919	13.333	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.232	10	296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.113	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.107	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.133	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.238	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.726	2.124	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.723	2.124	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.557	3.807	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.556	3.809	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.856	2.197	968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.855	2.196	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.909	3.959	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.908	3.958	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.143	20.47	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.139	20.143	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	3487

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11615	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11615	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.74-1.785	0.334	106	0.301	1985	0.303	2095	0.923	0.931	99.8091	0.296
1.785-1.834	0.311	113	0.26	1932	0.262	2045	0.94	0.951	100	0.249
1.834-1.887	0.294	91	0.251	1934	0.253	2025	0.939	0.954	100	0.236
1.887-1.945	0.243	92	0.219	1826	0.22	1918	0.962	0.968	100	0.2
1.945-2.009	0.309	98	0.223	1787	0.227	1885	0.939	0.966	100	0.201
2.009-2.079	0.237	91	0.214	1730	0.215	1821	0.959	0.97	100	0.194
2.079-2.157	0.279	96	0.215	1688	0.219	1784	0.941	0.968	100	0.194
2.157-2.245	0.279	64	0.217	1653	0.219	1717	0.949	0.97	100	0.195
2.245-2.345	0.285	107	0.219	1532	0.223	1639	0.95	0.969	100	0.199
2.345-2.459	0.236	78	0.206	1488	0.208	1566	0.964	0.974	100	0.186
2.459-2.591	0.231	66	0.203	1427	0.204	1493	0.958	0.975	100	0.187
2.591-2.748	0.268	68	0.227	1345	0.229	1414	0.951	0.967	99.9293	0.208
2.748-2.937	0.345	57	0.237	1277	0.241	1334	0.924	0.963	100	0.225
2.937-3.171	0.256	58	0.228	1215	0.229	1273	0.953	0.966	100	0.221
3.171-3.471	0.271	76	0.232	1097	0.235	1173	0.953	0.967	100	0.231
3.471-3.878	0.236	72	0.228	1003	0.228	1076	0.97	0.972	99.9071	0.233
3.878-4.472	0.227	69	0.188	886	0.191	956	0.969	0.98	99.8954	0.208
4.472-5.462	0.216	50	0.199	767	0.2	818	0.977	0.976	99.8778	0.22
5.462-7.661	0.327	29	0.245	625	0.248	654	0.947	0.968	100	0.266
7.661-42.495	0.266	17	0.258	399	0.258	419	0.944	0.949	99.284	0.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8277	0.464	-0.1472	3.9107	-0.1826	3.884	-0.148	0.0981	-0.308	-0.1504	0.0412	0.1696	0.2548	-0.1807	0.1069	0.0956	-0.0292	0.0228	0.1552	0.0248	0.0609	8.9999	-16.4184	28.0389
2	4.77	-1.5643	-0.043	4.6464	0.593	2.9177	-0.0453	-0.177	-0.0885	-0.2544	0.1816	-0.488	-0.1606	-0.0895	-0.1363	0.1322	-0.0681	-0.0013	0.0549	0.0139	0.0815	18.6055	-0.5541	3.2099

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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万見 (Yorodumi)