PDB-9gps: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gps

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/p

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gps.cif.gz	242.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gps.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gps.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gps	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.974, 48.974, 196.224
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INV / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-19-methyl-11,20-dioxa-5-aza-1lambda5-polona-1,19lambda5-dithia-18-azanida-1lambda5-stannapentacyclo[19.2.1.05,10.013,18.018,22]tetracosane-4,12-quinone 分子量: 568.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→49.06 Å / Num. obs: 22579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 17.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.11-49.06	8.5	0.025	51.4	271	1	0.011	0.027	0.69	99.5
1.9-1.94	8.7	1.463	1.5	1425	0.523	0.752	1.654	1.07	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoXDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→42.449 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 8.841 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	1071	4.757 %
R_work	0.2169	21442	-
all	0.219	-	-
obs	-	22513	99.911 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.995 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.298 Å²	-0.149 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.298 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.449 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1862	0	82	83	2027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.939	1.815	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.686	1.735	4241
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.861	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.572	14.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.111	10	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.085	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	398
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	353
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.136	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.046	2.686	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.037	2.686	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.06	4.814	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.059	4.816	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.486	2.878	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.484	2.878	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.045	5.171	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.044	5.17	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.75	26.071	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.749	25.416	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.086	0.05	3536

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08626	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08626	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.383	81	0.303	1551	0.307	1638	0.901	0.921	99.6337	0.299
1.949-2.003	0.32	62	0.26	1491	0.262	1553	0.931	0.948	100	0.25
2.003-2.06	0.315	82	0.255	1487	0.258	1571	0.937	0.954	99.8727	0.24
2.06-2.124	0.289	67	0.227	1458	0.229	1525	0.944	0.963	100	0.206
2.124-2.193	0.237	67	0.214	1346	0.215	1413	0.971	0.97	100	0.193
2.193-2.27	0.282	95	0.228	1323	0.232	1418	0.948	0.965	100	0.201
2.27-2.355	0.312	76	0.233	1311	0.237	1387	0.941	0.965	100	0.206
2.355-2.451	0.243	69	0.207	1256	0.209	1325	0.962	0.974	100	0.181
2.451-2.56	0.268	66	0.209	1177	0.212	1244	0.958	0.973	99.9196	0.186
2.56-2.684	0.302	50	0.227	1167	0.229	1218	0.938	0.968	99.9179	0.205
2.684-2.829	0.321	55	0.229	1109	0.233	1165	0.939	0.965	99.9142	0.21
2.829-3	0.239	52	0.221	1034	0.222	1086	0.966	0.968	100	0.204
3-3.206	0.385	35	0.218	1003	0.222	1038	0.909	0.969	100	0.209
3.206-3.461	0.257	50	0.242	945	0.242	996	0.961	0.968	99.8996	0.236
3.461-3.789	0.263	34	0.224	868	0.226	903	0.964	0.974	99.8893	0.222
3.789-4.232	0.269	27	0.189	788	0.191	815	0.961	0.981	100	0.194
4.232-4.878	0.158	30	0.148	731	0.148	762	0.985	0.988	99.8688	0.162
4.878-5.955	0.166	37	0.206	586	0.203	625	0.981	0.977	99.68	0.219
5.955-8.34	0.359	26	0.254	492	0.259	518	0.924	0.968	100	0.272
8.34-42.449	0.337	10	0.253	319	0.255	332	0.959	0.945	99.0964	0.314

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3171	-1.2541	0.2532	4.6871	-0.6959	3.0248	-0.0266	-0.013	-0.0133	-0.4476	0.1473	0.4216	0.1679	-0.0905	-0.1208	0.1376	-0.0772	0.0012	0.0485	-0.0186	0.0704	-18.3124	1.1539	3.1816
2	3.3508	0.217	0.1442	3.8409	0.6274	3.6058	-0.1545	0.0181	0.5749	-0.1473	0.1223	-0.3617	-0.1928	0.2033	0.0322	0.0205	-0.0211	-0.0116	0.0794	-0.0415	0.161	-8.9121	16.1589	28.7299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)