PDB-9gpt: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpt

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/k

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpt.cif.gz	237.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.924, 48.924, 194.888
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INR / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-19-methyl-11,18-dioxa-1,19lambda5-dithia-5-aza-19lambda5-stannapentacyclo[18.3.1.04,9.013,22.015,21]tetracosane-2,10-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→48.72 Å / Num. obs: 19295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.127 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 12.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.94-48.72	8.4	0.039	32.2	286	0.999	0.017	0.043	0.7	99.8
2-2.05	12.3	1.3	2	1435	0.74	0.55	1.412	0.95	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→42.405 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 10.828 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2749	1018	5.293 %
R_work	0.2205	18214	-
all	0.223	-	-
obs	-	19232	99.964 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.705 Å²	-0.352 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.705 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.286 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1821	0	82	62	1965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.795	1.807	2648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.615	1.727	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.562	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.493	13.824	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.162	10	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.865	10	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	994
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.156	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.54	2.386	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.534	2.386	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.573	4.285	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.572	4.287	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.707	2.484	936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.705	2.484	937
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.878	4.494	1387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.876	4.493	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.148	22.605	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.156	22.185	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	3362

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11198	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11198	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.341	83	0.279	1344	0.282	1427	0.914	0.947	100	0.275
2.052-2.108	0.324	57	0.244	1268	0.247	1325	0.939	0.956	100	0.236
2.108-2.169	0.289	72	0.245	1228	0.248	1301	0.946	0.956	99.9231	0.233
2.169-2.236	0.322	40	0.239	1262	0.241	1302	0.939	0.961	100	0.223
2.236-2.309	0.328	82	0.245	1150	0.25	1232	0.931	0.96	100	0.227
2.309-2.389	0.285	68	0.21	1137	0.214	1205	0.95	0.972	100	0.191
2.389-2.479	0.304	72	0.224	1084	0.229	1156	0.936	0.969	100	0.199
2.479-2.58	0.228	65	0.217	1076	0.217	1141	0.97	0.969	100	0.194
2.58-2.694	0.31	37	0.235	1037	0.238	1074	0.932	0.966	100	0.211
2.694-2.825	0.248	57	0.245	977	0.245	1034	0.964	0.96	100	0.226
2.825-2.977	0.3	56	0.225	921	0.229	977	0.933	0.966	100	0.208
2.977-3.157	0.249	57	0.224	888	0.225	945	0.957	0.967	100	0.208
3.157-3.374	0.279	67	0.244	820	0.247	887	0.944	0.962	100	0.235
3.374-3.642	0.297	51	0.234	784	0.238	835	0.956	0.969	100	0.231
3.642-3.987	0.26	28	0.213	744	0.214	772	0.96	0.974	100	0.211
3.987-4.453	0.25	38	0.175	690	0.179	728	0.973	0.984	100	0.181
4.453-5.132	0.201	30	0.155	578	0.157	609	0.979	0.986	99.8358	0.169
5.132-6.262	0.21	31	0.225	534	0.224	566	0.974	0.971	99.8233	0.243
6.262-8.761	0.364	12	0.235	425	0.237	437	0.946	0.964	100	0.257
8.761-42.405	0.382	15	0.26	269	0.268	287	0.91	0.938	98.9547	0.333

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3317	-0.561	-0.0335	3.6689	0.6096	3.5161	0.054	-0.0735	0.4992	-0.1751	-0.1575	0.4476	-0.2232	-0.0757	0.1035	0.1323	-0.0209	0.002	0.0389	-0.0423	0.1574	-18.4282	0.0847	-3.8879
2	4.2715	-0.0551	0.6036	2.4383	-0.2076	2.531	0.221	0.1636	-0.2985	-0.1041	-0.1545	0.1463	0.0862	0.1302	-0.0665	0.1489	0.0745	0.0046	0.0448	-0.0094	0.0344	-9.8081	-15.3372	-29.408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)