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- PDB-9gm9: MukBEF in a DNA capture state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gm9
タイトルMukBEF in a DNA capture state
要素
  • (Chromosome partition protein ...) x 3
  • (pFB526) x 2
  • Acyl carrier protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMC complex / Chromosome segregation / ABC-type ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / chromosome condensation / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / chromosome segregation / fatty acid biosynthetic process / DNA replication ...nucleoid / chromosome condensation / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / phosphopantetheine binding / chromosome segregation / fatty acid biosynthetic process / DNA replication / response to xenobiotic stimulus / cell division / lipid binding / calcium ion binding / DNA binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukE-like family / MukB N-terminal ...Prokaryotic chromosome segregation/condensation protein MukE / MukB, N-terminal domain / Chromosome partition protein MukB / MukB, hinge domain / MukE, C-terminal domain / MukE, N-terminal domain / MukB, hinge domain superfamily / : / MukE-like family / MukB N-terminal / MukB hinge domain / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukF, winged-helix domain / Chromosome partition protein MukF, middle domain / Chromosome partition protein MukF, C-terminal domain / MukF, middle domain superfamily / MukF, C-terminal domain superfamily / MukF winged-helix domain / MukF middle domain / MukF C-terminal domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000) / Chromosome partition protein MukF / Chromosome partition protein MukE / Chromosome partition protein MukB / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus thracensis (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Burmann, F. / Lowe, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 605-2019European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Mechanism of DNA capture by the MukBEF SMC complex and its inhibition by a viral DNA mimic.
著者: Frank Bürmann / Bryony Clifton / Sophie Koekemoer / Oliver J Wilkinson / Dari Kimanius / Mark S Dillingham / Jan Löwe /
要旨: Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA ...Ring-like structural maintenance of chromosome (SMC) complexes are crucial for genome organization and operate through mechanisms of DNA entrapment and loop extrusion. Here, we explore the DNA loading process of the bacterial SMC complex MukBEF. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we demonstrate that ATP binding opens one of MukBEF's three potential DNA entry gates, exposing a DNA capture site that positions DNA at the open neck gate. We discover that the gp5.9 protein of bacteriophage T7 blocks this capture site by DNA mimicry, thereby preventing DNA loading and inactivating MukBEF. We propose a comprehensive and unidirectional loading mechanism in which DNA is first captured at the complex's periphery and then ingested through the DNA entry gate, powered by a single cycle of ATP hydrolysis. These findings illuminate a fundamental aspect of how ubiquitous DNA organizers are primed for genome maintenance and demonstrate how this process can be disrupted by viruses.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromosome partition protein MukB
B: Chromosome partition protein MukB
C: Chromosome partition protein MukF
D: Chromosome partition protein MukF
E: Chromosome partition protein MukE
F: Chromosome partition protein MukE
G: Acyl carrier protein
I: Acyl carrier protein
K: pFB526
L: pFB526
Q: Chromosome partition protein MukE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,854,48015
ポリマ－1,853,41711
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Chromosome partition protein ... , 3種, 7分子 ABCDEFQ

#1: タンパク質 Chromosome partition protein MukB / Structural maintenance of chromosome-related protein


分子量: 170241.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア)
遺伝子: mukB, VY86_15870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LRY2
#2: タンパク質 Chromosome partition protein MukF


分子量: 50193.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア)
遺伝子: mukF, VY86_15860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LMQ4
#3: タンパク質 Chromosome partition protein MukE


分子量: 27423.848 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus thracensis (バクテリア)
遺伝子: mukE, VY86_15865 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7LPV6

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タンパク質 , 1種, 2分子 GI

#4: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 8985.794 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6A8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#5: DNA鎖 pFB526


分子量: 655533.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: DNA鎖 pFB526


分子量: 656771.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MukBEF DNA loading reaction / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.924253 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Photorhabdus thracensis (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7508 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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