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万見
- PDB-9gne: CryoEM structure of mammalian AAP in complex with acetyl-alanyl-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gne
タイトルCryoEM structure of mammalian AAP in complex with acetyl-alanyl-chloromethylketone
要素Acylamino-acid-releasing enzyme
キーワードHYDROLASE / covalent inhibitor / serine-protease / flexible active site / oligopeptidase / self-assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acylamino-acid-releasing enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kiss-Szeman, A.J. / Jakli, I. / Hosogi, N. / Banoczi, Z. / Harmat, V. / Memyhard, D.K. / Perczel, A.
資金援助 ハンガリー, European Union, 3件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation Office2018-1.2.1-NKP-2018-00005 ハンガリー
European Union (EU)RRF-2.3.1-21-2022-00015European Union
Hungarian National Research, Development and Innovation Office2020-1.1.6-JOVO-2021-00010 ハンガリー
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2025
タイトル: Ligand binding Pro-miscuity of acylpeptide hydrolase, structural analysis of a detoxifying serine hydrolase.
著者: Anna J Kiss-Szemán / Luca Takács / Imre Jákli / Zoltán Bánóczi / Naoki Hosogi / Daouda A K Traore / Veronika Harmat / András Perczel / Dóra K Menyhárd /
要旨: Acylpeptide hydrolase (APEH) or acylaminoacyl-peptidase (AAP) is a serine hydrolase that regulates protein metabolism. It can also bind to and process unusual substrates, acting as a detoxifier. To ...Acylpeptide hydrolase (APEH) or acylaminoacyl-peptidase (AAP) is a serine hydrolase that regulates protein metabolism. It can also bind to and process unusual substrates, acting as a detoxifier. To better understand its promiscuous specificity, we determined the cryo-EM structures of mammalian APEH complexed with classical serine protease partners: a chloromethyl-ketone (CMK) inhibitor, an organophosphate (OP) pesticide (dichlorvos), and benzenesulfonyl-fluoride. Since CMK derivatives of N-acetylated peptides were suggested to induce apoptosis by inhibiting APEH, while OP complexes may serve as biomarkers of OP exposure and are linked to cognitive enhancement, these complexes carry physiological significance. We identified a unique strand-breaker Pro residue in the hydrolase domain, which relaxes the active site into a partially inactivated but more spacious conformation, transforming the classical serine protease apparatus into a versatile yet potent hydrolysis center with broad specificity, distinguishing the mammalian enzyme not only from other APEHs but also from serine α/β hydrolases sharing essentially the same fold.
履歴
登録2024年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acylamino-acid-releasing enzyme
B: Acylamino-acid-releasing enzyme
C: Acylamino-acid-releasing enzyme
D: Acylamino-acid-releasing enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,8228
ポリマ－325,2984
非ポリマー5254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Acylamino-acid-releasing enzyme / AARE / Acyl-peptide hydrolase / APH / Acylaminoacyl-peptidase


分子量: 81324.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: liver / 参照: UniProt: P19205, acylaminoacyl-peptidase
#2: 化合物
ChemComp-A1INA / ~{N}-[(2~{S},3~{S})-3-oxidanylbutan-2-yl]ethanamide


分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: homotetramer of acylaminoacyl-peptidase (isolated from porcine liver) in covalent komplex with acetyl-alanyl-chloromethylketone
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: liver
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分濃度: 10 mM / 名称: TRIS / 式: TRIS
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2151591
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 412960 / クラス平均像の数: 7 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219764
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47227048
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.4172880
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443064
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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