PDB-9gpr: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpr

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12h/m

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpr.cif.gz	245 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.91, 48.91, 193.97
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INP / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-17-methyl-11,15-dioxa-19lambda4-thia-5-aza-18-stannapentacyclo[15.7.0.01,10.010,10.018,23]tetracosa-13,20-diene-4,12-quinone 分子量: 582.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→48.49 Å / Num. obs: 28271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.09-48.49	8.6	0.032	40.6	268	0.999	0.014	0.034	0.69	99.4
1.75-1.78	10.8	1.393	1.8	1471	0.668	0.633	1.533	1.05	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→42.393 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.675 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	1458	5.17 %
R_work	0.2116	26744	-
all	0.214	-	-
obs	-	28202	99.95 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.873 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.285 Å²	-0.142 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.285 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.924 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1862	0	84	142	2088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.124	1.814	2705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.726	1.741	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.383	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.622	13.824	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.406	10	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.569	10	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.109	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.275	1.766	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.272	1.765	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.168	3.163	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.167	3.164	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.729	1.833	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.727	1.832	973
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.755	3.296	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.754	3.295	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.827	18.57	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.819	17.671	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.111	0.05	3511

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1111	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1111	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.283	103	0.255	1908	0.257	2013	0.935	0.954	99.9006	0.249
1.795-1.845	0.229	100	0.232	1874	0.231	1974	0.966	0.963	100	0.221
1.845-1.898	0.261	78	0.221	1861	0.222	1939	0.959	0.968	100	0.206
1.898-1.956	0.286	109	0.209	1810	0.213	1919	0.952	0.97	100	0.191
1.956-2.02	0.248	69	0.201	1739	0.202	1808	0.968	0.973	100	0.184
2.02-2.091	0.231	123	0.202	1623	0.204	1747	0.964	0.973	99.9428	0.184
2.091-2.17	0.276	87	0.211	1642	0.214	1729	0.944	0.971	100	0.191
2.17-2.258	0.277	76	0.195	1586	0.199	1662	0.949	0.975	100	0.177
2.258-2.358	0.262	89	0.195	1508	0.199	1598	0.964	0.975	99.9374	0.179
2.358-2.473	0.298	95	0.198	1409	0.204	1504	0.946	0.977	100	0.18
2.473-2.606	0.244	70	0.192	1390	0.194	1461	0.97	0.977	99.9316	0.176
2.606-2.764	0.26	73	0.221	1313	0.224	1386	0.955	0.968	100	0.207
2.764-2.953	0.205	50	0.202	1244	0.202	1294	0.973	0.974	100	0.192
2.953-3.189	0.25	63	0.212	1156	0.214	1219	0.962	0.973	100	0.207
3.189-3.491	0.229	49	0.232	1108	0.232	1157	0.969	0.971	100	0.233
3.491-3.9	0.229	70	0.225	959	0.225	1029	0.966	0.975	100	0.231
3.9-4.497	0.217	50	0.175	882	0.177	934	0.974	0.983	99.7859	0.192
4.497-5.492	0.321	33	0.194	759	0.198	793	0.943	0.978	99.8739	0.221
5.492-7.703	0.358	38	0.255	599	0.261	639	0.931	0.966	99.687	0.278
7.703-42.393	0.317	33	0.263	374	0.267	410	0.955	0.947	99.2683	0.322

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0063	1.0314	0.4359	3.2693	-0.0351	3.779	-0.1286	-0.019	0.2384	-0.0568	0.0009	-0.1288	-0.305	0.1304	0.1277	0.0876	-0.0191	-0.0192	0.1024	-0.0124	0.0534	-9.1104	16.2251	28.031
2	2.8436	-0.9384	0.3071	4.4331	-1.2051	2.6156	-0.0407	-0.0769	-0.0256	-0.3858	0.2113	0.3616	0.2796	-0.0111	-0.1706	0.1468	-0.0721	-0.022	0.0483	0.0042	0.0361	-18.2676	0.6358	3.1934

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)