PDB-9gpv: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpv

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/l

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpv.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
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-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.007, 49.007, 196.275
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INT / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-19-methyl-11,18-dioxa-1,19lambda5-dithia-5-aza-19lambda5-stannapentacyclo[18.3.1.04,9.013,22.015,21]tetracosane-2,10-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→49.07 Å / Num. obs: 31284 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 19.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-49.07	9.4	0.032	52.4	284	1	0.013	0.035	0.85	99.5
1.7-1.73	12.4	1.265	2.1	1602	0.738	0.538	1.375	1.07	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→42.477 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.32 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	1522	4.877 %
R_work	0.2084	29685	-
all	0.21	-	-
obs	-	31207	99.968 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0.145 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.477 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1868	0	82	146	2096

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.268	1.815	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.771	1.743	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.931	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.418	13.824	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.204	10	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.418	10	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.464	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.124	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.294	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.8	2.081	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.793	2.081	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.632	3.738	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.631	3.74	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.296	2.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.295	2.199	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.485	3.946	1435
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.484	3.945	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.886	21.526	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.891	20.456	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.123	0.05	3498

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12303	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12303	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.315	120	0.251	2120	0.255	2241	0.935	0.955	99.9554	0.243
1.744-1.792	0.291	114	0.232	2059	0.235	2175	0.94	0.961	99.9081	0.216
1.792-1.844	0.284	119	0.224	2038	0.227	2158	0.949	0.965	99.9537	0.206
1.844-1.9	0.235	97	0.203	1996	0.204	2093	0.969	0.972	100	0.184
1.9-1.962	0.244	106	0.209	1949	0.21	2055	0.957	0.971	100	0.186
1.962-2.031	0.281	94	0.211	1848	0.215	1942	0.949	0.97	100	0.19
2.031-2.108	0.267	99	0.216	1776	0.219	1875	0.948	0.97	100	0.195
2.108-2.194	0.258	111	0.203	1720	0.207	1831	0.956	0.973	100	0.187
2.194-2.291	0.281	73	0.193	1678	0.196	1751	0.96	0.976	100	0.177
2.291-2.402	0.234	85	0.195	1622	0.197	1707	0.966	0.976	100	0.18
2.402-2.532	0.243	65	0.203	1536	0.205	1601	0.965	0.975	100	0.19
2.532-2.685	0.239	68	0.213	1468	0.215	1536	0.966	0.972	100	0.204
2.685-2.869	0.241	70	0.215	1383	0.217	1453	0.965	0.97	100	0.21
2.869-3.098	0.222	71	0.207	1273	0.208	1346	0.972	0.972	99.8514	0.209
3.098-3.392	0.288	45	0.226	1201	0.229	1246	0.963	0.969	100	0.233
3.392-3.789	0.258	42	0.23	1112	0.231	1154	0.977	0.971	100	0.243
3.789-4.37	0.188	45	0.182	967	0.182	1012	0.979	0.981	100	0.205
4.37-5.338	0.209	40	0.163	851	0.165	891	0.976	0.984	100	0.196
5.338-7.49	0.275	34	0.232	663	0.234	698	0.967	0.974	99.8567	0.27
7.49-42.477	0.291	24	0.245	425	0.247	451	0.954	0.947	99.5565	0.336

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7997	0.3372	0.5288	3.714	0.2281	4.021	-0.2605	0.1146	0.465	-0.1192	0.0907	-0.3462	-0.2054	0.2102	0.1697	0.0334	-0.0251	-0.0337	0.0396	-0.0019	0.1359	-8.8804	16.4121	28.3187
2	3.1162	-0.9908	0.2544	5.2176	-1.3736	3.418	-0.0314	-0.0346	-0.056	-0.5852	0.1801	0.567	0.2513	-0.0202	-0.1487	0.1475	-0.0691	-0.0199	0.0409	-0.0124	0.0922	-18.3731	0.9717	3.3062

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)