PDB-9gpn: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpn

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 11b/j

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpn.cif.gz	244.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpn.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9gpn_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gpn_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9gpn_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	9gpn_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpmC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.933, 48.933, 194.667
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-341- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INN / 3-cyclohexyl-1,19-dimethoxy-11,16-dioxa-19lambda4-polona-1,13-diaza-2lambda5-polonapentacyclo[16.4.0.04,9.013,19.020,25]docosane-2,12-dione 分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→48.67 Å / Num. obs: 26029 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-48.67	7.6	0.039	29	275	0.999	0.019	0.044	0.65	98.7
1.8-1.84	5.9	1.532	1.1	1472	0.417	0.948	1.819	0.91	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.413 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.516 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.139 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	1304	5.024 %
R_work	0.2255	24653	-
all	0.227	-	-
obs	-	25957	99.387 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.423 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	-0.355 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.413 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1871	0	78	100	2049

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.815	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.486	1.74	4299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.739	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.246	13.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.598	10	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.783	10	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.291	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.729	2.064	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.728	2.064	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.714	3.701	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.713	3.702	1275
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.667	2.071	975
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.667	2.071	976
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.607	3.764	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.606	3.763	1434
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.703	19.617	2221
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.684	19.199	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.106	0.05	3529

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10629	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10629	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.396	110	0.325	1726	0.329	1871	0.852	0.908	98.1293	0.327
1.847-1.897	0.362	73	0.311	1752	0.314	1849	0.902	0.924	98.702	0.311
1.897-1.952	0.33	121	0.293	1652	0.296	1787	0.919	0.935	99.2166	0.29
1.952-2.012	0.327	80	0.271	1646	0.274	1737	0.909	0.944	99.3667	0.265
2.012-2.078	0.265	86	0.261	1556	0.261	1675	0.954	0.954	98.0299	0.25
2.078-2.151	0.279	78	0.235	1568	0.237	1652	0.949	0.962	99.6368	0.224
2.151-2.232	0.261	86	0.232	1532	0.233	1623	0.953	0.963	99.6919	0.216
2.232-2.323	0.29	72	0.237	1439	0.24	1512	0.935	0.96	99.9339	0.219
2.323-2.426	0.269	63	0.227	1383	0.229	1447	0.961	0.966	99.9309	0.21
2.426-2.543	0.246	86	0.227	1327	0.228	1418	0.961	0.969	99.6474	0.208
2.543-2.681	0.356	79	0.23	1269	0.237	1349	0.936	0.967	99.9259	0.214
2.681-2.842	0.291	54	0.239	1229	0.241	1283	0.942	0.961	100	0.225
2.842-3.038	0.265	62	0.228	1157	0.229	1221	0.955	0.965	99.8362	0.22
3.038-3.28	0.243	43	0.23	1076	0.231	1121	0.966	0.964	99.8216	0.23
3.28-3.591	0.255	56	0.215	984	0.217	1041	0.96	0.971	99.9039	0.217
3.591-4.011	0.197	50	0.2	911	0.2	964	0.977	0.976	99.6888	0.212
4.011-4.624	0.22	31	0.174	816	0.176	850	0.974	0.983	99.6471	0.193
4.624-5.647	0.174	38	0.185	694	0.184	736	0.984	0.98	99.4565	0.207
5.647-7.916	0.24	15	0.237	582	0.237	598	0.967	0.965	99.8328	0.264
7.916-42.413	0.34	21	0.247	354	0.252	382	0.953	0.947	98.1675	0.35

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7576	-0.2788	0.4095	1.3027	0.2168	4.613	-0.0691	-0.0858	-0.0386	-0.0551	-0.0844	0.328	0.011	-0.4766	0.1535	0.0807	-0.0036	-0.0157	0.1059	-0.03	0.0849	-9.7586	15.8089	4.1947
2	4.0197	-1.1647	-0.8144	4.1513	1.0411	2.6473	-0.0215	-0.6216	0.5429	0.0461	0.1991	-0.2806	0.0912	0.3462	-0.1775	0.0033	0.008	-0.0062	0.2405	-0.0604	0.0844	8.3676	16.1736	29.434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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