PDB-9gpm: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpm

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/i

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpm.cif.gz	253.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gplC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.078, 49.078, 194.169
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-355- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INM / 3-cyclohexyl-17,18-dimethoxy-11,15-dioxa-1,18lambda4-dithia-5-aza-17lambda4-polonapentacyclo[15.4.0.04,9.013,18.018,23]henicosane-2,12-dione 分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→48.54 Å / Num. obs: 40705 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.041 / Χ²: 1.04 / Net I/σ(I): 24.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
8.49-48.54	8.6	0.02	76.8	318	1	0.009	0.022	0.89	98.9
1.55-1.58	11	1.499	1.6	1992	0.548	0.685	1.65	1.05	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→42.539 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.317 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	1978	4.869 %
R_work	0.2004	38650	-
all	0.203	-	-
obs	-	40628	99.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.828 Å²	-0.414 Å²	0 Å²
2-	-	-0.828 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.685 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.539 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1878	0	78	147	2103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.816	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.597	1.746	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.689	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.297	13.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.005	10	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.13	10	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.394	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.251	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.228	2.048	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.226	2.048	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.634	3.683	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.632	3.683	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.356	2.134	987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.353	2.135	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.642	3.865	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.639	3.865	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.056	21.131	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.982	20.662	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.589	3	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	3607

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11207	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11207	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.31	141	0.276	2809	0.278	2950	0.926	0.94	100	0.271
1.59-1.634	0.266	144	0.247	2765	0.248	2909	0.948	0.955	100	0.239
1.634-1.681	0.296	144	0.22	2607	0.224	2751	0.939	0.967	100	0.208
1.681-1.733	0.313	145	0.219	2575	0.224	2720	0.927	0.969	100	0.201
1.733-1.789	0.255	124	0.192	2497	0.195	2621	0.955	0.977	100	0.17
1.789-1.852	0.261	120	0.181	2450	0.185	2571	0.941	0.979	99.9611	0.159
1.852-1.922	0.264	98	0.187	2355	0.19	2453	0.953	0.977	100	0.165
1.922-2	0.229	89	0.193	2297	0.195	2386	0.961	0.975	100	0.172
2-2.089	0.243	111	0.186	2169	0.189	2280	0.959	0.978	100	0.168
2.089-2.191	0.221	120	0.174	2091	0.176	2211	0.968	0.981	100	0.16
2.191-2.309	0.244	77	0.183	2020	0.185	2097	0.959	0.979	100	0.168
2.309-2.448	0.235	126	0.178	1884	0.182	2010	0.963	0.98	100	0.168
2.448-2.617	0.273	73	0.179	1771	0.183	1844	0.96	0.98	100	0.176
2.617-2.826	0.226	92	0.194	1681	0.196	1773	0.964	0.976	100	0.193
2.826-3.094	0.236	104	0.193	1520	0.195	1625	0.969	0.975	99.9385	0.197
3.094-3.457	0.266	56	0.222	1429	0.224	1486	0.954	0.97	99.9327	0.234
3.457-3.987	0.263	70	0.204	1250	0.207	1320	0.954	0.975	100	0.224
3.987-4.873	0.236	68	0.175	1088	0.178	1156	0.967	0.982	100	0.206
4.873-6.846	0.18	52	0.229	854	0.226	906	0.982	0.971	100	0.266
6.846-42.539	0.306	24	0.254	538	0.257	567	0.958	0.95	99.1182	0.313

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0966	0.2113	1.1762	2.8164	-0.1895	2.9906	0.4596	0.2094	-0.3884	-0.3744	-0.2627	0.3333	0.1638	0.333	-0.1969	0.1795	0.1079	-0.0395	0.0888	-0.0306	0.1	-9.7475	-15.7955	-29.6363
2	2.005	-0.7637	-0.0375	2.3854	0.0917	3.4892	0.0245	-0.0586	0.2914	-0.0608	-0.036	0.073	-0.2827	-0.1496	0.0115	0.0627	-0.0023	0.0157	0.0167	-0.0211	0.0665	-18.7039	0.3839	-4.3603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)