PDB-9gpq: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpq

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12h/p

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpq.cif.gz	259.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gpq_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gpq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gpq_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	9gpq_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.002, 49.002, 195.356
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	B	A
2	A	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INQ / 3-cyclohexyl-19,20-dimethoxy-17-methyl-11,18-dioxa-1,17lambda5-diphospha-19lambda5-stannapentacyclo[17.3.1.04,9.04,13.015,20]tricosane-2,10-quinone 分子量: 582.731 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₄₆N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→48.84 Å / Num. obs: 61054 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.054 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 19.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
7.27-48.84	10.2	0.026	69.3	497	1	0.011	0.028	0.87	99.6
1.35-1.37	9.5	1.452	1.4	2913	0.616	0.707	1.623	0.99	95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.35→42.473 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 2.371 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.055 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2035	3053	5.008 %
R_work	0.1775	57909	-
all	0.179	-	-
obs	-	60962	99.68 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.106 Å²	-0.053 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.106 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.345 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→42.473 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1879	0	84	226	2189

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.77	1.821	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.611	1.741	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.819	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.094	13.333	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.552	10	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.326	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2331
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	421
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.27	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.145	2.49	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.111	2.489	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	14.005	4.486	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	14.006	4.488	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.713	2.545	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.709	2.544	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.38	4.599	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.376	4.597	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	19.282	25.874	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.595	24.271	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.682	3	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.105	0.05	3596

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10485	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10485	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.35-1.385	0.25	173	0.25	4090	0.25	4420	0.958	0.955	96.448	0.247
1.385-1.423	0.242	179	0.208	4157	0.209	4336	0.96	0.971	100	0.201
1.423-1.464	0.245	211	0.199	4026	0.201	4237	0.958	0.973	100	0.186
1.464-1.509	0.226	228	0.176	3832	0.179	4063	0.966	0.98	99.9262	0.162
1.509-1.559	0.202	189	0.159	3790	0.161	3983	0.975	0.984	99.8996	0.143
1.559-1.613	0.192	218	0.146	3630	0.149	3851	0.977	0.986	99.9221	0.13
1.613-1.674	0.192	204	0.143	3541	0.145	3745	0.975	0.987	100	0.126
1.674-1.742	0.223	151	0.156	3431	0.159	3583	0.966	0.984	99.9721	0.139
1.742-1.82	0.205	170	0.142	3310	0.145	3482	0.973	0.987	99.9426	0.128
1.82-1.908	0.196	163	0.148	3119	0.151	3287	0.976	0.986	99.8479	0.136
1.908-2.011	0.203	193	0.153	2955	0.156	3148	0.975	0.986	100	0.142
2.011-2.133	0.195	169	0.161	2853	0.163	3022	0.975	0.984	100	0.153
2.133-2.28	0.215	152	0.153	2639	0.156	2793	0.974	0.985	99.9284	0.147
2.28-2.462	0.19	121	0.162	2529	0.164	2657	0.978	0.983	99.7365	0.16
2.462-2.696	0.213	118	0.173	2322	0.175	2440	0.974	0.981	100	0.174
2.696-3.013	0.215	102	0.189	2125	0.191	2227	0.972	0.978	100	0.195
3.013-3.476	0.224	113	0.199	1857	0.201	1973	0.967	0.976	99.8479	0.213
3.476-4.25	0.197	94	0.181	1628	0.182	1723	0.98	0.981	99.942	0.204
4.25-5.98	0.176	78	0.178	1269	0.178	1351	0.981	0.983	99.7039	0.217
5.98-42.473	0.192	27	0.256	806	0.253	836	0.977	0.943	99.6412	0.341

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関連情報:EMDBヘッダ

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