PDB-9gpk: The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpk

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 12c/j

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP / Inhibitor / SAFIT / Macrocycle / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Meyners, C. / Walz, C. / Buffa, V. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Conformational Plasticity and Binding Affinity Enhancement Controlled by Linker Derivatization in Macrocycles.
著者: Buffa, V. / Walz, C. / Meyners, C. / Zheng, M. / Oki Sugiarto, W. / Repity, M. / Achaq, H. / Brudy, C. / Spiske, M. / Cica, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2024年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.2	2025年3月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	9gpk_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
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CIF形式データ	9gpk_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9gplC 9gpmC 9gpnC 9gpoC 9gppC 9gpqC 9gprC 9gpsC 9gptC 9gpuC 9gpvC 9gpwC 9gpxC 9gpyC 9gpzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.872, 48.872, 195.79
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 13 - 140 / Label seq-ID: 1 - 128

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 2 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-A1INK / 2-cyclohexyl-1,19-dimethoxy-11,18-dioxa-1lambda5,19lambda5-diphospha-2-stannatetracyclo[18.2.1.01,6.06,10]tricosane-3,12-dione 分子量: 554.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→48.95 Å / Num. obs: 28521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
9.09-48.95	8.3	0.02	64.2	273	1	0.009	0.022	0.67	99.5
1.75-1.78	11	1.514	1.6	1508	0.625	0.682	1.663	1.04	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.82)	精密化
autoXDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→42.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 6.202 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2543	1378	4.844 %
R_work	0.2094	27071	-
all	0.212	-	-
obs	-	28449	99.961 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.404 Å²	-0.202 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.404 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.311 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1888	0	80	127	2095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.134	1.81	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.721	1.743	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.375	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.338	13	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.968	10	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.29	10	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.099	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.936	2.332	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.93	2.331	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.738	4.188	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.739	4.189	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.584	2.501	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.582	2.501	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.948	4.482	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.947	4.481	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.604	23.507	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.611	23.131	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	3546

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10375	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10375	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.327	94	0.26	1960	0.263	2055	0.924	0.948	99.9513	0.257
1.795-1.845	0.285	89	0.251	1886	0.252	1975	0.941	0.952	100	0.241
1.845-1.898	0.282	106	0.229	1865	0.232	1971	0.945	0.963	100	0.218
1.898-1.956	0.261	109	0.221	1824	0.223	1933	0.948	0.966	100	0.204
1.956-2.02	0.258	80	0.227	1744	0.229	1824	0.958	0.964	100	0.204
2.02-2.091	0.263	75	0.217	1679	0.219	1755	0.956	0.969	99.943	0.195
2.091-2.17	0.27	85	0.204	1658	0.208	1743	0.956	0.972	100	0.182
2.17-2.258	0.246	67	0.185	1593	0.187	1660	0.96	0.977	100	0.163
2.258-2.358	0.257	88	0.202	1533	0.205	1621	0.961	0.974	100	0.181
2.358-2.473	0.305	74	0.202	1452	0.206	1526	0.946	0.976	100	0.178
2.473-2.606	0.244	70	0.194	1400	0.196	1470	0.962	0.978	100	0.176
2.606-2.764	0.19	53	0.203	1331	0.202	1385	0.976	0.976	99.9278	0.186
2.764-2.953	0.258	54	0.21	1256	0.212	1311	0.957	0.972	99.9237	0.199
2.953-3.189	0.208	69	0.208	1165	0.208	1234	0.972	0.974	100	0.203
3.189-3.491	0.267	56	0.228	1121	0.231	1178	0.953	0.973	99.9151	0.228
3.491-3.9	0.262	45	0.22	974	0.222	1019	0.955	0.974	100	0.226
3.9-4.497	0.189	63	0.17	871	0.171	935	0.98	0.984	99.893	0.184
4.497-5.492	0.261	37	0.176	776	0.18	813	0.96	0.98	100	0.196
5.492-7.702	0.265	31	0.248	607	0.249	638	0.956	0.969	100	0.273
7.702-42.36	0.342	33	0.258	376	0.266	413	0.883	0.934	99.0315	0.286

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.723	-0.1773	1.0811	3.2098	-0.1071	2.9322	0.3601	0.275	-0.4827	-0.2034	-0.2401	0.2641	0.1272	0.1867	-0.12	0.1189	0.0732	-0.0098	0.0546	-0.0252	0.0758	-9.8672	-15.4218	-29.3986
2	3.0474	-0.871	0.0516	3.7142	0.6205	3.7368	0.0474	0.0281	0.433	-0.2012	-0.184	0.2199	-0.2755	-0.078	0.1367	0.0658	-0.0012	-0.0072	0.015	-0.0176	0.099	-18.4135	0.5302	-4.145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	13 - 201
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	13 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)