PDB-9gpl: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpl

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 11c/i

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Meyners, C. / Buffa, V. / Walz, C. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpl.cif.gz	248 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gpkC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.882, 48.882, 196.535
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INL / 2-cyclohexyl-1,19-dimethoxy-11,18-dioxa-1lambda5,19lambda5-diphospha-2-stannatetracyclo[15.3.0.01,13.04,9]icosane-3,12-dione 分子量: 540.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₀N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.13 Å / Num. obs: 26384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 16.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9-49.13	7.9	0.028	54.1	283	1	0.013	0.031	0.96	99.7
1.8-1.84	11.2	1.487	1.6	1523	0.666	0.666	1.631	1.05	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→42.369 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.921 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2403	1386	5.267 %
R_work	0.2044	24928	-
all	0.206	-	-
obs	-	26314	99.973 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.375 Å²	-0.187 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.375 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.216 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.369 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1877	0	78	126	2081

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.32	1.813	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.789	1.74	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.36	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.028	13.571	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.22	10	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.524	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	300
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	997
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.211	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.588	2.01	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.585	2.01	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.352	3.603	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.352	3.605	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.971	2.137	997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.969	2.137	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.215	3.826	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.213	3.825	1464
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.421	21.066	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.421	20.096	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.1	0.05	3611

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10023	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10023	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.317	101	0.271	1796	0.273	1897	0.926	0.942	100	0.266
1.847-1.897	0.347	85	0.255	1761	0.259	1846	0.93	0.952	100	0.247
1.897-1.952	0.249	77	0.226	1747	0.227	1824	0.958	0.965	100	0.212
1.952-2.012	0.257	83	0.226	1664	0.228	1747	0.955	0.964	100	0.209
2.012-2.078	0.306	102	0.218	1571	0.223	1674	0.934	0.968	99.9403	0.199
2.078-2.151	0.228	74	0.205	1596	0.206	1670	0.969	0.973	100	0.181
2.151-2.232	0.253	97	0.199	1529	0.202	1626	0.959	0.974	100	0.172
2.232-2.322	0.249	80	0.194	1444	0.197	1524	0.961	0.975	100	0.171
2.322-2.425	0.223	82	0.196	1394	0.198	1476	0.964	0.976	100	0.172
2.425-2.543	0.273	94	0.191	1329	0.196	1423	0.957	0.978	100	0.169
2.543-2.68	0.296	60	0.221	1295	0.224	1355	0.948	0.971	100	0.195
2.68-2.842	0.249	74	0.221	1214	0.223	1288	0.964	0.968	100	0.198
2.842-3.038	0.257	83	0.206	1144	0.209	1227	0.952	0.974	100	0.19
3.038-3.279	0.253	67	0.213	1068	0.215	1135	0.959	0.972	100	0.203
3.279-3.59	0.225	43	0.216	1002	0.217	1045	0.979	0.977	100	0.21
3.59-4.011	0.229	45	0.188	931	0.19	976	0.974	0.982	100	0.187
4.011-4.624	0.143	43	0.148	807	0.148	852	0.988	0.989	99.7653	0.155
4.624-5.646	0.201	43	0.173	711	0.175	754	0.979	0.983	100	0.184
5.646-7.915	0.318	30	0.231	566	0.236	597	0.964	0.975	99.8325	0.24
7.915-42.369	0.232	23	0.261	359	0.26	384	0.968	0.936	99.4792	0.275

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7901	-0.6652	1.1691	2.8297	-0.0073	3.036	0.3795	0.3028	-0.4381	-0.2697	-0.3134	0.1914	0.1895	0.1529	-0.0661	0.1302	0.0853	-0.0075	0.0656	-0.0216	0.0531	-10.1244	-15.1713	-29.6646
2	3.3896	-1.3487	0.0756	4.0728	1.0149	3.2113	0.0602	0.0592	0.4476	-0.2147	-0.1791	0.2511	-0.2121	-0.0261	0.1189	0.0485	-0.0035	-0.0136	0.0129	-0.0114	0.1113	-18.551	0.4971	-4.0359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)