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- PDB-9gmd: MukEF in complex with the phage protein gp5.9 (focus) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gmd
タイトルMukEF in complex with the phage protein gp5.9 (focus)
要素
  • Chromosome partition protein MukE
  • Chromosome partition protein MukF
  • Probable RecBCD inhibitor gp5.9
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMC complex / Chromosome segregation / DNA mimic
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / nucleoid / chromosome condensation / chromosome segregation / DNA replication / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cell division / calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily ...Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukE-like family / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable RecBCD inhibitor gp5.9 / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage T7 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Burmann, F. / Wilkinson, O. / Kimanius, D. / Dillingham, M. / Lowe, J.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)605-2019European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/Y004426/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA capture by the MukBEF SMC complex and its inhibition by a viral DNA mimic.
著者: Frank Bürmann / Bryony Clifton / Sophie Koekemoer / Oliver J Wilkinson / Dari Kimanius / Mark S Dillingham / Jan Löwe /
要旨: Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA ...Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA loading process of the bacterial SMC complex MukBEF. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we demonstrate that ATP binding opens one of MukBEF's three potential DNA entry gates, exposing a DNA capture site that positions DNA at the open neck gate. We discover that the gp5.9 protein of bacteriophage T7 blocks this capture site by DNA mimicry, thereby preventing DNA loading and inactivating MukBEF. We propose a comprehensive and unidirectional loading mechanism in which DNA is first captured at the complex's periphery and then ingested through the DNA entry gate, powered by a single cycle of ATP hydrolysis. These findings illuminate a fundamental aspect of how ubiquitous DNA organizers are primed for genome maintenance and demonstrate how this process can be disrupted by viruses.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Chromosome partition protein MukF
D: Chromosome partition protein MukF
E: Chromosome partition protein MukE
F: Chromosome partition protein MukE
I: Probable RecBCD inhibitor gp5.9
J: Probable RecBCD inhibitor gp5.9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,8066
ポリマ－167,8066
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Chromosome partition protein MukF / Protein KicB


分子量: 50635.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mukF, kicB, b0922, JW0905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60293
#2: タンパク質 Chromosome partition protein MukE / Protein KicA


分子量: 27006.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mukE, kicA, ycbA, b0923, JW0906 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22524
#3: タンパク質 Probable RecBCD inhibitor gp5.9 / Gene product 5.9 / Gp5.9


分子量: 6260.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T7 (ファージ) / 遺伝子: 5.9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20406
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reconstituted complex of gp5.9/MukEF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.233 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57528 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045221
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5817035
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.01702
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035767
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007926

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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